根据疾病防治中心的说法,超过100000个新病例COVID-19报告每天的在美国。*虽然诊断测试可以概述COVID-19感染趋势,国内测试结果并不总是报道,所以可能不是最好的解决方案预测提前爆发。
2020年9月,美国疾病控制和预防中心发布了国家污水监测系统跟踪中存在SARS-CoV-2废水样品收集全国各地。188金宝搏备用说话旧金山Bizouarn市场开发经理Bio-Rad实验室、数字生物学小组发现污水测试是如何工作的以及如何预测COVID-19病例和新出现的变体。
凯特·罗宾逊(KR):疾控中心已确认废水样品存在COVID-19发现增加;为什么这个很重要?
旧金山Bizouarn (FB):CDC是更多地依靠监测废水SARS-CoV-2病毒的存在,因为它表明病毒的存在,表明其可追踪的方式丰富。COVID-19与家里的可用性测试套件,许多感染可能会报道。因此,美国疾病控制和预防中心可能只知道COVID-19案件在美国的一小部分。此外,病毒通常可检测废水前几天个人表现出临床症状,允许政府当局预测新的潜在暴发和制定适当的计划,减轻病毒的传播,减少其影响。
基米-雷克南:什么样的响应这个消息了吗?
弗拉维奥-布里亚托利:科学家一致认为美国正面临新一波COVID-19情况下由于高度传染性BA.2变体,尽管最近的估计表明,峰值不会那么高造成的一ο变体由于疫苗接种率的增加。政府当局正在考虑需要防护措施对当前政治气候和大流行性流感疲劳和以各种方式回应这个消息。大多数政府只是告诉美国人保持警惕。一些城市和州已经开始删除面具授权但仍然鼓励他们使用。
基米-雷克南:废水监测是如何工作的呢?
弗拉维奥-布里亚托利:废水监测使科学家能够检测和量化小浓度的病原体来自建筑、社区或更大的地区。这种类型的允许当局提供日常监测疾病暴发的早期预警,临床症状出现前几天甚至几周时间,使他们早干预,减轻疫情的传播。
基米-雷克南:什么测试方法和实验室工作流是用来量化SARS-CoV-2废水?
弗拉维奥-布里亚托利:临床COVID-19测试通常是使用定量PCR (qPCR)执行,但更敏感和准确滴数字TMPCR (ddPCRTM)技术更适合污水测试。事实上,美国疾病控制和预防中心支持ddPCR废水监测作为一种优越的技术,因为它不太敏感的抑制剂在废水,其中有很多。ddPCR抑制剂不太敏感,因为它量化目标分子,在这种情况下,在端点SARS-CoV-2 RNA PCR分析和不依赖于放大效率精度。
使用qPCR,科学家估计病毒的浓度需要通过计算放大周期的数量相应的荧光达到某个阈值。如果抑制放大,需要更多的周期达到阈值,和qPCR结果将低估样本中的病毒浓度。ddPCR,另一方面,将样本到成千上万的水滴,每个包含不超过几核酸链。如果一个液滴包含目标病毒RNA, RNA会放大,和荧光探针将导致液滴点亮。然而,如果滴不包含目标序列,序列不会放大和液滴将显示黑屏。荧光的数量(正面)和荧光(消极的)滴数,用于计算原始样本中的病毒浓度。自ddPCR需要二进制测量放大是否发生(没有多少放大发生)在每个液滴,抑制剂减少对精度的影响。
这是特别相关污水测试。废水含有多种生物材料和化学物质会干扰PCR反应。因此,挑战平衡净化和示例收益率:净化留下残余抑制剂不足,过多的净化减少分子存在于样本的数量。由于ddPCR抑制剂不敏感,更宽容的净化,这意味着更多的分子将继续进行分析。
基米-雷克南:废水监测数据应使用与其他数据吗?
弗拉维奥-布里亚托利:是的,废水监测是更广泛的一部分测试景观跟踪SARS-CoV-2的传播。废水提供了一个早期预警系统,但当局必须对临床试验来预测和检测未来的影响在不同的地区不同的变体。
基米-雷克南:废水监测如何协助预期上升的情况下还是新变体的出现?从监测数据的趋势已确定到目前为止?
弗拉维奥-布里亚托利:一旦发现一个新的变种,废水的新试验可以开发测试。这将帮助政府确定新变种层出不穷,预测他们的大小和方向传播。例如,废水监测有助于定义BA.2变体的蔓延的程度在美国。
2022年5月25日*数据正确。
旧金山Bizouarn凯特·罗宾逊说,助理编辑技术网络。188金宝搏备用
