简化检测癌症的基因变异
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由于癌症的进化速度和临床遗传学研究,固定内容NSG面板无法真正反映最新的知识感兴趣的基因和变异。因此,毫无疑问,这种限制会导致问题。
帮助研究人员克服这些问题,牛津基因技术(油气痕迹)最近发布了SureSeq myPanelTM挥动定制癌症面板。他们告诉我们,这些新的面板将为科学家提供完全定制,pre-optimised挥动面板相关的研究。
为了更好地理解的好处SureSeq myPanelTM和传统的固定内容的局限性挥动面板,我们采访了大卫·库克在油气痕迹高级产品经理。
问:有哪些传统的固定内容的局限性挥动面板?
大卫·库克(DC):从本质上说,基因电池板固定内容仅限于分析一组特定的基因或基因组区域。因此这些电池板只一样好流行的知识时面板设计。癌症研究的步伐意味着新的疾病有关的基因和地区不断被发现,而其他以前有趣的地区被排除。此外,研究人员往往有特定的基因集的兴趣,这可能不是在现有的商用挥动面板,或者这些面板可能包含许多不必要的基因——增加的成本测序和分析的复杂性。
当考虑基因面板的使用,同样重要的是要知道类型的浓缩方法用于捕获所需的测序的基因组区域。富集分析存在两大类:扩增子(PCR)和杂交。作为一个一般规则,hybridisation-based化验,允许删除重复的读取和统一的浓缩的挑战(例如,GC-rich和串联重复序列)地区,提供性能优越。
问:你能告诉我们更多关于SureSeq myPanel™挥动定制癌症面板和他们提供的好处?
DC: Hybridisation-based SureSeq myPanel挥动定制癌症面板从油气痕迹使研究人员能够为他们的特定需求选择鱼饵,并根据需要修改面板与新内容,。油气痕迹持续研发的承诺意味着内容将定期更新,而且应该感兴趣的特定区域不可以,客户可以要求这个开发和接收一个完全定制的面板与pre-optimised探测器在几周内。现有的内容设计专家小组和从目前文献针对所有相关区域包括intronic和拼接的网站,以确保最全面的洞察disease-driving突变。
利用hybridisation-based浓缩,面板也提供无与伦比的覆盖的完整性和统一性,允许检测低频变异与信心和不需要高级桑格测序在其他面板覆盖的地区差
问:哪些癌症目前覆盖?这是在管道吗?
DC:现有的面板内容涵盖了一系列常见的癌症类型,包括卵巢癌、乳腺癌、骨髓和急性髓系白血病(AML)。更多内容目前正在开发,包括慢性淋巴细胞白血病(CLL),肺癌和肠癌,另外,我们将创建完全自定义的内容要求对任何基因组区域。
问:是什么使某些基因很难序列,和myPanel如何帮助?
DC:大多数门店面板使用amplicon-based浓缩,它有许多内在的挑战,如浓缩的重复和GC-rich地区。此外,小说的存在变异的扩增子引物网站可能导致链或等位基因的偏见,甚至完全退出的地区。使用hybridisation-based鱼饵加上油气痕迹的超级诱饵设计策略允许SureSeq myPanel定制癌症面板来克服这些问题提供统一的覆盖所有地区的利益。更多信息SureSeq myPanel挥动定制癌症面板,请访问www.ogt.com/sureseq。
大卫·库克说安娜·麦克唐纳编辑技术网络。188金宝搏备用
帮助研究人员克服这些问题,牛津基因技术(油气痕迹)最近发布了SureSeq myPanelTM挥动定制癌症面板。他们告诉我们,这些新的面板将为科学家提供完全定制,pre-optimised挥动面板相关的研究。
为了更好地理解的好处SureSeq myPanelTM和传统的固定内容的局限性挥动面板,我们采访了大卫·库克在油气痕迹高级产品经理。
问:有哪些传统的固定内容的局限性挥动面板?
大卫·库克(DC):从本质上说,基因电池板固定内容仅限于分析一组特定的基因或基因组区域。因此这些电池板只一样好流行的知识时面板设计。癌症研究的步伐意味着新的疾病有关的基因和地区不断被发现,而其他以前有趣的地区被排除。此外,研究人员往往有特定的基因集的兴趣,这可能不是在现有的商用挥动面板,或者这些面板可能包含许多不必要的基因——增加的成本测序和分析的复杂性。
当考虑基因面板的使用,同样重要的是要知道类型的浓缩方法用于捕获所需的测序的基因组区域。富集分析存在两大类:扩增子(PCR)和杂交。作为一个一般规则,hybridisation-based化验,允许删除重复的读取和统一的浓缩的挑战(例如,GC-rich和串联重复序列)地区,提供性能优越。
问:你能告诉我们更多关于SureSeq myPanel™挥动定制癌症面板和他们提供的好处?
DC: Hybridisation-based SureSeq myPanel挥动定制癌症面板从油气痕迹使研究人员能够为他们的特定需求选择鱼饵,并根据需要修改面板与新内容,。油气痕迹持续研发的承诺意味着内容将定期更新,而且应该感兴趣的特定区域不可以,客户可以要求这个开发和接收一个完全定制的面板与pre-optimised探测器在几周内。现有的内容设计专家小组和从目前文献针对所有相关区域包括intronic和拼接的网站,以确保最全面的洞察disease-driving突变。
利用hybridisation-based浓缩,面板也提供无与伦比的覆盖的完整性和统一性,允许检测低频变异与信心和不需要高级桑格测序在其他面板覆盖的地区差
问:哪些癌症目前覆盖?这是在管道吗?
DC:现有的面板内容涵盖了一系列常见的癌症类型,包括卵巢癌、乳腺癌、骨髓和急性髓系白血病(AML)。更多内容目前正在开发,包括慢性淋巴细胞白血病(CLL),肺癌和肠癌,另外,我们将创建完全自定义的内容要求对任何基因组区域。
问:是什么使某些基因很难序列,和myPanel如何帮助?
DC:大多数门店面板使用amplicon-based浓缩,它有许多内在的挑战,如浓缩的重复和GC-rich地区。此外,小说的存在变异的扩增子引物网站可能导致链或等位基因的偏见,甚至完全退出的地区。使用hybridisation-based鱼饵加上油气痕迹的超级诱饵设计策略允许SureSeq myPanel定制癌症面板来克服这些问题提供统一的覆盖所有地区的利益。更多信息SureSeq myPanel挥动定制癌症面板,请访问www.ogt.com/sureseq。
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