时应用基因组测序在诊断医学,越来越多的证据证明全外显子组测序(韦斯)有时会功亏一篑。这是一个特别的问题在分析大片段DNA的病人,可能会影响医生的诊断。
韦斯的另一种是利用一个更小的、更有针对性的基因测试,分析特定的基因被关联到一个特定的病理。这些测试不太经济负担的卫生保健系统和病人和可以提供非常准确的结果。目标门店启用这个测试方法,我们看到增加门店在临床诊断领域的应用。
但是障碍仍然存在的全面实施门店,和我们如何删除它们?188金宝搏备用最近采访了卢卡Quagliata博士全球医务主任热费希尔科学了解更多。
莫莉·坎贝尔(MC):基因组测序目前用于肿瘤诊断空间?它的局限性是什么?
卢卡Quagliata (LQ):测序DNA和RNA目前在常规分子测试用于两个目的。首先,它们是用于支持诊断的目的决定,即鉴别诊断(如PIDGFA在胃肠道间质肿瘤突变状态。更常见的,他们采用补充临床病理报告通过添加相关信息(如突变相关基因变体表皮生长因子受体基因)直接与任何特定的相关批准的药物治疗(例如,BRAF V600E抑制剂BRAF突变的黑色素瘤患者)。
一些主要的基因测试的局限性有关起始物料的质量测试(一般称为pre-analytic问题,如组织固定),一个给定的排序方法的能力来生成有用的结果(不是每个排序方法是生来平等),解释结果的能力(例如是观察到的基因变体致病性改变或仅仅是良性的吗?),最后经济方面。谁应该支付测试?
主持人:为什么韦斯通常无法充分分析DNA大片段?
江西正如上面提到的,并不是所有的测序方法生来平等,韦斯可以执行使用各种图书馆准备工具,可能导致显著不同的结果。1不幸的是,没有公认的标准建立了韦斯,特别是对于肿瘤的应用程序。
一般来说,一个最常见的问题是相关的测序深度,也称为覆盖。高覆盖率可以获得更高的信心在生成的结果,随着基因组研究分析了地区多次,从而增加数据的鲁棒性。然而,高覆盖率是以增加测序的成本价格。另外,即使没有任何金融约束、增加覆盖下去是不可能由于技术的局限性,即输入材料将定义最大可及范围。
此外,它是良好的,在某些情况下,甚至推高覆盖率100倍不生成任何有形效益数据分析的输出。最后,各种对齐和调用算法可以识别大型DNA片段重组部署。再一次,没有严格定义的标准,因此,不同的能力,不同的算法将极大地影响最终结果。结论,而健壮的方法是在单核苷酸变异(SNV)或多个核苷酸的变异(MNP),以及插入和删除(INDEL),事实并非如此,当应用韦斯研究大型DNA片段。如今,芯片调查评估大型基因组重组很受欢迎。
主持人:为什么有针对性的测试诊断空间的更合适?
江西针对门店日常诊断最常用的,因为:
- 它通常需要更少的输入材料
- 结果可以实现更敏捷方法论的方法,从而减少实验室负担,同时生成更健壮的结果
- 数据分析明显更容易(减少数量的未知/临床不可归类的变体);和高覆盖率是可行的
- 并且必然整体结果生成速度更快
- 和更多的可用的,花费韦斯的一小部分
主持人:门店越来越患者更容易访问和成本正在迅速下降。在你看来,我们将会达到一个阶段,基因测试一样普遍,说,有一个血液测试当你访问你的医疗服务提供者?
江西而门店的价格,这意味着执行测试试剂相关的成本,无疑是下降,人们不应该忘记,门店成本最大的一部分是人类劳动产生的必要的进行分析。因此,任何技术的方法,将减少人工干预过程中最有效的压缩整个测序成本,使门店的真正“民主化”。
在热费希尔科学,我们最近在这一方向迈出的重要一步,与此同时,博姿公司推出了离子激流Genexus系统,第一个研究总会在整个样本报告解决方案,自动化工作流在一天只有两个接触点。
话虽如此,毫无疑问,测序最终将成为一样普遍执行古典血液检查。问题是,相反,当它会发生吗?
在我看来,这将在很大程度上不仅仅取决于整个门店的减少成本,而是我们能够扩大我们的理解基因组变异的临床意义。至于现在,只有有限的变异可以清楚地分类和相关的临床状况或药物治疗的好处。在我看来,这是相当的知识不仅仅是费用的问题。我们不仅使用血液测试,因为它是简单和廉价的,但因为我们可以生成有价值的和有意义的信息。
主持人:个人经历直接面向消费者的数量遗传检测在国内正在兴起。在你看来,这是什么影响对基因检测在临床的使用空间
江西直接面向消费者(DTC)基因检测最近的是一个有趣的现象,在我看来提出了几个问题,主要是关于它所提供的结果的质量。一些监管机构担心,现在表现出了这个市场监控的目的。在这个初始和DTC的还不成熟的阶段,我强烈主张监管框架的实现,应该考虑广泛的基因组测试不是一个障碍访问而是一个保障。
这个框架应该实现,然后DTC市场扩张将有积极的影响基因检测在临床的使用空间,作为一个观众的“genetic-educated”患者也将不可避免地将医生采用医学基因组学。
DTC基因市场应给予完全的自由,但我担心它会产生负面影响基因检测在临床领域,人们可能会很容易相信管理这类数据是简单,从而控制和专业规范的测试方法的价值将失去价值。我认为这与谷歌博士“自我药疗”现象。
司仪:什么挑战仍然存在的使用挥动在诊断?
江西整体门店数据生成和解读仍被视为是极其复杂的。此外,我们正在见证政策覆盖面的增加门店测试,报销仍是一个实际问题以及结果被限制在非常特定的迹象。最后,有限的医学教育和意识对于基因检测的价值仍然很高在医疗社区,大量知识差距医生在大型学术中心和工作在社区设置。需要一个共享的集体努力消除上述障碍,允许广泛采用门店在日常诊断。没有一个公司一样大,可以实现这样的结果。
我们在热费希尔科学在一线支持精密医学通过与多种领域的主要利益相关者,从病人团体医疗协会和制药公司。
卢卡Quagliata博士全球医务主任热费希尔科学,莫莉坎贝尔说,科普作家、技术网络。188金宝搏备用
引用:
1。
临床外显子组的研究报道不一致,临床化学,卷66,问题1,2020年1月,页199 - 206。
