超级计算机艾滋病小麦基因组分析

我们采访了蒂姆•施迪博士TGAC科学计算主管,学习如何的SGI®紫外线™300将有助于克服一些TGAC研究人员所面临的挑战的基因组学分析。

基因组学分析当前的问题是什么?

蒂姆施迪博士:在TGAC,我们的科学家正在研究一些最大和最复杂的基因组。特别是TGAC科学家已经在很大程度上造成了小麦基因组的测序和组装约5倍,比人类基因组复杂。典型的小麦装配计算在我们现有的超级计算平台可以接管运行4周和4 - 6 tb的共享RAM之间需要一台计算机。这是一个非常苛刻的计算,需要最先进的高性能计算技术可以实现的。

如何添加新的SGI®紫外线™300 TGAC帮助克服这些问题?

TS:我们可以获得大会的结果越快越早我们可以分享这些结果与其他计算全球科学家和小麦育种者。通过引入新的UV 300 TGAC平台,我们希望大大降低小麦的运行时组件。新的UV 300平台包括更快的内存技术,新一代的Intel Xeon处理器可能多达80%的速度比我们现有的处理器技术,以及新增加32字节的英特尔SSD NVMe技术大大提高读写数据到磁盘的性能,它可以成为一个组装过程中关键的瓶颈。这与提供的技术提升下一代SGI UV 300平台,TGAC研究者能够承担更大的基因组装配在更少的时间。

你能告诉我们更多关于TGAC和SGI和英特尔的合作吗?

TS: TGAC SGI和英特尔公司有一个长期的关系,因为它成立于2009年。第一个超级计算平台安装在大型基因组组装TGAC老一代SGI紫外线系统,其中包括英特尔处理器。这项技术多年来一再证明了它的可靠性和功能支持在TGAC一些最苛刻的计算任务,我们很高兴这个伙伴关系持续部署最新的SGI紫外线技术与英特尔处理器和SSD NVMe技术。

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蒂姆施迪博士是安娜·麦克唐纳,编辑技术网络。188金宝搏备用