利用可扩展的单细胞测序加速科学研究

单细胞测序正被各个领域的研究人员广泛采用。然而，随着现有的一系列技术，很难确定哪种方法最适合解决他们感兴趣的生物学问题。以前，单细胞测序解决方案要求研究人员投资昂贵的实验室设备才能开始。现在，Parse Biosciences的任务是为研究人员提供端到端的单细胞测序技术，只需使用基本的实验室设备。

188金宝搏备用最近采访了亚历克斯·罗森博格他是Parse Biosciences的联合创始人兼首席执行官，了解更多关于该公司及其单细胞测序的新方法。

Laura Lansdowne (LL):单细胞测序的出现对科学研究有什么影响?

亚历克斯·罗森博格(AR):单细胞测序已经改变了研究人员研究生物学的方式。随着能够以单细胞分辨率真正研究生物学，包括免疫学、肿瘤学、神经科学和发育生物学在内的各个领域都有了大量的见解和发现。

为了理解为什么会出现这种情况，有必要回顾一下单细胞测序之前是如何进行的。你曾经取过一个复杂的样本，例如，大脑切片，然后你被迫把它磨碎，然后对所有不同类型的细胞进行平均测量。这意味着你会错过任何局限于a的生物现象单细胞类型。事实证明，许多生物效应甚至疾病实际上都是由单一或几种不同的细胞类型驱动的。

现在，通过单细胞测序，研究人员可以精确定位复杂组织中特定细胞类型的变化。这在理解疾病进展背后的关键机制方面具有变革性，也扩展了我们对基础生物学的理解。

凯特·罗宾逊(KR):你的转录组技术是如何工作的?它是如何帮助进行单细胞实验的?

基于“增大化现实”技术:我们的单细胞测序方法与其他任何方法都有本质上的不同，因为我们使用了一种叫做组合条形码的方法。所有其他解决方案都将单个细胞隔离到隔室中，这通常需要复杂的微流体。相比之下，我们能够在每个细胞内唯一地标记分子，而不需要分离单个细胞。

我们的方法本质上更具可扩展性，允许用户在没有任何自定义工具的情况下使用它。使用我们的单细胞全转录组试剂盒，您可以测序100,000个细胞和48个样本，这比任何其他产品都要多。事实上，没有定制工具也意味着节省资本成本，并允许用户立即开始。

我们的套件的另一大优势是它们提供的灵活性。对于许多应用程序，您可能会在几周内收集生物样本。使用现有的解决方案，每次收集新样本时都必须进行单独的单细胞实验。有了我们的套件，您可以在收集样品时快速修复和存储样品，然后在以后的时间里用所有这些样品并行进行单个实验。

同样值得指出的是，我们最初在科学但从那以后，我们在我们的整个转录组试剂盒中进行了巨大的改进。工作流得到了简化，灵敏度得到了显著提高。我们的整个转录组试剂盒的用户看到了每个细胞检测到的基因数量的巨大增加。

基米-雷克南:你能详细解释一下这个套件可以在没有昂贵实验室设备的情况下进行单细胞实验的想法吗?

基于“增大化现实”技术:我已经暗示过一点，但是通过利用分裂池组合条形码，我们允许研究人员在没有微流体仪器的情况下分析单细胞转录组。通过为装载细胞的每个孔分配特定的条形码，我们可以利用细胞本身作为自己的隔间。我们重复一个过程，将细胞分裂成孔，将孔特异性条形码添加到细胞中的转录本中，然后重新聚集细胞，最终用独特的条形码组合标记每个细胞。其他单细胞方法需要特殊的设备，使用先进的微流体来执行单细胞分区和条形码。

基米-雷克伦:试剂盒产生的数据与流式细胞术产生的数据有什么不同?

基于“增大化现实”技术:流式细胞仪最大的限制之一是你只能测量每个细胞的几个基因。当你确切地知道你在寻找什么时，这可以很好地工作，但你总是会错过样本中的大部分生物学。用我们的试剂盒进行单细胞测序的好处是，你可以无偏倚地测量所有基因的表达。这种分辨率可以让您检测到流式细胞仪无法检测到的细胞之间更细微的差异。随着我们试剂盒的可扩展性，您仍然可以分析大量的细胞和样本，就像您使用流式细胞仪一样。我预计在未来几年内，流式细胞仪市场的很大一部分将转向单细胞测序。

今天李华学了两个常用语。一个是工具包。

基于“增大化现实”技术:在几个不同领域工作的研究人员已经通过我们的早期访问计划利用了我们的工具包。实验涉及从免疫学、肿瘤学、神经科学到发育生物学的各个领域。

我将和你们分享一个有趣的例子。一些研究人员一直在使用我们的套件来研究不同物种的神经科学。在过去，比较基因组学使研究人员能够了解神经系统是如何进化的，但许多可用的工具都局限于在DNA水平上了解物种之间的遗传差异。我们所看到的是，使用我们试剂盒的研究人员实际上可以了解神经系统是如何在细胞水平上进化的。这对于理解神经回路以及某些物种如何适应特定环境至关重要。

我们每天都能看到单细胞测序的新应用。事实上，我们现在才经历了单细胞测序的第一波采用。在接下来的五年里，我认为可以肯定地说，我们将看到利用这项技术的应用程序和发表的研究的巨大繁荣。

亚历克斯·罗森博格我们采访了科技网络的执行主编劳拉·伊丽莎白·兰斯顿和编辑助理凯特·罗宾逊。188金宝搏备用