白皮书新创组装在组装细胞CLC 3.0

读CLC组装细胞是一个高性能计算解决方案映射和新创下一代测序数据的组装。CLC组装细胞的命令行界面允许功能很容易包含在脚本和其他下一代测序工作流程。

CLC组装细胞利用SIMD指令并行化,加快组装算法,使项目目前最快的下一代测序汇编程序。

这是一个白皮书新创汇编在组装细胞CLC 3.0。注意,使用相同的算法CLC基因组学工作台和CLC基因组服务器,所以除了绩效基准(速度和内存),这个白皮书也适用于这些产品后,下一个版本。

汇编程序设计将从Illumina公司的数据,454年,固体和桑格测序,单身,paired-end读取。对于paired-end数据,不同大小的插入可以组合在同一装配。注意,在当前版本中,paired-end确凿的数据可用于叠连群后处理步骤链接在一起。

本白皮书由三部分组成:第一部分解释了汇编程序的工作方式,和下一个关注大型基因组组装的数据集,我们比较我们与深渊的汇编程序汇编程序也能够组装人类基因组大小的数据集(辛普森et al ., 2009)。第三部分报告的结果小细菌数据集相比,关注的是质量和我们自己组装的质量和性能的一个流行的开源组装算法,天鹅绒(Zerbino和伯尼,2008)。