OmicSoft对准器

讨论下一代测序(HTS)数据对齐技术的白皮书。

OSA是Omicsoft的读取比对器，用于对参考文库(基因组或转录组)的短或长读取进行高性能比对。

OSA的主要特征:
1.高性能的单端对齐和成对端对齐。对17-65536个核苷酸进行读取。
2.对于Illumina读取(17nt或更长)，允许读取中任意数量的错配和单个indel。可以识别和报告基因组中所有可用的对准与指定的错配/indel。
3.对于长读取(例如454读取或PacificBio读取)，在读取中允许任意数量的错配和插入。使用带状Smith-Waterman找到最佳对齐。
4.通过考虑已知和新的外显子连接，直接将RNA-Seq读取到基因组
5.直接对齐融合reads:由两个不同的基因或基因组区域拼接的reads
6.基于质量的自动修边
7.自动适配器修整
8.支持所有常用输入格式(.fasta;.fastq;.qseq;.sff);直接支持.gzip文件，节省文件空间
9.支持多线程