SWATH-MS生成高度重复的数据

再现性的研究是关键,然而它是许多技术挑战跨多个学科。一个调查¹2016年发表在《自然》显示,70%以上的人员无法复制另一个科学家的实验中,有超过一半无法复制自己的实验。一个最近的研究²看起来解决SWATH-mass谱的定量和定性再现性(女士),数据独立采集技术,允许一个完整的和永久的记录所有的碎片离子的检测肽前体在一个生物样品。“根据当时的工作已经出来很明显,片收购将是一个重要的定量蛋白质组学技术和实验室已经证明大量的蛋白质可以量化蛋白质组样品反复在较小规模的研究,”克里斯蒂亨特博士说,这项研究的作者之一,是发表在《自然通讯。克里斯蒂接着说,“这也被许多其他重要的多站点所做的研究,蛋白质组学技术,曾以这种方式展示了测试技术的重要性”。

有针对性的蛋白质组学,把女士,一直是一个强大的研究工具提供可重复的结果。然而,这项技术是有限数量的蛋白质样品中检测出。SWATH-MS没有这个限制,使其成为候选人大规模蛋白质组技术项目。以前SWATH-MS研究证明高intra-lab再现性,但inter-lab变化没有评估。

“我们有两个问题,我们认为是重要的测试在这个时间点上。可以多个实验室生成相同的样本非常类似的数据吗?片是否收购使大规模数据集的生成在实验室,使大规模定量生物学实验吗?“克里斯蒂说。在这项研究中,11个全球实验室分析标准样品,包括30稳定isotope-labelled合成肽,被稀释在背景复杂的蛋白质消化HEK293细胞浓度,横跨6个订单的动态范围。五个在同一天多次样品进行了分析,在多个日子和跨多个网站。总的来说,229年的数据文件生成的参与实验室然后为定量和定性的一致性比较集中。

结果表明,> 4000蛋白质HEK293细胞可以持续检测和量化地。肽的检测标准证明了灵敏度,动态范围和再现性与SWATH-Acquisition建立统一实现。

这项研究表明,从高度异构样品检测大量的蛋白质不仅是可行的而且提供可靠的和可再生的定量结果。大量的蛋白质组的比较定量分析变得更容易,因此,预期研究这种能力是一个先决条件是增加。应用程序,这可能包括分析产生影响的临床材料从大型患者组(例如,生物标志物,个性化医学研究),协会的蛋白质丰度使用参考集合或野生种群遗传基因组功能(例如,量化跟踪轨迹或全基因组关联研究),或大规模的扰动屏幕使用体外模型系统(例如,药物筛选),现在是可行的。

数据表明显著进步大规模数据采集的可靠性定量蛋白质组学这篇论文²得出结论:结果预计将在SWATH-MS增加信心。”越来越关注精密医学研究和一个更好的理解的需要分析更多的样本,能够大量样本定量至关重要,”克里斯蒂说。

引用
1。贝克m . 1500名科学家的再现性。大自然。2016年5月26日,533 (7604):452 - 4。doi: 10.1038 / 533452 a。PubMed PMID: 27225100。

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