单细胞基因组学领域的迅猛发展,产生许多新的见解复杂的生物系统,但传统的方法分离单个细胞的核酸可以呈现的技术挑战和经济限制。研究人员正在对性能往往需要妥协,工作流的简单性和细胞吞吐量(由于测序成本)。
值得庆幸的是,有希望在地平线上的新技术。BD基因组学最近宣布的早期访问计划BD解决™单细胞基因表达的平台。这个系统的灵活性来捕获和分析数百成千上万的单个细胞在一个广泛的大小和类型。
找到更多关于这个令人兴奋的技术,为什么它将改变单细胞基因组学领域的,我跟博士Vivek巴拉,斯坦福大学医学中心的医学助理教授。他一直利用技术研究的监管流程的肾脏作为早期试点项目的一部分。
JR:首先,你能提供给我你目前从事的研究概况以及如何参与了BD解决早期访问计划?
我们有几个研究项目对肾脏的作用在常见疾病如糖尿病和高血压。对于后者,我们研究肾脏钠运输的机制和后果。每个肾单位,或每个肾脏的功能单元,有一个过滤器紧随其后14独特,肾小管的专业领域。因此,你可以想象,真正掌握肾如何处理任何溶质,如钠,一个需要问,“发生了什么在每一段的小管?”和“一个段的变化如何影响其他部分吗? '。到目前为止,这项技术还没有可用来回答这些问题对小管在高吞吐量的方式。因此,单细胞转录组出生很感兴趣。正是在这一点上,BD伸出手对我建立一个协作的早期访问计划,因为他们已经开发出的技术很感兴趣。
JR:为什么BD解决单个细胞分析平台适用于你的研究?你使用它了吗?
我们使用BD解决平台了解正在发生的事情在每个专业的细胞类型与给定的治疗。我们利用一个非常驯良的模型块钠运输的广泛使用的药物之一,这些专门的管状部分和使用平台了解阻塞传输一段影响其他部分。我们有数据表明,不同地区的小管增殖和生长在应对这一药物,和不同的领域有不同的反应。我们可以使用这个独特的平台来看看常见的增殖信号通路和增长(表示在每一个细胞类型)以及他们如何比较不同领域,如何解释不同的反应,我们观察每小管的一部分。
JR:现实世界而言,它有助于加快你的工作吗?
这项技术让我们公正的见解不同的基因表达途径转”的或“了”在不同的段的小管。这样做没有解决平台需要激光捕获显微解剖一个从每个实验动物肾元。然而,这个新技术提供了几个优势。我们现在获得单细胞基因表达的分辨率从整个器官,不仅单个肾元。我们也可以在每段检查特定的细胞类型和显微解剖的小管是不可能的。例如,远端小管是由四个非常重要,但不同类型的细胞在肾元末互相交叉。单细胞分析平台让我们分离整个肾小管,使用基因表达数据deconvolute数据和标签每种类型的细胞,然后比较相同的通路在细胞类型。
JR:你最近在AGBT你强调了三个“关键能力”的技术。你能解释一下这是什么,为什么你认为他们对单细胞分析的未来如此重要?
首先,这种技术允许一个确定的身份细胞根据其基因表达模式,然后按基因表达模式细胞类型进行分类。我们表明,肾脏在14细胞类型,我们还可以使用该技术基于表达式定义新的细胞类型。人们可以利用这个人类生物学的各个方面,如理解类型的组织浸润细胞在炎症或感染。在肾脏,第一次,我们可以证明不同细胞类型的人口可以改变与疾病或治疗。重要的是,人们还可以区分增加基因的表达在细胞类型和数量的增加,细胞类型等价的表达式。
第二,当学习一个系统如肾小管,或免疫细胞,或脑干,有很多专门的细胞类型,调查特定类型细胞基因表达极低的吞吐量。解决平台提供了一个全面的基因表达矩阵需要尽可能多的细胞类型,和是由他们的基因表达谱。
最后,该技术的核心是RNAseq所以是否全转录组放大或目标板的排序,数据在一个细胞类型的宽度也是黄金标准。
Vivek Bhalla)博士是杰克陆克文,资深编辑技术网络。188金宝搏备用
