DNA和RNA:为什么都是关于完整性

在这次采访中,我们采访了克努特Wintergerst,博士,生物分子系统和解决方案的总经理(BSS)和诊断和安捷伦基因集团(DGG)更多地了解为什么DNA和RNA样本的完整性是很重要的科学家和如何维护和分析。

莫莉·坎贝尔(MC):为什么它是重要的,以确保高质量RNA和DNA样本?

克努特Wintergerst(千瓦):为了避免垃圾输出的情况有必要工作最高的DNA和RNA样本质量成为可能。样品质量差会对结果产生重大影响的下游实验质量妥协样品浓度、粒度分布以及程度的退化或样品的完整性。DNA和RNA质量显著不同,取决于多个因素,如自然的源材料,提取方法,样本年龄和储存条件。这方面的一个例子与DNA和RNA提取formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE),它可以表现出广泛程度的退化,依赖于在固定治疗的组织,以及年龄和存储温度之前固定。DNA,尤其是RNA分子,是脆弱的,可以进行快速降解如果没有正确处理预防措施和存储。

紧样品质量控制(QC)的多个阶段工作流是至关重要的。下游应用程序通常漫长而昂贵的,对于下一代测序(上天)将生成大量的数据。大量的样本存储在生物银行,必须尽可能高质量的临床队列研究,以确保产量的和正确的结果。在研究人员的利益与最好的样品质量可以避免重播或有偏见的或错误的数据。

安捷伦科技公司开发的基因组DNA完整性数据以及总RNA样本提供用户独立,容易核酸完整性评估的工具。数字的范围从1(完全退化)到10(完整的)。在安捷伦质检平台上,如4150年TapeStation和4200年TapeStation、完整性评估结合确定大小,浓度和物质的量浓度,使最终用户完整的样品在一个运行的质量。

实验室通常设置一个完整的最低允许限制数量的样品用于他们的工作流。完整性数量阈值,这是一种特别的样品材料和提取方法,以及下游应用程序中,用户独立的方式决定。只有样品通过这种限制应该是用于任何下游实验步骤。这样可以确保实验成功,节省时间和金钱。

在科学界,准则建立了包括样品质量细节具体下游实验MIQE(qPCR),MIAME(微阵列分析)MINSEQE(高通量测序),加强质量控制工具的使用。特别是在临床设置,质量控制已成为强制性的,以确保最大的忠诚的数据和实验结果。

主持人:请您能解释的背景安捷伦4150 TapeStation的发展?

千瓦:2015年与4200 TapeStation系统的引入,安捷伦提供核酸样本质量控制解决方案,满足客户中长期高吞吐量的需求。系统可以运行96孔板或管样品,根据客户的工作流程,通常分析约90分钟。

从更小、低吞吐量实验室有成本效益的不断增长的需求,易于使用的低吞吐量乐器,提供所有ScreenTape技术的优势。

TapeStation 4200和4150 TapeStation共享相同的分析软件,配件、耗材和ScreenTape DNA和RNA分析,使两国TapeStations无缝过渡,不需要培训。任何实验室的QC变得容易可伸缩的吞吐量,减少实验室方法后续需求,它是重要的临床实验室。

4150的紧凑的足迹TapeStation节省宝贵的工作台空间在实验室里,这是一个高需求特别是小型实验室。

主持人:安捷伦4150 TapeStation如何分析RNA和DNA样本的质量?

千瓦:TapeStation系统分离核酸通过凝胶电泳。电泳出现在小型,准备使用消耗品称为ScreenTape设备。

之前样品分离操作符混合1或2 ul的DNA和RNA样本应用程序特定的示例包括一个插入的缓冲区,用于检测的荧光染料。支持样品变性,RNA样本简要热变性。准备样品提供了两个8 x管条。开始运行后,仪器将ScreenTape设备准备的样品,由巷巷,从而避免交叉污染。每个样本分析在一个单独的车道。

样品的电泳分离后,需要1 - 2分钟,DNA和RNA分子成像系统检测到的。样品检测是基于光诱导荧光。数据分析由用户友好TapeStation软件自动完成,研究的结果发表在凝胶图像以及electropherogram跟踪,策划对荧光强度的大小。

内部和外部的标准是用来计算量化和分级结果以表格格式提供。专用软件算法是专门为分析基因组DNA和RNA提供完整性总数,DNA完整性(DIN)和RNA完整性同等数量(对),分别。这些数字范围从10(完整的完整示例)到1(非常退化的示例),允许一个简单的评估核酸物质从各种各样的来源。一旦用户验证和定义个人完整数量阈值,可以保证实验的成功。

主持人:请您能告诉我们更多关于您的ScreenTape技术?

千瓦:ScreenTape设备是一个信用卡大小的一次性,支持多达16个样品的分离单个车道,减少交叉污染的风险。ScreenTape设备不需要任何准备。就可以使用了。

每个样本巷包括筛分聚合物基质中,电极,以及缓冲室。ScreenTape技术提供了显著的优势如易于使用,灵敏度更高,在古典板凝胶电泳速度和分辨率。根据测定,样品不超过1 - 2 ul要求下5 pg / ul DNA能被探测到。

大量的不同组合ScreenTape化验可满足不同客户需求的尺寸范围和程度的敏感性

ScreenTape设备编码,由仪器自动检测和分析具体设置如电泳参数,以及数据分析设置,自动加载。不需要运行一个特定的示例数量作为以前ScreenTape装置在两周内可以重用。这使吞吐量独立成本每样,这对客户来说是一个重要的特性。特定ScreenTape设备上可用的信息通道内存储通过条形码的软件。易于切换ScreenTape化验仅作为用户只需开关启用ScreenTape设备。

安捷伦提供了两种基于ScreenTape技术仪器,4200年TapeStation系统使无人值守的分析从井96样品加载板和新4150年TapeStation仪器、分析之间的任何样品号1和16。全面分析兼容性保证仪器之间的无缝切换。

MC:采用安捷伦4150 TapeStation技术的优势超过其他可用的技术市场?

千瓦:4150 TapeStation系统是第一个基于ScreenTape技术的仪器,具体地址的需求对价格敏感,低吞吐量客户在实验室有限的工作台空间。ScreenTape技术提供了显著的优势像更高的灵敏度,在古典板凝胶电泳速度和分辨率。此外,它提供了精确和可重复的结果,独立于操作符。

除此之外,特殊的易用性(所有ScreenTape预包装和准备使用),以及吞吐量独立成本样本,是独一无二的特性。可靠、简单和可再生的核酸样品质量控制,安捷伦提供完整数据提取的基因组DNA (DNA完整性数量,DIN)以及RNA完整性同等数量(对)。

低拥有成本保证了一些和容易维护的步骤,可以由客户,也获得安捷伦在世界范围内,世界一流的支持基础设施,训练有素的服务技师和多个服务选项。

克努特Wintergerst莫莉坎贝尔说,科学技术网络作家。188金宝搏备用