减少人工选择琼脂糖凝胶尺寸的时间和错误
最近在圣地亚哥举行的实验室自动化学会会议(SLAS2014)上汉密尔顿机器人公司宣布与海岸基因组公司合作推出采用Ranger技术的Microlab®NIMBUS®Select工作站。这种新的自动化系统有望更快、更经济地自动解决琼脂糖凝胶选择DNA片段的问题。
我们采访了Coastal Genomics的总裁Matthew Nesbitt和Hamilton Robotics的营销副总监Bobby Chavli，以了解更多关于合作关系和该工作站提供的好处。
AB: Hamilton Robotics宣布在SLAS与Coastal Genomics合作，这种合作是如何形成的，它实现了什么?
马修·内斯比特(MN):海岸基因组公司最初设想建造自己的机器人工作站，但经过一些思考，我们意识到现有的液体处理行业有强大的选择，我们可以利用。追求这一选择的真正未知因素归结为以下几点:
- 我们能不能找到一个能够欣赏我们自动化琼脂糖凝胶尺寸选择潜力的合作伙伴，他们自己也愿意支持我们?
- 我们能否找到一个OEM合作伙伴，能够提供高功能的工作站，具有成本效益，同时有良好的声誉?
我们研究了许多在液体处理自动化领域已经建立起来的大公司。汉密尔顿机器人公司是一个明显的赢家，因为他们的NIMBUS工作站工作良好，而且性价比高。最重要的是，他们接受了我们的愿景。他们支持我们每周召开电话会议，高级工程师总是会参加。没有任何条件要求我们立即投入大量资本;这让我们能够在不产生额外成本的情况下创建原型。最后，当涉及到集成我们的组件时，Hamilton率先开发了所需的新组件。简而言之，汉密尔顿公司使一家小公司最有可能推出一项伟大的技术，背后是液体处理领域的知名品牌。
AB:工作站是在最近的SLAS会议上推出的，反响如何?
MN:我们受到了热烈的欢迎。我们的出席是由SLAS本身支付的，这给了我们一个名额创新AveNEW．我们对Ranger技术产生了兴趣LRIG会话以及Hamilton Robotics的NGS车间。我们生成的线索使我们所知道的对Ranger Tech非常感兴趣的群体数量增加了一倍。这些线索与Hamilton Robotics在NIMBUS Select工作站上为Ranger Technology收集的线索相补充。最后，我们赢了新产品奖该奖项基于市场机会、对实验室自动化领域的影响、非凡的技术原创性和支持数据的质量来表彰最好的新技术。
AB:采用Ranger技术的Microlab®NIMBUS®Select工作站提供基于凝胶的尺寸选择，这与珠状技术相比有什么优势?
MN:珠子适用于许多应用，但它们确实有一些局限性。
1.对于那些需要高效拒绝与目标DNA片段尺寸接近的片段长度的应用(即miRNA-Seq, ChIP-Seq，克隆基因合成产物等)，Ranger技术确保了高产量回收率，排除了不需要的片段长度。基于珠子的尺寸排除的分辨率不能适应这一点，因为有效地拒绝不需要的碎片也会导致大量材料的损失，这些材料的尺寸接近所述不需要的碎片。
2.紧凑的尺寸选择(即在狭窄范围内恢复碎片大小)是Ranger技术的一个特点，这是使用珠子无法达到的。严格的尺寸选择可以改善样品的归一化，从而提高测序产量。此外，紧密的尺寸选择可以改善配对端技术(即Illumina)生成的序列的生物信息学组装。这可能导致从mRNA-Seq项目和从头基因组测序项目中改进主序列的生成。
3.利用长读的测序项目(如Illumina的molecular长读测序技术或Pacific Biosciences RS平台)处理长度大于1,000 bp的片段。珠粒不能对1000bp以上的DNA片段进行大小选择。Ranger技术可以用于这些项目中精确地选择DNA的大小。
4.最后，当研究小组使用珠子时，他们通常还必须提取一些样本，并用凝胶或毛细管电泳进行分析。这是因为珠子不能提供任何关于DNA存在的视觉确认，也不能提供输入DNA的片段长度分布轮廓。Ranger技术将DNA可视化，并可以根据这些信息生成分析。正因为如此，Ranger技术有潜力将毛细管电泳和基于珠子的尺寸选择的QC步骤整合到一次运行中。
AB:在误差方面，工作站与手工凝胶制备相比如何?
Bobby Chavli (BC):就产量和纯度而言，琼脂糖凝胶电泳一直是DNA大小选择的理想选择;然而，它也是劳动密集型的，容易受到人为错误、变异和与UV交联相关的问题的影响。从凝胶提供的DNA分离范围从100 bp - 40 kbp，这是一个比珠技术更广泛的提取。NIMBUS工作站的精度和速度已经通过了验证研究，消除了与人工处理相关的问题。
AB:与人工处理相比，它还有什么其他好处?
BC:该工作站每次运行最多可以在不到两小时的时间内处理96个样品。Ranger凝胶盒的样品加载和洗脱是全自动的，系统配备了摄像通道和成像仪来监控运行并提供QC检查。这有助于限制筛选克隆的数量，并通过减少克隆步骤失败来节省时间。
Matthew Nesbitt和Bobby Chavli接受了技术网络执行编辑Ashley Board的采访。188金宝搏备用你可以找到阿什利谷歌+并关注科技网络188金宝搏备用推特．
