提高蛋白质组学的酒吧
蛋白质组学的主力技术,特别是质谱(MS),现在可以函数在令人难以置信的速度和敏感性。数据分析瓶颈,此前有限的效用大的蛋白质组学数据集,现在被高速处理,复杂的软件套件。转化研究中继续取得了巨大的进步空间,作为小说疾病生物标志物、药物靶点和蛋白质biotherapeutics标识、描述和分析。
进步的步伐蛋白质组学领域令人印象深刻,被小说的发展,支持创新的仪器。现在,大规模生态系统可以提供有意义的数据。
我们如何继续推动边界的分析功能,增加信心,结果和女士适用于更大范围的研究问题?
在新的一年的开始,188金宝搏备用采访Rohan Thakur生命科学质谱的执行副总裁力量Daltonics,讨论这些概念。Rohan解释力量是如何工作和科学家开发新技术,对他们的研究有一个真正的影响,以及该公司在2022年将继续这项工作。
莫莉·坎贝尔(MC):的重点是什么力量Daltonics 2021和这个重点塑造怎么样?
Rohan Thakur (RT):我们在6月推出两个新工具;timsTOF SCP和timsTOF专业2。我们的客户不断地向我们索要更多的敏感度。他们希望看到更多的蛋白质和细胞较少,但他们也想知道如何围绕与正确的样品制备和软件生态系统。软件是一个主要集中在蛋白质组学,所以,我们最初的仪器发射之后,我们想要确保我们有软件,每天将处理50个样品蛋白质组学上下文。我们被问这样的问题:你如何得到更好的深度,更好的特性发现,提高信心,你的结果吗?
随着CRISPR-Cas9疗法的兴起,力量起动器得到很多寡核苷酸分析要求。教授与我们合作,有一些创新的MS / MS寡核苷酸分析软件系统在负模式中,工作的超级qTOF质谱仪。
主持人:今年有几个新产品推出的力量。我们可以谈论timsTOF SCP和离子源的几何形状进行修改?这转化为更高的灵敏度如何?
RT:这是一个更大的入口,我们改变之前的几何dual-TIMS漏斗,我们需要保持压力不变,尽管引进更多的离子从该地区大气压力。去除多余的气体,结果使用更大的入口,我们有一个“Z”形进入dual-TIMS设备,帮助管理压力,导致了更丰富的离子束,结果灵敏度的提高。
司仪:继续timsTOF Pro 2。一个案例研究提到,7000年从200 ng蛋白质组和60000肽,在60分钟的梯度。你能谈谈这些数据之前的可能吗?这速度和灵敏度是怎样实现的?
RT:有更多的能力在dual-TIMS漏斗设计。力量改变的一些几何dual-TIMS漏斗内给我们更多的离子能力。速度是相同的,但我们有一个略大的“水桶”,可以这么说。
主持人:磷酸化肽更难以识别。TIMScore算法可以讨论更多,这里所用的CCS值是如何允许研究人员深入到蛋白质组吗?
RT:一切工作当你有伟大的信号噪声和单个细胞肽的碰撞。但当你去高灵敏度,你有越来越少的材料,和有co-elution肽导致嵌合在MS / MS谱模式——你怎么知道MS / MS来自哪个前体肽?即使你解决这个问题,你总是对一个搜索in-silico生成诱饵以消除假阳性身份。想象你有两个密切相关的冲击;你怎么知道你有正确的和合适的诱饵?你可以有一个情况你扔掉正确的肽?此外,作为你的搜索空间变大,问题变得更糟糕的是由于理论限制诱饵的一代。
TIMScore,当我们计算生成诱饵,我们也in-silico预测诱饵的CCS的价值。然后我们使用这些额外信息来加强观察或测量的诱饵肽在考虑。既然你有CCS测量值和预测CCS值为肽和诱饵,它允许你来区分,增加信心,选择正确的肽。该算法使用机器学习。我们正努力使我们的算法更好这样我们不要扔掉好数据。最后都是模式识别,那么如何获得更多的属性确认模式吗?这本质上是力量是什么做的。
主持人:为何是如此的难以描述RNA治疗/ RNA指南(CRISPR-Cas9)和OligoQuest帮助如何?
RT:RNA指南指导蛋白(Cas9)基因组中特定的点。想象你微弱的杂质,误导RNA——它可能会带来灾难性的后果,这一直是一个关注RNA治疗。
我们发现试验更好完成在负离子模式下,所有质谱仪,这就增加了负担和我们必须找到不到百分之一的杂质。这是更加困难比一般的分析;但是这两个任务的工作得很好我们qTOF仪器时将负离子模式。我们没有设计这个分析的工具,但是我们总是有相同级别的工程在正离子模式下,在负离子模式下。当我们开关仪器负离子模式下,我们不过滤或处理任何数据。我们所看到的,是我们写入磁盘。数据文件更大,但这里的好处,我们不承认,直到现在,我们可以看到这些小杂质,被证明是行列式CRISPR Cas9疗法。
主持人:在您看来,哪些产品从2021年有真正影响你的客户吗?
RT:规模最大的成就之一是将蛋白质组学。timsTOF推出之前,每天10分是常态。timsTOF,您现在可以每天做50到100之间运行。这改变了人们做蛋白质组学。现在需要两个小时在2017年需要20分钟。客户正在讨论5分钟化验他们得到5000的蛋白质。这是惊人的速度,这是从来没有访问直到timsTOF技术的推出,为蛋白质组学所做的努力。我认为现在已经合并,因为软件不再是一个瓶颈;整个生态系统是提供有意义的数据规模。客户现在可以得到许多蛋白质组学,类似于基因组学革命开始的每天运行样本的数量。
主持人:我们之前所说的壁垒实现蛋白质组学在临床的存在空间。你能说这最近进展如何?
RT:我认为我们正在努力转化空间。我预测,我们仍然是一个坚实的5到10年离开诊所。我认为科学家已经开始迈出第一步,他们在哪里连接蛋白质转录组、蛋白质组学lipidome,或转录组,等数据开始合并,但它仍然是在这个阶段转化。
主持人:您之前说,当向前发展,力量创新与完整性。力量将如何继续我们在2022 ?
RT:我们想带出有意义的产品,仪器和软件。当我们推出,它的问题。我总是与我们所有的合作者帮助我们的照片。整个想法是,我们正试图获得有效的创新(软件和硬件)研究社区,他们需要解决复杂的生物学问题。
我们有一个很大的关注蛋白质,他们是否在组织、体液或细胞提取物。如果我们可以开始提高酒吧,与该领域的专家的帮助下,那么我认为它好处每个人,我们可以加快发现。我们连续工作与我们的客户,我们可以使自己的工作有意义的不同,将规模灵敏度高蛋白质组学和epi-proteomics。
Rohan Thakur说莫莉坎贝尔,科普作家技术网络。188金宝搏备用
