在蛋白质组学新的一年

2020年是重要的一年蛋白质组学。COVID-19全球大流行演员关注领域的临床效用在对抗一个公共健康危机,有很多的经验,无疑会影响该领域多年的景观。

188金宝搏备用执行副总裁与Rohan Thakur生命科学质谱在力量Daltonics,讨论目前蛋白质组学的进展情况。

反射后,在2020年的一些亮点和挑战是什么?COVID-19流行如何证明临床研究蛋白质组学的价值?什么数据handling-related问题领域进行新年?最重要的是,我们如何解决这些问题呢?

莫莉·坎贝尔(MC):让我们来谈谈国际2020最近发生联系。的一些关键是什么亮点从今年的会议吗?

Rohan Thakur (RT):两个特定的亮点,第一个是不发射,我们首先从异丙醇产品发布资产收购,这是我们基于gpu的搜索引擎软件。我们支持平移蛋白质组学,包括做许多运行并生成大型数据集。当你产生更多的运行,你创建大型数据集和遇到问题;你的假阳性利率等需要解决正确的软件。问题是我们怎样才能减少搜索时间,小于数据分析的时间做什么?

从色谱法的角度来看我们了11分钟。timsTOF Pro的健壮性、速度和深度的报道使其能够缩短60 - 90分钟11分钟运行,运行的情况罗马菲舍尔博士或安德鲁韦伯博士。

力量收购公司的资产在2020年5月8日,并通过国际我们可以推出新产品,使“运行并完成”的生态系统,这是蛋白质和肽IDs数据采集一样快。

亮点二是早期的数据马蒂亚斯•曼教授单细胞蛋白质组学的发展上了一个原型系统,我们在和他在他的实验室工作。系统的数据从一个细胞——一个真正的单一细胞,不仅添加多个单元在一起,称之为单细胞分析-但实际上看蛋白质从单个细胞,引起了很大的轰动。人真的着迷马提亚被显示的数据。

主持人:有任何最近发表的研究,有你很兴奋?

RT:凯瑟琳王博士上发表了一篇精彩的自然通讯使用timsTOF Pro COVID-19研究。他们可以提出一个两阶段机制基于蛋白质组学数据的发病机理。

主持人:有一些令人印象深刻的进步最近在实现高速和敏感蛋白质组学。有进展在这个空间显示在其他领域新的挑战吗?

RT:挑战可以归结为处理数据,因为很多软件是较小的数据集。如果你比较蛋白质组学和基因组学,现在你需要变得明显基因组学、蛋白质组学、作者、代谢组学等给你一个生物护照,或一个完整的个人观点,这就是为什么个性化医疗是一个流行词在五年前。今天在蛋白质组学可以达到的速度,也从未大约5年前,允许您确定统计用于蛋白质组学研究的有效性,这是第一次。现在,您可以运行全民学习和成功地这样做。我认为这些进步,实现2 - 3年,正改变着人们如何看待数据。我认为这是一个我们都面临的挑战。

主持人:记住这一点,你将如何支持客户工作在发展中解决方案,2021年的挑战?

RT:代谢组学MetaboScape软件包是一个关键。SCiLS成像是一个伟大的计划。如果你看看我们成像努力- SpatialOMx收集蛋白质组学和代谢组学数据从一个组织样本。这是不可能的,直到MALDI-2的发射。可以覆盖的信息和可用的技术员,病理学家和肿瘤学家谁能看不同的分子特征,对治疗的反应或疾病进展和决定如何解决这个问题在一个个性化的水平。

这是我们正在着手做,连接的软件生态系统为用户提供无缝体验和加速或扩大决策过程或可行的决策。现在,生成更多的数据只带来了新的问题;它不会帮你得到一个可行的决策。这就是我们的重点将谎言。

主持人:如何COVID-19全球大流行影响了蛋白质组学的研究领域,在平行,蛋白质组学研究领域如何影响打击SARS-CoV-2吗?你能联系从力量的角度来看呢?

RT:我们有两个主要的努力,一个在澳大利亚珀斯,在那里杰里米·尼科尔森教授做了一些很棒的工作看吗COVID-19-related新陈代谢和代谢物。他的研究对理解post-COVID综合症铺平了道路。第二是timsTOF Pro是用于COVID-19喜欢上述凯瑟琳王博士的研究是谁观察病变与十几患者和尿液样本进行蛋白质组学分析。她能量化更多的蛋白质在她的研究中,这是增加她的深度报道,dia-PASEF等使用方法。

我认为流行的一面巨大的关注,几乎像一个“登月”类型的联合努力试图理解这种疾病在世界各地使用蛋白质组学和代谢组学。这有助于突出应用的使用“组学”来解决问题,真正影响人类。

Rohan Thakur说莫莉坎贝尔,科普作家技术网络。188金宝搏备用