利用dPCR技术推进分子诊断

数字PCR (dPCR)是一种越来越受欢迎的PCR表现，在应用于临床前研究时，特别是用于检测罕见突变和核酸的精确量化时，它提供了许多独特的优势。与许多新的研究方法一样，dPCR在潜在临床场景中的应用也越来越多地被描述。¹

最近出版的研究在分析化学中开始探索dPCR的临床应用。21个独立实验室使用数字PCR对一种罕见的单核苷酸变体进行了定量，实验室之间的重复性很高，证明了该方法在常规临床检测中的潜力。这项研究首次关注了可重复性，并强调了该技术在测量临床重要突变方面的几个潜在优势。

为了了解更多关于dPCR的信息以及这项研究的意义，我们采访了萨里大学首席科学家、LGC高级讲师吉姆·哈吉特。

是什么促使LGC进行这项研究，你发现了什么?

这项研究是欧洲计量研究计划资助项目的一部分，BioSITrace，其重点是通过枚举的概念发展(SI)生物实体的可追溯量化。dPCR有可能成为一种高度可重复性的DNA定量方法，本研究通过比较21个实验室在定量含有与癌症相关突变的DNA材料时的表现来研究这种可重复性。该研究表明，在没有校准器的情况下，dPCR在测量这些序列时确实具有很高的重复性;绝大多数实验室都得到了相同的结果。对于没有这样做的三个国家，这显然是由于对结果的分析，而不是由于仪器。

本研究对数字PCR在临床检测中的应用有何启示?

这些发现表明，在本例中，使用dPCR的定量可以在没有校准的情况下重现。这使得实验室更容易获得相似的结果，这对于在不同实验室对大量患者进行临床测试至关重要;使用qPCR进行定量分析时的一个主要挑战是校准以确保实验室之间的协调。这项研究表明，dPCR可以通过支持qPCR校准或作为一种单独的诊断方法，在推进分子诊断方面发挥重要作用。我怀疑，如果要实现精准医疗的前景最大化，就需要更先进的诊断方法，这些方法要求提高灵敏度或量化性能。

它是否提供了决策者需要的所有证据?

虽然我不是临床医生，但据我所知，临床决策很少是根据单一的结果做出的。然而，为了使这种方法在临床上有用，有助于做出这样的决定，理想情况下它必须准确、可靠和可重复。这些发现有助于我们团队和其他人提供的越来越多的证据，这些证据表明dPCR是一种强大且可重复的方法，可以在未来支持准确的诊断。

展望未来，你能看到数字PCR在某种程度上能够支持qPCR所不能支持的应用吗?

是的，qPCR目前无法竞争的领域是检测无细胞DNA中的罕见遗传变异，例如本研究中分析的那些。另一个重要的问题是，下一代测序是否会取代包括dPCR在内的其他方法。与基于pcr的方法相比，NGS可以测量更多的突变，并且已经是许多临床实验室基因分型的首选方法。然而，当涉及到定量或更敏感分析的需要时，NGS仍在发展中。我们的研究表明dPCR可能是一种可靠的替代方法。dPCR也可能是一种有价值的工具，以确保与NGS相关的定量测量是准确的，即使后者在这种情况下变得更加成熟。

你认为有哪些领域会被qPCR牢牢地巩固?

鉴于临床检测的变化可以比作油轮改变方向，那么在短期到中期，qPCR肯定会继续存在。它相对便宜，快速，已经在高吞吐量格式和护理点开发，最重要的是，它是自动化的，这是它出现时的一个主要优势。虽然qPCR和dPCR是在同一时间发明的，但qPCR得到了广泛发展，而dPCR则需要等待10多年才能在微流体和乳剂化学方面取得进展，使其成为一种实用的方法。如果不是这样，那么我怀疑由于我们的研究显示的特征，dPCR将被更常规地使用;所以我认为dPCR在未来几年将为推进分子诊断提供很多帮助。

Jim Huggett接受了技术网络的高级编辑Jack Rudd的采访。188金宝搏备用

参考

1.哈吉特，J. F.，考恩，S.和福伊，C. A.(2015)。数字PCR作为精确分子诊断工具的考虑。临床化学杂志，61(1)，79-88。