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向可复制科学迈出的(实验室)一步

马萨卡野战站实验室。图源:MRC/UVRI和LSHTM乌干达研究单位

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科学的可复制性危机有多严重?统计数据表明动力不足的研究,可怜的分享出版的文献和关注绝大多数接受调查的科学家都认为这是非常糟糕的。

长期以来,电子实验室笔记本(eln)的供应商经常证明,解决这种懒惰、笨拙和偶尔出现的欺诈研究的方法似乎都在于数字解决方案。总部位于伦敦的Labstep是牛津大学的一家初创公司,他们认为他们的工具可以解决eln的缺点。这种说法现在有了一些具体的证据,研究小组宣布MRC部队冈比亚在LSHTMLabstep将在他们位于班吉尔的工厂进行测试。

“如果你早上8点到晚上10点都在实验室里,那是非常劳动密集型的事情。你最不想做的事情就是花几个小时把你所做的事情记在日记里。”Labstep首席执行官兼联合创始人杰克·斯科菲尔德(Jake Schofield)刚刚清晰地阐述了传统eln的问题,他和联合创始人扬·多曼斯基(Jan Domanski)试图通过Labstep纠正这些问题。在他还是牛津大学(Oxford)博士生的时候,他的公司就成立了。该大学的支持导致了几轮投资,最终从主要的欧洲种子基金获得了50万英镑的投资科技产业在2017年代中期。斯科菲尔德说,Labstep在去年9月才全面推出,但现在全球600所大学都在使用。

此外,它对学者是免费的。

为了资助这种帮助学术界的慷慨方法,Labstep希望将生物技术公司和商业实体作为目标,但Schofield说,进入冈比亚是Labstep的第一次机构试验。

更好的数字化方式

Labstep到底是什么,它是如何改进经典eln的。

斯科菲尔德说,在设计Labstep时,他和多曼斯基问自己:“我们能否采取一种非常不同的方法,在那里我们可以捕获实时处理的数据——你执行的协议,你是如何偏离的——自动到一个与实验室设备连接的应用程序编程接口(API),这样你就可以上传一切了?”

Labstep的平台被600多所大学使用。

在日常的实验室工作中,这意味着一旦研究人员将他们的协议上传到Labstep, Schofield说,“这可以在你的实验室团队中共享——如果有人要做任何改变,任何新的调整,这将自动创建一个新版本,所以它完全是版本控制的。”像GitHub一样,你可以有分支。你花10周时间遵循一张纸上的特定协议的日子已经一去不复返了,有人会转过身来说,‘我们实际上已经更新了这个,你浪费了你的时间’。然后你就可以在实验台上一步一步地做了。”

通过对顺序协议的跟踪,Labstep创建了一个即时审计跟踪,允许跟踪所有更改。该平台针对移动设备进行了优化,这意味着如果您离开实验室工作台,所有内容都将同步到您的桌面,并且已经有了记录。

斯科菲尔德说,这对科学及其他领域的可重复性有明显的好处:“所有东西都有一个时间戳,说明这个用户在这个时候做了这个动作。没有删除。所以所有东西要么存档,要么你创建新的版本,你永远不能编辑原始版本。这很好,不仅从可重复性的角度来看,这对研究人员的诊断能力也很好。如果你回顾过去,你经常会挠头说,‘好吧,那为什么没用?’,它通常不清楚,你能够很好地搜索和看到,因为所有(在协议中使用的)资源实际上都被标记了,这是我在这一系列实验中使用的这个样本或这个特定的批号,这意味着这些结果是那样的。”

从基层做起

斯科菲尔德最初向我引用的600所大学的数字,让Labstep听起来像是一个科技巨头,但实际上,在任何一个机构中,使用该工具的研究人员往往只有少数几个。到目前为止,规模较小的设置意味着Labstep可以与用户建立密切的关系,通过推荐和口口相传帮助技术传播。斯科菲尔德说,这种基层制度最终导致了新的MRC试验。

MRC部队冈比亚在LSHTM

图片来源:LSHTM的MRC The Gambia

去年,冈比亚的MRC小组庆祝了成立70周年,发表了163篇同行评议论文。共有超过1200名员工,其中320名实验室人员,该机构在新生儿医学,病理学和免疫学方面进行创新。
斯科菲尔德说,从为个人研究人员和实验室小组服务到为整个机构服务,既带来了挑战,也带来了机遇。“当我们刚开始的时候,我们只是为个人做这件事,然后当你把它扩大到PI(首席研究员)、博士后、所有那些博士生和实验室组里的底层人员的需求,以及你需要实现的控制、访问权、用户权限和管理功能的级别,当你开始有多个实验室组时,这又会被放大。但这样的好处也会被放大。所以实际上,你可以有这些协作和共享的小组,人们可以在整个组织中共享内容。这是非常强大的。”

移动方法引领潮流

虽然非洲研究仍是一个新兴领域,但非洲大陆目前的贡献仅为占世界研究的1%-它也是禁食增长正如斯科菲尔德所发现的那样,它呈现了一种不同的技术景观,发挥了Labstep的优势。“他们的移动互联网比英国好得多,每个人都通过手机上网。因此,这实际上让我们绕过了“所有东西都必须通过WiFi运行”的状态。因为我们为移动设备进行了优化,我的意思是,人们可以很容易地在工作台上使用平板电脑,然后自动同步回他们的台式机。”

切换到基于移动的方法似乎是充分利用像Labstep这样的工具的必要条件。斯科菲尔德说,该公司在英国的高级用户往往在他们的实验室里有一台专用的平板电脑,这对特定领域的研究人员来说是一个即时的好处:“我们实际上吸引了很多在高污染区域工作的人,他们不能把任何东西带进或带出通风柜。所以能够在那里留下一个平板电脑是非常棒的。任何人都可以登录,他们可以进行实验,他们可以捕获所有这些数据,而不必把纸运进来或运出去。”

生殖中断

Schofield希望Labstep在冈比亚的试验能在制度上受益,但他的最终目标是使整个科学界受益。“我们有机会对科学界产生真正积极的影响,对单个研究人员的日常生活产生真正积极的影响。这就是我们要达到的目标。我们是一群科学家,正试图解决这个每个人都知道的真实问题,即科学中的可重用性问题。”一项令人兴奋的创新是Labstep协议可以链接到已发表的论文中,这意味着读者可以立即下载协议的审计跟踪以进行复制尝试。虽然这项技术还很年轻,但斯科菲尔德希望在几年的时间里,会有许多labstep驱动的出版物。目前,一些团体已经上传了他们的协议到站台去。

斯科菲尔德对科学解决可复制性危机的能力持乐观态度,并将Labstep视为这场战斗中的有用工具:“我们有一个伟大的团队,我们获得了巨大的吸引力,我们筹集了大量资金,并拥有这个真正独特的机会来构建一个将在ELN领域产生巨大颠覆性的工具。这样做将允许更可复制、更开放的科学,希望它能对个人生活和社区的产出产生巨大影响。”

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Ruairi J Mackenzie
Ruairi J Mackenzie
高级科学作家
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