植物科学出版公开数据

JR:标准化数据发表是一个热门话题在沉重的生命科学。为什么这是特别重要的植物科学吗?

理查德·道金斯:数据生成的降低成本,加上日益开放和可再生的科学要求,构成一个非常紧迫的问题:我们如何从一个场景,描述数据不佳,很少公开沉积点数据的描述和沉积变得普遍在哪里?时间成本高与丰富相关数据与信息的所有实验和分析过程,进入生产(元数据),这是一件事COPO的目标是通过简单的用户界面,提高合并获得公共存储库,和向导指导注释数据和元数据。标准化最重要的好处是,数据变得更容易发现,集成和重用在其他科学研究,和标准化的数据描述在各种实验生物,就能很容易地之间的知识转移研究人员在不同的植物。因此研究人员研究特定作物物种可能会受益于工作在不同作物如果他们了解实验,并可以访问正确的数据集和工具来进行繁殖,扩大工作在这些不同的生物体。

一个激动人心的副产品这些努力是存放数据的改善识别在公共领域。提供引用的方法和跟踪数据是至关重要的理解研究成果的价值和影响在这个数字时代。一篇论文在截屏图不是一个好方法评估的科学杂志的影响在当前快节奏的数据密集型植物科学的气候,有很多的信息(通常是降级到补充附录)支撑的研究结果并不是用于其他研究人员的方式可用。通过数据和分析了植物科学一等公民,有明显的好处提供一个清晰和开放的互联知识库的研究来提高在全球粮食安全的重大挑战和植物健康。

JR:你希望什么生物问题将克服利用系统,便于更好的数据共享和分析吗?

理查德·道金斯:对数据的访问是现代科学的重要组成部分。这种模式跨越从试验元数据,通过原始数据,处理数据集相关下游生物问题。“大数据”也是一个热门话题,和纯粹的数量和现在每天产生的数据的复杂性使得科学家们变得越来越困难找到合适的数据集来贡献他们的研究,更不用说分析。COPO旨在解决中央的挑战准备为发现、重用和数据密集型研究识别输出。

JR:基因组分析中心协作的开放数据的一部分植物组学协会(COPO)自2014年成立以来。背后的主要驱动力是什么形成这个财团吗?

理查德·道金斯:COPO项目包含大量的合作伙伴:华威大学;TGAC;牛津大学e-Research中心;EMBL-EBI。授予的生物技术和生物科学研究委员会(BBSRC)允许合作伙伴正式合作这一重要研究领域。各合作伙伴有明确的经验基础设施开发、数据管理和处理、元数据规范,实验设计和社区互动。这些不是一个小的领域研究,所以需要专注和清楚协调财团和支持者汇集有关。

JR: COPO最近遇到的第一车间,基因组分析中心托管。这次会议将如何帮助将项目进行下一阶段吗?

理查德·道金斯:COPO的成功取决于频繁和深入对话与它的关键利益相关者,即生物学家和bioinformaticians谁将使用该系统。这个初始工厂帮助我们理解当前国情对于用户的数据需求。我们讨论了已经存在的数据存储库和服务,为植物科学的某些领域,这些领域也合适的库不可用或准备支持新的数据泛滥问题等领域的高通量表现型。石榴石社区博客描述车间已经发表,如果读者想了解更多:http://blog.garnetcommunity.org.uk/copo - 2015 meeting/