未来是光明的单细胞蛋白质组学:从2018年国际的一份报告
近年来基因组、转录组、表观基因组的多细胞生物被抓获的高调organism-wide地图册。蛋白质组学可以符合下一代测序(上天)技术在单细胞分析?这是突出的人类蛋白质组组织(国际)世界大会总结了在单一细胞生物学领域的最新进展。
国际是一个国际组织,汇集了来自世界各地的蛋白质组学研究。17th国际世界大会结束了上周在奥兰多,佛罗里达州,四天后的演示一些该领域的领先企业。在30会议涵盖了广泛的话题,如新的质量规范技术或计算机的进步,传染病和癌症蛋白质组学,单个细胞生物学的主题产生了大量的关注。这是因为在门店技术取得进展越来越有可能测量单个细胞而不是散装材料。
2016年,科学家们开启人类细胞阿特拉斯(HCA)财团。这个雄心勃勃的项目旨在开发参考人类细胞类型的地图,在单个细胞的位置和状态。快进到2018年,该计划是婴儿期的吸引大量资金和输入来自世界各地组织的专门从事基因表达分析和成像。
“如果我们能列举每一细胞中RNA分子,我们可以使用这些信息作为一个代理来描述其身份和状态在给定时间点”,斯坦福大学的Stephen地震教授说。在全体讲座,地震,也是一个HCA组织者和联席总裁陈扎克伯格Biohub,强调了几个项目的最新努力专注于NGS-based单细胞分析。
在一项研究中,只是发表在自然Spyros Darmanis和他的合作者,也从Biohub结合液滴微流体和荧光激活细胞分类(流式细胞仪)的单细胞RNA-seq技术(scRNA-seq)来捕获和索引转录组20只老鼠器官和组织。生成的资源,被称为横膈缪里斯,包含测量来自100000多个细胞。它提供了一个系统的分类参考基因表达的一个重要的模式生物。然而,横膈的潜在使用缪里斯远远超出。的证明自然研究中,数据可以帮助填补我们理解差细胞群,发现常见的细胞类型之间的差异表达基因,转录因子或描述程度决定细胞的身份。
我们开始意识到scRNA-seq的全部潜力,单个细胞蛋白质组学也蓄势待发。科学家们提出了这一领域的最新发展周三上午在一个专门的会议是国际会议。话题是专注于技术进步,包括自动化的样品制备方法,基准测试的新质量spec-based单细胞量化策略和被困的使用离子移动设备增加灵敏度自下而上的蛋白质组学实验。
爱德华·马克特的分子生物科学教授得克萨斯大学奥斯汀,描述了一种新的单分子蛋白质组学方法。”蛋白质,我们没有聚合酶链反应和酶放大技术,”马克特说。“是有意义的而不是去单分子蛋白质测序方法,”他补充道。
他的团队开发了一种称为fluorosequencing方法不使用质量规范但依赖于可视化个人肽用荧光染料标记。标签合并在选定氨基酸肽序列,如半胱氨酸、赖氨酸。肽是固定在玻璃表面,和一种荧光显微镜(例如,全内反射荧光)可用于图像。从n端,然后多肽降解,残留,使用完善埃德曼降解化学。通过记录荧光强度的变化在每个周期埃德曼降解团队能够识别标记氨基酸肽及其位置。这导致部分序列可以被映射到一个参考蛋白质数据库。为了证明这个方法是可行的,马克特和他的研究小组读胰岛素的氨基酸序列,在1950年代的蛋白质第一个其序列由生化学家弗雷德桑格。此外,他们成功地分析了其他肽样本增加复杂性。
今年的国际提供的是什么领域的单细胞蛋白质组学分析在未来几年。很多领域正在发生,它看起来越来越有可能新蛋白质下一代测序技术是指日可待。
