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我们知道英国SARS-CoV-2变体蔓延?

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本文基于有待同行评审的研究成果。因此被视为初步结果,应该解释为这样的。了解同行评审过程的作用研究在这里。为进一步的信息,请联系引用源。

SARS-CoV-2病毒的一个变种被称为B.1.1.7——或者VOC202012/01——已被确定在英国和归类为“关切”的变种
英国公共卫生(法)。

变异似乎与英国COVID-19案件数量的不断增加,最终导致首相鲍里斯·约翰逊宣布在全国范围内锁定于1月5日。

到目前为止我们所知道的关于VOC202012/01来自分子生物学的新预印本*研究伦敦帝国理工学院,这表明这种变体更传染性,但不会引起更严重的COVID-19。1

变异和为什么他们发生什么?


病毒需要宿主生存和受到压力,要求它们变异,导致不同的循环相同的病毒。这发生在常见的流感等传染病。SARS-CoV-2,造成COVID-19全球大流行的病毒,也不例外。

所需的步骤SARS-CoV-2感染涉及多种分子机制。基因突变导致改变特定组件的分子机器会影响如何病毒与细胞相互作用,包括其感染细胞的能力,可以增强或减弱。

随着SARS-CoV-2扩散到全世界,变异一直跟踪监视组织在不同的国家。通过测序的基因组的病毒样本收集的患者中,这些组织可以识别变异发生时和他们的科学研究的相关性。做特定的变异导致增加传播性病毒?是变异与疾病严重程度增加有关吗?变异如何影响COVID-19预防或治疗的发展吗?这种监测过程是至关重要的在全球大流行。

大多数的突变确定到目前为止尚未引起关注。“我们经常发现突变在每个病人样本,但许多琐碎的和没有生物的后果。这些变异在一个隔离和共存表明病毒经常同时生成多个变体。为什么发生这种情况,是否有任何生物或临床意义还不清楚,”盖Triche博士个性化医学中心主任洛杉矶儿童医院,对吗188金宝搏备用在一个面试

V0C202012/01:我们知道些什么?


相比其他变异的SARS-CoV-2已确定在英国——等D1614G形式 病毒的——VOC202012/01有特别高的突变数量:23。的疾病控制和预防中心(CDC)列出这些突变包括但不限于:

  • 突变的受体结合域峰值(S)蛋白在501位置,更换一个天冬酰胺与酪氨酸的氨基酸,称为N501Y的突变。

  • 删除在69和70年代的蛋白质。

  • 在S蛋白P1618H替代。

同时向后跟踪表明,变异在9月首次出现在英国,其与越来越多的情况下,在11月开始明显。“法正在调查为什么感染率在肯特郡没有下降,尽管国家限制。然后我们发现了一个集群与这种变体迅速蔓延到伦敦和埃塞克斯,”法新闻稿

在识别VOC202012/01在特定领域迅速蔓延的英国,一群科学家研究小组包括伦敦帝国理工学院,爱丁堡大学板式换热器,威康桑格研究所,伯明翰大学英国(COG-UK)财团COVID-19基因组学联手探索小说变体和23个突变的影响。他们的见解发表在预印本*格式有待同行评议。

“没有迹象表明此时增加疾病的严重程度相关的新变种。这一新变种不太可能会影响疫苗的效果,但这是目前研究的法”,劳伦斯年轻。病毒学家和华威大学分子肿瘤学教授。

科学家们进行了各种各样的基因组和统计分析,关注1904 VOC全基因组和收集的数据来自48128个基因组样本收集在2020年10月和12月5日之间。研究人员使用e基因目标失败(SGTF)的PCR检测方法测量VOC202012/01病例vs non-VOC202012/01情况下在不同的地区。

e基因目标失败是什么?


突变VOC202012/01 SARS-CoV-2形式包括21765 - 21770 e基因删除在基因组的位置。使用某些诊断化验,在英国,比如COVID-19 TaqPath从热费希尔试验,采用3个目标检测方法,包括针对ORF1ab, N和S基因。因此,VOC202012/01 S基因的缺失导致这部分的试验的阴性结果。的欧洲疾病预防和控制中心指出,“e基因退出整体不太可能导致假阴性结果为SARS-CoV-2 e基因本身一般不用于检测病毒。”的partially negative result can, however, be used to screen for the VOC202012/01 variant.

