针对下一代测序高度准确的HCV基因分型

测定HCV基因型(GT)为决策提供必要的信息在丙肝病毒感染的治疗方案。DNA杂交利用线性探针测试格式(熟练的HCV基因型2.0脂肪酶),首次引入大约20年前,仍是使用最广泛的实验室方法。最近快速发展下一代测序(上天)技术允许前所未有的速度和准确性在分析病毒基因组开设丙肝病毒的基因分型结果进一步提高诊断的新方法。

我们使用门店结合工作流程自动化,从样品制备、结果报告、演示高精度GT评估在临床样本。这个新开发的平台基于定制版本的epMotion 5075机器人系统(埃普多夫,德国)由一个连续的机械过程从血浆或血清提取和rt - pcr紧随其后的是自动化图书馆准备,离子激流深度测序,直接在线数据分析来确定丙肝病毒GTs。与常用的5 'utr区域,限制的充分认识,我们使用了目标序列从HCV NS3 NS5A和NS5B区域。结果比线性探针试验数据获得相同的样本。随机选择存档血清或血浆样本143年亚洲和非洲7慢性丙肝病毒感染,患者病毒载量范围从5.50到1.04 (x102 x108国际单位/毫升(中位数6.10 x106),包含在这项研究。GT分布如下:11 GT1a 14 GT1b 12 GT2 58号及至,9清,7力学,39位于新界。在16/150(11%)的样品,两种方法之间的不和谐的结果。确认测试Sanger测序表明区分主要GT级别的能力为89.3%(95%置信区间ci: 83.4 - 93.3)山坡和100% (95% ci: 97.5—-100)门店。被发现是89%正确的GT亚型呼吁山坡,上天为100%。16不和谐的样本中,8个位于被错误地归类为GT1b行探索,作为清6 g3,另一个位于2号及至。

总之,考虑到正确的至关重要的作用在HCV基因分型治疗管理,工作流自动化丙肝病毒门店出现作为区分丙肝病毒GTs的高度可靠的工具,它可以帮助防止诊断错误可能导致次优的治疗。

并非最不重要的是,图书馆生成DNA叠连群进一步完全用户访问序列分析之后,例如,使评估额外的突变的情况下接受调查。这个额外的特性可能有用的新药物治疗监测耐药性。