说COVID-19杰弗里·巴雷特博士和遗传变异

2020年3月4日,84例COVID-19被证实在英国。教训全世界其他国家表明,这个数字不会长期保持低位。一组科学家3月11日聚集在一起讨论如何应用基因组学研究COVID-19和用于通知公共卫生行动和政策决定。这是开始的英国COVID-19基因组联盟(COG-UK)。

COG-UK是一个伙伴关系国民健康服务(NHS)组织中,英国的四个公共卫生机构在英国威康基金会桑格研究所的学术机构。它适用于快速、全基因组测序从COVID-19获得患者的样本,测试通过两个“支柱”和“支柱”诊断途径。支柱的途径包括医院诊断实验室收集的样本在哪里不适,给医院的病人。柱两种途径包括实验室接收拭子从个人,没有住院,从个人的长期护理设施。

威康桑格研究所是成千上万的样本的基因组测序,通过柱两种途径获得。杰弗里·巴雷特博士是导演和铅COVID-19统计遗传学家COVID-19基因组计划的威康桑格研究所。在这次采访中,他解释了应用基因组学工具研究病原体的重要性,讨论了主动关注的在探索变异的作用,并概述了如何生成的数据被应用于告知公共卫生决策。

莫莉·坎贝尔(MC):请对COVID-19基因组计划,你能告诉我们,你的角色是导演吗?

杰弗里·巴雷特(JB):我们是COG-UK财团的一部分,它汇集了基因组,公共卫生和病毒学专家来自英国。威康桑格研究所是最大的财团测序中心,同时发展分析和软件帮助理解病毒传播,以及新的变异变化是否可传播程度,或者他们是否会逃避疫苗。

主持人:genomics-based SARS-CoV-2的研究为什么重要?

简森-巴顿:SARS-CoV-2病毒的RNA基因组30000个字母。大多数时候是完全一样的从一个被感染的人,但是偶尔发生突变,未修正的基因组中拼写错误。突变时刻都在发生,大多数不改变病毒的生物学性质。我们可以使用这些突变作为一个“条形码”跟踪病毒是如何从一个人传递和地点。然而,偶尔出现突变,引起关注,因为他们改变病毒的行为。

主持人:基因组学工具正被主动?

简森-巴顿:我们使用一个实验性的协议称为汽车列车,由COG-UK开发,针对病毒的基因组测序。在桑格,我们有一个高通量管道使用Illumina公司NovaSeq测序机器可以每周生产20000病毒基因组。数据都是共同分析生物信息学平台上使用一组一致的开源生物信息学管道。

MC:主动教我们什么SARS-CoV-2变异的能力吗?

简森-巴顿:病毒变异相对缓慢:通常每月大约两个新的突变。但偶尔我们看到大量的突变发生在一起,有些担心,最近引起关注的变体。相同的模式的几个突变发生在一起也出现在特定的个人长期感染了病毒,所以这样的一个假设是,一个事件是这些变异的来源。

主持人:你能谈谈主动在探索中所扮演的角色的一些变种变异的关注?

简森-巴顿:我们一直是世界上最大的测序网站的流行,所以我们的第一个贡献是生产数据送入分析发现B.1.1.7和评估其增加传播和可能增加死亡率。我们还在统计模型来研究这些问题,这些公共卫生团队的输出用于大流行性流感的反应。

主持人:COVID-19基因组计划监控突变可能会影响疫苗是如何工作的。突变会如何做呢?有挑战与这项工作考虑相关疫苗的数量正在开发?

简森-巴顿:我们可以看到,一些变异的担忧,尤其是B.1.351显示证据在实验室和临床试验更能规避一些疫苗。尚不清楚这是否只是感染,或者他们也可以逃避真正优秀的疫苗保护严重的疾病。我们认为最有可能的机制是当一些突变改变病毒的部分的突起蛋白的目的是我们的抗体。

司仪:你如何想象genomics-based研究将继续成为科学界我们浏览COVID-19全球大流行?

简森-巴顿:这将是非常重要的监督更多可能的疫苗逃脱突变,希望提供的信息对公共卫生当局尽我们所能来阻止他们变得普遍。也有已经计划生产更新疫苗可以部署为加强注射,如果一个特定的令人担忧的变体也广为流传。

杰弗里·巴雷特说,莫莉坎贝尔,科普作家技术网络。188金宝搏备用