三家癌症基因组表征中心选择安捷伦的微阵列平台来分析癌症
的国家癌症研究所(NCI)宣布了其梦寐以求的癌症基因组图谱试点项目的资助对象,其中包括三家使用该项目的机构微阵列平台从安捷伦科技有限公司:北卡罗来纳大学,丹娜法伯癌症研究所而且纪念斯隆-凯特琳癌症中心.
这些机构是七家获得NCI三年3500万美元资助的癌症基因组表征中心(CGCC)的机构之一,旨在实施Atlas项目。
这三家机构都将依赖安捷伦的基因组学解决方案,包括微阵列、试剂、硬件和数据分析工具。
作为NCI计划的一部分,每个ccc预计每年处理至少1000个临床样本。
ccc倡议强调高通量、高分辨率技术来检测基因组、表观基因组和转录组畸变,包括DNA片段拷贝数的改变、易位、杂合性的丧失、DNA甲基化模式的改变和基因表达的变化,所有这些都可能在癌症中发挥作用。
该试点项目将探索分析特定类型和亚型肿瘤的系统方法的好处。
北卡罗来纳大学遗传学系助理教授Charles M. Perou博士解释说:“位于Lineberger综合癌症中心的北卡罗来纳大学小组将使用安捷伦DNA低聚微阵列进行全基因组基因表达分析和microRNA表达分析。”
“北卡罗来纳大学的研究小组之所以选择安捷伦平台,是因为其在基因内容方面的灵活性,允许研究人员随时改变任何特征或基因。”
“随着新基因、microrna或基因剪接形式的发现,它们可以轻松无缝地纳入下一阶段的微阵列。”
“安捷伦平台为每个功能提供了经过验证的灵敏度和特异性,”他补充道。
“以及简化的协议和硬件,将使我们能够实现癌症基因组图谱项目的高通量需求。”
癌症基因组表征中心哈佛医学院由Raju Kucherlapati, Isaac Kohane, Peter Park和Samuel Aronson组成哈佛遗传学和基因组学合作中心;哈佛医学院的乔治·丘奇和乔纳森·塞德曼;Lynda Chin,医学博士,研究人员丹娜法伯癌症研究所.
Chin说:“该中心的目标是通过使用arrayCGH(比较基因组杂交)和一种称为polony测序的新型高灵敏度方法,通过定量DNA和RNA剂量,识别在癌症起始和发展中重要的新基因。”
她补充说:“我们选择CGH作为一个关键工具,因为基因组改变已被证明是发现癌症相关基因的有效切入点。”
“我们选择了安捷伦平台,因为当与全复杂性基因组DNA杂交时,它具有出色的信噪比检测。”
“我们完全希望未来的研究人员能够在这项工作的基础上,使用相同的CGH平台。”
“安捷伦微阵列在这个至关重要的项目中扮演着如此重要的角色,这是令人欣慰的,”安捷伦基因组学营销总监Kevin Meldrum说。
“微阵列的应用已经从基因表达扩展到CGH、DNA甲基化和miRNA等应用。”
通过优化平台的密度、灵敏度和灵活性之间的平衡,我们正在进行这些研究,并开发我们的微阵列技术。”
“知道这些领先的研究人员和NCI欣赏这种方法的价值是值得的。”