下一代测序精度肿瘤学:检测微小残留病

像大多数疾病,癌症没有one-treatment-cures-all解决方案。相同类型的癌症患者可以对相同的治疗反应非常不同,或有不同的反应随着时间的推移,需要更个性化的治疗方案。下一代测序(门店)的发展使得测序的病人肿瘤组织或一个现实的选择,使得快速发展的个性化的癌症治疗。医生现在可以知道病人的疾病的遗传贡献,根据个人需要选择最好的治疗。这是特别重要的在肿瘤学,突变推动肿瘤细胞和肿瘤的形成。

通过确定突变导致病人的肿瘤,临床医生可以更好的诊断和治疗,具体使用靶向治疗肿瘤。治疗后,幸存的癌细胞的识别,或微小残留病(MRD),极大地影响病人的预后。然而,MRD可以逃避目前的实验方法,直到复发进展顺利。¹因此,一个更敏感的方法找到MRD正在开发使用门店研究循环肿瘤DNA的存在(ctDNA)从血液样本。

上天用来检测MRD怎么样?

检测MRD使用门店取决于发现癌细胞的标记游离DNA (cfDNA)。癌症细胞死亡时,DNA释放到血液中。通过收集血液样本中的所有cfDNA癌细胞标记的样本进行分析以确定还有癌细胞出现在一个病人。上天允许广泛的肿瘤特异性标志物特征出现在所有或大多数癌症细胞。目前有两种主要方式,MRD发现:tumor-informed tumor-naive。tumor-informed,识别特定病人的肿瘤标志物,最初广泛的基因组分析测试(例如,whole-exome测序或大型pan-cancer排序测试)。虽然DNA突变是最常用的,也可以使用甲基化等表观遗传变化。

tumor-naive,小组共同使用标记;虽然更实用的通用测试,癌症是一个多样化的疾病,许多患者可能不足。发现的突变发生在较低的频率和少量cfDNA,因此需要大量的标记来识别ctDNA。而数字PCR有助于变异副本可用的情况下,能够看更多的标记也是有帮助的,这是上天的亮点。上天让你看更多标记除了不连续标记(例如,甲基化和碎片化模式)。

通过识别癌细胞标记在cfDNA,临床医生可以看到如果他们所做的工作和调整相应的治疗。如果ctDNA仍然存在,病人的预后是更糟,辅助治疗可以考虑。¹如果病人癌症是免费的,临床医生可以后退的一些更严厉的疗法。尽管它还没有一个标准的行为,门店识别MRD的潜力持有的权力为临床医生提供有价值的信息关于他们的病人可能对治疗和帮助未来的医疗计划。

门店MRD检测的挑战是什么?

同时检测MRD使用门店提供care-driving信息临床医生,有几个实施所面临的挑战,如测序的物理局限性cfDNA血液样本。有少量的DNA,其中只有一小部分可能来自癌细胞,使效率至关重要的考虑。要想成功,图书馆准备必须高效,测序需要覆盖标记尽可能均匀。序列还需要测序深度——无法实现当看着整个基因组。在更大的深度序列标记,混合捕获探针可用于丰富标记目标序列与更大的频率和顺序。除了测序这些低丰度标记的挑战,挑战的执行临床实验室测试适用于使用门店MRD。时间是本质的病人;因此这个化验必须能够提供数据快速肿瘤。这可能是特别具有挑战性的tumor-informed方法,在一个特定的测试需要尽快设计和制造。最后需要大量的临床试验证明MRD检测的临床效用。

门店发展:使用MRD检测实体肿瘤

使用门店检测MRD是一个相对较新且发展迅速的方法。一个重要的新发展是ctDNA从实体肿瘤的能力,影响大多数的癌症患者。传统上,MRD是一个方法用于监测血液癌症,但技术效率和纠错方面的进步也使得这种方法对实体肿瘤的进化。作为检测的灵敏度和准确性使用甲基化和碎片化等新标记模式改善,未来的发展可能产生巨大影响的使用门店识别ctDNA无症状的患者早期癌症检测。原理非常类似于寻找MRD和前景有可能使用类似的方法来筛选病人癌症。

检测MRD使用门店是一个新兴的技术,可以帮助临床医生可能比现有方法更早发现癌症复发。通过测序cfDNA中循环,数十名标记——包括表观遗传和分裂模式——可以马上进行分析来确定持续治疗后肿瘤细胞的存在。使用这个快速发展的方法,临床医生可以改善病人护理的裁剪治疗,以更好地满足病人的需求。

引用

1。米颂歌EJ, Nabet, Alizadeh AA, Diehn m .检测液体的残余固体肿瘤:循环肿瘤DNA微小残留病。癌症越是加大。2021;11 (12):2968 - 2986。doi:2159 - 8290. - 10.1158 / cd - 21 - 0634

关于作者:

microrna的Jarosz博士,是全球市场总监DNA技术发展和应用程序集成。

免责声明:RUO-For研究只使用。不用于诊断程序。除非另有书面同意,IDT无意中使用这些产品临床应用,不保证他们的健康或是否适合任何临床诊断使用。买家是全权负责所有的决定关于这些产品的使用和任何相关的监管或法律义务。