聚合酶链反应:“主力”技术
聚合酶链式反应(PCR)被认为是二十世纪晚期的生物技术突破之一，继续在各种学科的科学研究中发挥着不可或缺的作用。
在这次采访中，188金宝搏备用与CRO Biogazelle的首席技术官兼联合创始人、MIQE指南的合著者Jan Hellemans博士进行了交谈，以了解为什么基于pcr的技术是该公司的“主力”技术。Hellemans博士还概述了PCR在免疫肿瘤学研究和COVID-19等具体研究项目中发挥作用的例子，并讨论了PCR对Biogazelle投资组合中其他技术的补充。
莫莉·坎贝尔(主持人):对于我们的读者可能不熟悉，请您谈谈Biogazelle作为CRO所做的工作，以及为什么PCR技术对Biogazelle是一种有价值的工具?
Jan Hellemans (JH):Biogazelle是一家专门从事高价值应用程序的CRO，以支持药物研究、临床试验和诊断测试开发。为了加速小分子、RNA靶向药物和过继细胞疗法的开发，我们应用了一套基因组和转录组学技术，来寻找和验证RNA生物标志物，并评估疗效、安全性和毒性。
RNA测序工作流程通常用于项目的发现阶段，使用珍贵的临床样本来识别候选生物标志物。然而，我们实验室的主力技术是定量PCR和液滴数字PCR (ddPCR)．它们被用于支持所有研究以及特定基因或其他有针对性的分析的所有测量。
MC:有许多不同类型的PCR技术可用。你能谈谈为什么你们专门采用ddPCR和qPCR吗?
JH:对我来说，选择一种技术并不是要确定一个赢家。它是关于了解市场上可用的或内部开发的不同技术的内在优点、挑战和局限性。话虽如此，聚合酶链反应显然是大多数情况下的基石技术所有分子实验室。我们为客户所做的分析类型主要涉及某些序列的量化，无论是基因的表达、转基因的拷贝数还是病毒载量。qPCR和ddPCR显然是定量选择和有限数量的目标的技术。
MC:您能举几个例子，谈谈您使用ddPCR和qPCR进行的项目吗?
JH:我们应用qPCR或ddPCR的项目范围相当广泛。在COVID-19危机开始时，比利时政府要求Biogazelle将利用其能力并提供检测能力来支持国家筛查需求。我们在qPCR检测验证和高通量检测仪器方面的专业知识，使我们能够迅速采取行动，并接管了国家检测能力的相当大一部分。考虑到对高通量检测能力的需求以及对SARS-CoV-2可靠和敏感检测的需求，qPCR技术是明确的选择。
免疫肿瘤学是一个近年来兴趣激增的领域，大量的临床试验正在这一领域进行。由于过继细胞疗法通常利用病毒载体进行转染，因此需要验证复制能力强的慢病毒或逆转录病毒的缺失，并监测载体拷贝数(CAR-T细胞在体内持久性的衡量标准)。两者都需要对各自的DNA序列进行敏感而准确的量化。在实践中，qPCR和ddPCR都被使用，选择取决于赞助者的特殊要求。
在药物发现的早期阶段，我们开发了一种独特的专业技术，用于筛选反义寡核苷酸，以确定其特异性降低其靶基因表达的潜力。为此，已经开发了高通量筛选方法，其中一次筛选必须进行数万个qPCR反应。此外，大样本量和少量感兴趣的基因是qPCR优势的完美匹配。
MC:请您谈谈qPCR和RNA-Seq等技术是如何在您的产品组合中共存的?
JH:如前所述，每种技术都有它的位置。研究问题决定了最合适的方法。对于大量序列的量化，RNA-seq通常是首选技术。对于更有针对性的分析，qPCR和ddPCR成本更低，样品吞吐量更大，更适合。一般的经验法则是，RNA-seq可以被认为是早期发现工具，而qPCR和ddPCR更适合后期确认或测试需求。
MC:作为一名CRO，你遇到的最大挑战是什么?你是如何克服它们的?
JH:Biogazelle是一家专业服务提供商。这意味着我们通常不能依赖现成的解决方案，而必须开发量身定制的分析和方法。将灵活性和科学卓越性与大多数客户所需的质量保证相结合是一项重大挑战。跨不同部门(科学和质量管理，实验室和数据分析)在一个项目上合作，并培训人们了解这些需求，这是我们实现这一目标的方式。
MC: PCR已被证明是COVID-19检测的有效工具。你能告诉我们Biogazelle在这个领域的工作吗?您如何确保测试过程的效率和准确性?
JH:需要明确的是，在SARS-CoV-2检测中，准确性指的是敏感性，而不是量化;我们对精确量化病人的病毒载量不感兴趣，而是确定病毒是否存在。从这个角度来看，我们需要能够检测出低病毒数，因为感染早期的患者可能具有低病毒载量，但之后将不可避免地成为病毒的传播者。我们投入了大量的精力来优化提取程序和检测方法，以提高测试的灵敏度。在此过程中，必须考虑仪器试剂的可用性以及整体测试效率等方面。在巨大的时间压力下完成这一切是我们面临的最大挑战之一，但我很自豪地说，我们成功克服了这一挑战。
简·海勒曼斯接受了科技网络科学作家莫莉·坎贝尔的采访。188金宝搏备用
ddPCR是Bio-Rad提供的一种创新技术。如果您有兴趣了解其他专家如何在他们的研究中使用它，以及有哪些ddPCR系统可用，请浏览这里．
