自动为胶液消化在商业Autosampler直接耦合纳米质/ MS
方法
我们已经采用了一种手动为胶液消化协议,包括减少、烷基化和acid-labile洗涤剂协助胰蛋白酶消化的蛋白质,在执行PAL RTC液体处理- autosampler系统(CTC分析AG)、瑞士)。系统配备公园站一个注射器工具和样本/试剂,冷却盘堆栈,一个蒸发工具,具有轨道振动功能的可被加热的孵化器,混匀器,一个注射器清洗站,离心机,LC喷射阀。当前PAL RTC设置将批6凝胶样品在7小时。肽提取物高效液相色谱瓶中转移到nanoLC-orbitrap XL质谱仪(热科学、德国)或由PAL系统可以直接被注入。蛋白质与MaxQuant软件识别和量化。
初步的数据
12-protein分子量标准(Bio-Rad)在整个宽度的12.5% sds - page分离两个浓度对应于1 ng或5 ng的蛋白质标准出现在垂直部分的1.5毫米宽度减少凝胶。四个批次,包括每个蛋白质浓度、三片是由一位有经验的操作员处理或朋友RTC系统在连续四天。蛋白质收益率由识别和量化MaxQuant软件。低分子量蛋白质(< 20 kDa)先生从1 ng和样品不一致确认程序。这是一个已知问题gel-LC-MS / MS方法。角蛋白污染非常相似的程序和蛋白质浓度,表明角质蛋白样品前处理中引入凝固态消化过程。单向方差分析测试是用来比较MaxQuant派生的非规范化蛋白质必须执行哪些操作强度的批次和程序图基的诚实的显著差异的标准来评估统计学意义(α= 0.05)。批次之间没有在统计上有显著差异的蛋白质产量和之间的程序被发现。12个标准蛋白质的平均变异系数分别为19.4%和11.8%,1 ng蛋白质,和在5 5.8%和6.5% ng手动和自动程序,分别。这些结果表明,PAL RTC自动化为胶液消化协议执行以及有经验的操作员,可能更好的再现性实现对PAL系统在处理低蛋白浓度。 The next step is the direct coupling of the PAL system to the nanoLC-MS/MS system, which will enable to operating on a 24/24 hours, 7/7 days schedule.
我们已经采用了一种手动为胶液消化协议,包括减少、烷基化和acid-labile洗涤剂协助胰蛋白酶消化的蛋白质,在执行PAL RTC液体处理- autosampler系统(CTC分析AG)、瑞士)。系统配备公园站一个注射器工具和样本/试剂,冷却盘堆栈,一个蒸发工具,具有轨道振动功能的可被加热的孵化器,混匀器,一个注射器清洗站,离心机,LC喷射阀。当前PAL RTC设置将批6凝胶样品在7小时。肽提取物高效液相色谱瓶中转移到nanoLC-orbitrap XL质谱仪(热科学、德国)或由PAL系统可以直接被注入。蛋白质与MaxQuant软件识别和量化。
初步的数据
12-protein分子量标准(Bio-Rad)在整个宽度的12.5% sds - page分离两个浓度对应于1 ng或5 ng的蛋白质标准出现在垂直部分的1.5毫米宽度减少凝胶。四个批次,包括每个蛋白质浓度、三片是由一位有经验的操作员处理或朋友RTC系统在连续四天。蛋白质收益率由识别和量化MaxQuant软件。低分子量蛋白质(< 20 kDa)先生从1 ng和样品不一致确认程序。这是一个已知问题gel-LC-MS / MS方法。角蛋白污染非常相似的程序和蛋白质浓度,表明角质蛋白样品前处理中引入凝固态消化过程。单向方差分析测试是用来比较MaxQuant派生的非规范化蛋白质必须执行哪些操作强度的批次和程序图基的诚实的显著差异的标准来评估统计学意义(α= 0.05)。批次之间没有在统计上有显著差异的蛋白质产量和之间的程序被发现。12个标准蛋白质的平均变异系数分别为19.4%和11.8%,1 ng蛋白质,和在5 5.8%和6.5% ng手动和自动程序,分别。这些结果表明,PAL RTC自动化为胶液消化协议执行以及有经验的操作员,可能更好的再现性实现对PAL系统在处理低蛋白浓度。 The next step is the direct coupling of the PAL system to the nanoLC-MS/MS system, which will enable to operating on a 24/24 hours, 7/7 days schedule.
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