定量蛋白质组学应用程序的自动化样品制备工作流程

方法
使用DML post-lysis标签允许所有组织样本的快速分析和量化,而不需要代谢的一个同位素标签。相比,这是一个优势昂贵和耗时的标签与同位素标记的氨基酸(SILAC),同时允许相同的量化步骤在强迫使用MS1信号实验。蛋白质消化肽使用我们的自动ISD PAL RTC机器人系统的方法。肽标签在96 -好格式,PAL RTC将标签试剂转移到样板潜伏期紧随其后。此处则富集(PP)通过使用96孔板内,装备有过滤器,用以保持氧化钛珠结合真空室。

初步的数据
船舶柴油机排气微粒是沿海地区的日益关注。这些粒子可以携带不同的化学负载和知道是吞噬细胞如果他们到达肺的肺泡部分。碳芯和化学负载可以严重影响肺细胞和组织的健康。使用细胞孵化和气溶胶粒子收集在一艘柴油发动机的生物反应是代谢SILAC或DML标签的特征。为了减少实验变化样本集(6)复制都是处理基于PAL RTC自动化设置。我们的定量蛋白质组学数据显示,SILAC和DML导致可量化的数据。由于化学修饰的肽在DML过程的色谱分离以及电离肽改变。这导致两个数据集。生物信息学分析表明,这两种技术相辅相成,因为不同的肽已确定在两个实验。