蛋白质折叠游戏龙头全球观众的力量来解决困难的难题

合作的在线游戏,把志愿者工作“玩家”折叠蛋白质已经吸引了50000名球员的“分布式思维”,在某些情况下,比电脑更强大在预测蛋白质的三维结构。扩展这些努力有一天付清设计新的蛋白质,帮助抵抗疾病,固碳,或者清理环境。

免费的游戏,叫做Foldit,大卫•贝克的霍华德·休斯医学研究所的生物学家,和他的同事瑞尔和赛斯·库珀,在华盛顿大学的计算机科学系。Foldit玩家的在线社区是现在帮助研究人员,他们试图破解“蛋白质折叠问题,”分子生物学最艰巨的挑战之一。

“有很多的创造力和精力花费在电脑游戏,可以进入解决科学问题。”大卫•贝克说。

“Foldit的积极回应让我非常乐观的公众参与科学,”贝克说。我很高兴我们已经能够利用的能源。”

在创建Foldit,研究者部分灵感来自“魔兽世界”和其他在线游戏,吸引了数以百万计的玩家竞争和合作解决难题。贝克称Foldit的成功“分布式思维”——提出科学问题贡献的质量和吸引一群才华横溢的新的解决方案。一篇文章描述Foldit发表在8月5日,2010年出版的《自然》杂志上。

编程和游戏设计由华盛顿大学的计算机科学家塞斯·库珀,阿德里安·Treuille和瑞尔Firas哈提卜和其他研究人员在贝克的小组,Foldit 2008年5月首次作为罗塞塔的交互式扩展,贝克计算机程序开发预测蛋白质结构。

解决蛋白质结构生物学中一个杰出的挑战,要求劳动密集型的x射线晶体学神的安排每个蛋白质的成千上万的原子组成。罗塞塔,相比之下,依靠大规模搜索每个蛋白质的最低能量形状——computer-hungry过程,需要数以万亿计的计算。贝克很快意识到罗塞塔被超级计算机的数量有限的时间他能安全。所以在2004年他发明了一种分布式版本的罗塞塔个人可以负载在家里或办公室的电脑来帮助执行罗塞塔的一些计算。

“设计新的蛋白质适合所需的形状是Foldit玩家应该擅长的东西,”贝克说。虽然可能是几年前一个新众包虚拟蛋白质帮助解决实际问题,贝克相信那一天会到来。“目前我们在实验室中测试一种蛋白质设计来自Foldit的球员之一,发现它执行所需的新功能将是一个了不起的科学,”他说。