利用90k ILLUMINA SNP芯片分析小麦无瘤小麦群体抗颖斑病的基因组结构
由于Illumina金门试验等新的SNP基因分型技术，单核苷酸多态性(SNP)标记最近与小麦遗传分析高度相关。在那里，SNP标记允许高通量和成本效益的基因分型，即使在多倍体小麦基因组。
我们使用小麦Illumina金门Infinium阵列90K[1]揭示了89个近等基因系(28 BC3F8和61 BC3F7)的遗传结构，这些系来自一个特定的基因组区域，该区域来自Arina(抗性)到Forno(易感)，涉及对Stagonospora nodorum glume blotch (SNG)的定量抗性，这是一种影响面包小麦穗[2]的坏死性真菌疾病。我们想知道NILs中来自供体系的基因组片段的范围和大小。
在81.587个SNPs的数据集中，14.158个SNP标记(17.35%)在所有样本中失效，总共留下67.418个(82.63%)功能SNP标记。SNP芯片的可重复性得到了证实，因为与来自父母双方的同一DNA样本的重复比较，非决定性SNP的百分比很小(13,0.016%)。
在功能snp中，8.407个(12.46%)在Arina和Forno之间存在多态性。如果与冬小麦Arina和春小麦品种Chinese spring(11.000个多态性SNPs)之间观察到的多态性百分比相比，这是令人惊讶的高，这两个小麦品种的起源明显非常不同。因此，SNP芯片揭示了大量的遗传差异，甚至在来自同一育种计划的优秀冬小麦品种之间。
Arina和Forno之间的大多数snp(8.363, 12.40%)在NIL群体中也有多态性。通过检测群体内多态性snp的等位基因组成，66.63%的snp与Arina的等位基因组成的共享度小于6.25%，约27%的snp与Arina的等位基因组成的共享度为> ~ 25%。我们还将介绍NILs中基因组区域的过度和不足的数据，这可能表明在种群发展过程中存在一些选择。此外，我们还将分析NILs中特定渐渗的遗传大小和频率，以确定小麦中此类群体的分子性质。
我们使用小麦Illumina金门Infinium阵列90K[1]揭示了89个近等基因系(28 BC3F8和61 BC3F7)的遗传结构，这些系来自一个特定的基因组区域，该区域来自Arina(抗性)到Forno(易感)，涉及对Stagonospora nodorum glume blotch (SNG)的定量抗性，这是一种影响面包小麦穗[2]的坏死性真菌疾病。我们想知道NILs中来自供体系的基因组片段的范围和大小。
在81.587个SNPs的数据集中，14.158个SNP标记(17.35%)在所有样本中失效，总共留下67.418个(82.63%)功能SNP标记。SNP芯片的可重复性得到了证实，因为与来自父母双方的同一DNA样本的重复比较，非决定性SNP的百分比很小(13,0.016%)。
在功能snp中，8.407个(12.46%)在Arina和Forno之间存在多态性。如果与冬小麦Arina和春小麦品种Chinese spring(11.000个多态性SNPs)之间观察到的多态性百分比相比，这是令人惊讶的高，这两个小麦品种的起源明显非常不同。因此，SNP芯片揭示了大量的遗传差异，甚至在来自同一育种计划的优秀冬小麦品种之间。
Arina和Forno之间的大多数snp(8.363, 12.40%)在NIL群体中也有多态性。通过检测群体内多态性snp的等位基因组成，66.63%的snp与Arina的等位基因组成的共享度小于6.25%，约27%的snp与Arina的等位基因组成的共享度为> ~ 25%。我们还将介绍NILs中基因组区域的过度和不足的数据，这可能表明在种群发展过程中存在一些选择。此外，我们还将分析NILs中特定渐渗的遗传大小和频率，以确定小麦中此类群体的分子性质。
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