缓解时间和常见的手动琼脂糖凝胶尺寸选择错误
在最近的社会实验室自动化会议在圣地亚哥(SLAS2014)汉密尔顿机器人宣布与沿海基因组合作推出麦蓝®灵气®选择工作站管理员技术。这种新的自动化系统承诺琼脂糖凝胶的更快和更经济的自动化解决方案选择的DNA片段。
我们赶上了马修·奈斯比特沿海基因组学,总统和鲍比Chavli,副总监,营销,汉密尔顿机器人理解更多关于伙伴关系,该工作站提供的好处。
阿瑟:汉密尔顿机器人宣布与沿海基因组学在sla,合作这一伙伴关系是怎么来的,它使什么?
马修·奈斯比特(MN):沿海基因组学最初设想建造自己的机器人工作站但是一些思考之后,我们意识到建立液体处理行业有强烈的选择,我们可以利用。真正的未知数追求这个选项归结为以下几点:
- 我们可以找到一个伴侣,可以欣赏我们的愿景可能自动琼脂糖凝胶的大小选择,他们愿意支持我们吗?
- 我们可以找到一个OEM合作伙伴,可以提供一个高功能的工作站,是具有成本效益的同时拥有一个建立声誉吗?
我们看了许多大公司,建立了液体处理自动化领域的球员。汉密尔顿的机器人是一个赢家,因为他们的灵气工作站运行良好和具有成本效益的。最重要的是,他们买了我们的视野。他们支持我们的高级工程师总是参加每周一次的电话会议。我们没有条件和大型资本输出;这允许我们原型不会导致额外的成本。最后,当它来整合我们的程序集,汉密尔顿领先发展中需要的新组件。简而言之,汉密尔顿是公司最有可能为一家小公司推出一个伟大的技术与一个已知的名字在液体处理。
阿瑟:工作站在最近推出sla会议,它收到了吗?
米歇尔。内格罗蓬特:我们有一个伟大的接待。我们参加这个活动是由sla本身,授予我们现货创新AveNEW。我们生成管理员技术通过谈判得到的兴趣LRIG会话汉密尔顿,以及机器人的门店车间。导致我们产生的数量翻了一番组我们知道严重的骑警科技感兴趣。这些导致辅以汉密尔顿收集的那些机器人测距仪技术在灵气选择工作站。最后,我们赢得了新产品奖,认识到新技术根据市场的最佳机会,影响实验室自动化领域,非凡的技术支持的原创性和质量数据。
AB:麦蓝®灵气®选择工作站管理员技术提供了凝胶的大小选择,提供什么优势在珠技术。
MN:珠子是完美的应用程序,但他们有一定的局限性。
1。应用程序需要有效的拒绝的片段长度大小接近,目标DNA的一部分(即miRNA-Seq ChIP-Seq,克隆的基因合成产品,等等),管理员技术确保高产量恢复,排除不良的片段长度。解决bead-based大小排斥不能适应这种,因为有效的拒绝不受欢迎的碎片也导致巨额亏损规模接近的材料说不良的碎片。
2。紧密的大小选择(即恢复片段大小的狭义范围)是生产管理员技术特性结果达不到使用珠子。严格的大小选择可以提高样品和正常化的结果测序产量的提高。此外,严格的大小选择可以提高生物信息学与paired-end装配序列生成的技术(例如Illumina公司)。这可能导致改善主序列生成从mRNA-Seq项目和新创基因组测序项目。
3所示。测序项目,利用长读(即Illumina公司的Moleculo读测序技术或太平洋生物科学RS平台)处理片段的长度大于1000个基点。珠子不能用于DNA片段进行尺寸选择1000个基点以上。测距仪技术可以用来准确尺寸为这些项目选择DNA。
4所示。最后,当组织使用珠子,他们通常还需要一些样品,分析凝胶或毛细管电泳。这是因为珠子不提供任何视觉确认DNA的存在,或者输入DNA的片段长度分布剖面。测距仪技术可视化的DNA,可以生成信息分析基础上。因此,管理员技术有可能巩固质量控制的步骤通过毛细管电泳和bead-based大小选择到一个单一的运行。
阿瑟:错误,如何工作站与手动凝胶制备?
鲍比Chavli (BC):在产量和纯度方面,DNA琼脂糖凝胶电泳已经适合大小的选择;然而也是劳动密集型和人为错误,变化和问题与紫外线交联有关。DNA凝胶分离范围从100个基点——提供40 kbp,这是更广泛的比珠技术提取。灵气工作站的精度和速度,已经通过验证研究,消除与手工处理相关的问题。
阿瑟:在手动处理它提供什么其他好处?
公元前:工作站可以处理每运行96个样本在不到两个小时。示例加载和洗脱的护林员凝胶磁带是完全自动的,系统配备摄像机通道和成像仪监测运行并提供质量控制检查。这有助于限制克隆筛选的数量,节省时间,减少克隆步骤失败。
马修·奈斯比特和鲍比Chavli说阿什利,总编辑技术网络。188金宝搏备用你可以找到阿什利Google +并遵循技术网络188金宝搏备用推特。
