用液体活检检测突变:一种癌症诊断的新方法

由Monika Seidel博士主持的“检测液体活检中的突变”网络研讨会的重点介绍，现在可以按需观看这里!

液体活检可用于识别体液中特定分析物的存在，如血液、尿液和脑脊液。这些测试通过检测癌症、自身免疫性疾病或糖尿病的生物标志物来诊断疾病，并可作为移植患者器官排斥反应的早期检测工具。与传统的组织活检方法相比，这种取样方法的侵入性要小得多，因此应用越来越广泛。因此，让我们来探索液体活检作为癌症诊断和研究工具的使用。

液体活检的重要性

液体活检样本可以包含不同类型的肿瘤来源的物质，然而，大多数测试是通过 捕获和分析 一种特定的生物标志物-循环肿瘤DNA (ctDNA)ctDNA是一种特定类型的无细胞DNA (cfDNA)，当肿瘤细胞死亡时，它被释放到血液中，因此是癌症检测和疾病监测的宝贵工具。

液体活检可用于克服肿瘤的异质性，识别表明癌症亚型(患者间异质性)和肿瘤内细胞亚群(肿瘤内异质性)的标志物。随着时间的推移，通过对肿瘤基因的更全面的了解，科学家可以寻找这些标记物的变化，以监测治疗反应，识别耐药性病例，并指导未来的治疗决策。

2020年，美国食品和药物管理局(FDA)批准了两种癌症液体活检测试。第一个是 伴随诊断试验 它结合了两种技术——液体活检和下一代测序(NGS)。该测试旨在指导在特定形式的转移性非小细胞肺癌(NSCLC)中具有特定类型的表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的患者的治疗决策。的 第二次测试 检测从全血浆标本中分离的cfDNA中发现的特定基因突变，旨在识别诊断为前列腺癌和NSCLC的患者，他们可能受益于靶向治疗。当组织活检不可行时，例如肿瘤已经通过手术切除或特别难以获取时，建议采用这两种方法。然而，值得注意的是，虽然它们是fda批准的，但这两种检测方法对早期癌症患者的检测灵敏度都很低，而且假阴性的风险很高。

使用液体活检检测癌症

cfDNA已经作为肿瘤分析和产前检测的工具应用于临床实践，并且是fda批准的几种癌症筛查测试的基础。在健康个体中，cfDNA的片段长度约为170 bp，它通过被动机制(如坏死和凋亡)和主动机制释放到血液中。cfDNA的数量可以由于几个因素而增加，包括怀孕、自身免疫性疾病、晚期癌症和剧烈运动。

使用cfDNA进行癌症突变检测的测试可能具有低敏感性，这可能是由于生物标志物分析或特定肿瘤衍生cfDNA特征的终点检测分析。此外，在血浆处理过程中，来自白细胞的基因组DNA (gDNA)会污染样本并稀释肿瘤部分。 cfDNA以多种形式循环，例如短片段 (> 400 bp )，高度降解和/或(部分)单链。这可能会在NGS分析过程中引起问题，特别是如果在样品处理过程中消除了碎片，因此无法检测到。肿瘤来源的cfDNA (ctDNA)，通常比cfDNA更碎片化( < 100bp 而且产量低，在早期疾病中为0.01%，在晚期癌症中为30%。

cfDNA分析如何改进?

有很多方法 改进cfDNA分析 ．第一种方法是使用特定的收集管来限制gDNA污染并增加cfDNA的数量。其次，你可以使用一种提取方法来恢复cfDNA的小片段。第三种方法是为NGS选择正确的文库制备方案，因为一些单链文库制备可以捕获cfDNA的降解或单链片段。最后，可以使用生物信息学工具来消除测序错误，并且可以实现独特的分子标识符来消除聚合酶链式反应(PCR)过程中发生的错误。

的 Sera-Xtracta^TM无细胞DNA试剂盒 是一种基于磁性硅胶珠的试剂盒，能够快速提取和纯化血浆中的cfDNA，并与下游分子生物学技术兼容，包括NGS、定量PCR (qPCR)和数字液滴PCR (ddPCR)。该试剂盒旨在最大限度地回收小片段cfDNA，同时最大限度地减少任何高分子量基因组DNA的共纯化。

总之，液体活检是一种非侵入性的组织活检的替代方法，可以揭示关于肿瘤遗传特征的深入信息。然而，这些样品的下游分析可能产生低灵敏度的结果。因此，稳健的提取方法(如Sera-Xtracta Cell-Free DNA试剂盒)是最大限度提高结果准确性的关键。请收听网络研讨会，了解有关该工具包的更多信息，并了解使用该解决方案进行的科学试验。

请教专家

问: Sera-Xtracta TM 游离DNA 试剂盒与血清样本兼容?

答:是的，它是兼容的，最近的一项研究表明，与其他珠基商业产品相比，Sera-Xtracta细胞游离DNA试剂盒有效地从血清中提取cfDNA，提取效率更高，在存在大量gDNA的样品中(血清样品臭名昭著)，Sera-Xtracta cfDNA试剂盒有效地减少了gDNA的携带，确保cfDNA的最大富集。

问:对于临床应用，血清还是血浆，哪种样本类型更可取?

答: 该领域的共识是，血浆是临床应用的首选样本。这是基于大量的报告，表明突变等位基因频率(MAF)和癌症相关生物标志物的检出率在血浆样本中要比同等的血清样本高得多。然而，重要的是我们不能完全忽略血清样本，因为它们在生物样本库中大量患者队列中发现生物标志物的回顾性研究中非常重要。

问:Sera-Xtracta的血浆输入量是多少 ^TM 无细胞DNA试剂盒它是如何对应所需血液的?

答:通常情况下，你可以从10毫升血液中获得4毫升血浆。该试剂盒已被验证为0.5-4 mL的血浆输入。

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