系统特定的周期性qPCR数据及其对定量的影响

统计噪声是每个定量PCR (qPCR)的特性曲线。原则上,可能遇到两种不同形式的噪声:(i)荧光信号的色散对他们真正的价值周期循环(within-sample噪声)和(2)不同复制qPCR之间的色散曲线在同一周期(噪声点之间)。最明显的点之间噪声效应是一个整体转移qPCR曲线的轴,有时扩展信号的基线以上,这样基线和plateau-baseline差异可能不同反应的反应。这些影响一直是已知的,但不是完全理解。

最近工作(Tellinghuisen &这位2014),我们初步结果显示发表的大规模技术复制数据集(Ruijter et al ., 2013)发现意想不到的荧光值的点之间周期性的循环数。这些周期模式的起源在qPCR数据仍然是难以捉摸的。

更详细地研究这一现象,我们采用自相关分析在更大的发布和自有high-replicate qPCR数据从不同的平台和分析获得的Cq值对固有周期模式下当了几个不同的定量机制。