基因组编辑动物的快速基因分型

在过去的几年里，工程内切酶(meganucases, ZFN, TALENS)和CRISPR/Cas9技术彻底改变了基因组编辑的可能性。基因组编辑现在可以用于广泛的物种，以产生基因失活(敲除)或小的核苷酸变化(敲入)。这些内切酶启动双链DNA断裂，通过非同源端连接(NHEJ)或同源定向修复(HDR)进行修复。易出错的NHEJ通路导致核苷酸插入(ins)或缺失(del)，称为indels，破坏目标开放阅读框，导致基因失活。单链供体寡核苷酸(ssODN)在目标位点发生单核苷酸或密码子变化，用于通过HDR途径进行敲入编辑。

CRISPR/Cas9是最简单、成本最低的基因编辑系统，广泛应用于各种物种的突变生成。随着产量的增加，需要一种有效的突变检测方法。使用靶上基因编辑PCR结合LabChip GX Touch仪器，既揭示了目标位点的扩增子，也揭示了异双工(HD)特征，表明是否发生了NHEJ，即使是单碱基对。对于F0代和F1代，应进行PCR测序，以确认准确的核苷酸突变。对于进一步的基因分型分析，HD模式可以单独用于确定是否发生了NHEJ。