整体结果VOC202012/01频率的速度是“符合传播优势其他循环在英国血统”。估计增加繁殖数量(R) VOC202012/01和non-VOC202012/01血统之间范围在0.4和0.7之间。

R是几号?


繁殖数量,也被称为R,指继发感染的平均数量由一个被感染的人。

under-20-year-olds更危险?


分析的样品用于预印本研究表明更多的病例在under-20-year-olds VOC20012/01的变体形式。作者写道,“我们观察一个小但显著转向u20 VOC的影响比non-VOC变异,甚至在控制了周和区域差异。然而,正如我们之前的结果,这个观察不解决这些差异背后的机制。”

团队继续假设潜在的理论在under-20-year-olds增加业务,包括:“VOC和non-VOC社区病例的年龄分布之间的差异可能会导致整体提高传播能力的VOC(尤其是在一个时间锁定在部队但学校开放),u20的易感性增加,或更明显症状(因此倾向寻求测试)中VOC的年龄范围。”Further exploration with a larger study cohort will be required to corroborate these suggestions.


同时数据意味着新变种可能更多的传染性,在这个阶段,他们没有发现任何证据表明它会导致更严重的COVID-19。

遗传基因和人类行为


评估包括样本收集的数据直到12月5日,所以测序的基因样本病人在此后将进一步收集相关信息,充分评估情况的严重性。

然而,作者强调更高的感染水平的数据尽管社会距离和封锁措施。监控每个人的坚持锁定水平和社会距离要求身体是不可能的,这为科学家们提出了挑战;增强的遗传性基因贡献的结果,或人类行为——即。,未能遵守限制吗?“在实践中,我们要解决这一问题,”Julian Tang,莱斯特大学的副教授和临床病毒学家说这事。

从这些数据我们可以解释什么?


研究尚未进行同行评审,和局限性,如样本代表性和使用简单的模型使用的假设被研究的作者承认。

专家在科学界发现共享他们的想法。托马斯博士,读者在曼彻斯特大学的数理统计,评论说:“这是高质量工作的新变种,这个问题仍然受到相当大的不确定性。它涉及一系列的多个数据集的统计分析,目的是评估增加遗传性。明显需要谨慎的解释这些结果由于数据和模型的复杂性。”

“SGTF的使用方法可能低估阳性病例的数量,”唐说。“一些实验室(我们这样的)不使用任何COVID-19化验目标S基因——正是因为我们预期e基因突变进化的大流行。”He added, "We are likely detecting new UK variant cases without identifying them as such (except via retrospective sequencing later) as we will not see this SGTF effect with our assays. There may be other labs like ours not using such S-gene target assays that may be underestimating this variant frequency also."

疫苗呢?


全国的封锁措施收紧,英国已经开始推出两种疫苗COVID-19:辉瑞/ BioNTech BNT162b2和牛津大学/阿斯利康的ChAdOx1 nCoV-19疫苗。VOC202012/01变体的影响疫苗的有效性?在这个阶段它不能排除与完整的确定性,但随着劳伦斯青年分子肿瘤学、病毒学家和教授华威大学,说,这是不可能的:“没有迹象表明此时增加疾病的严重程度相关的新变种。这一新的变量将不太可能影响疫苗效果,但这是目前被检调查。”

世界卫生组织 笔记,N501Y突变病毒的受体结合域。这样,“当局正在调查的血清中和活动恢复和接种疫苗的患者对这些变异来确定疫苗的性能有什么影响。”的se studies are currently ongoing.

参考:

1。 中场et al .报告42 -英国SARS-CoV-2血统B.1.1.7传播:从链接流行病学和遗传数据。预印在https://www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/mrc-gida/2020-12-31-COVID19-Report-42-Preprint-VOC.pdf。2020年。

满足作者
莫莉坎贝尔
莫莉坎贝尔
高级科学作家
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