质谱仪数据的自动化与标准化

Genedata公布了他们的新版本在最近的ASMS会议上，用于质谱分析的表现主义软件．通过自动化和标准化数据分析工作流程，Expressionist帮助MS用户在研究和开发的所有阶段更快地表征生物制药。

我们采访了Genedata AG表现主义业务部门的负责人Jens Hoefkens，以了解更多关于该公司、他们的最新产品以及他们面临的一些挑战。

AB:你能告诉我更多关于Genedata的信息吗?

Jens Hoefkens (JH): Genedata成立于1997年，是为药物发现和生命科学研究提供先进软件解决方案的领先供应商。我们已经从一个小的专家团队成长为一个主要的生物信息公司，为全球最领先的制药、农化和生物技术公司服务。由于市场对提高研发效率的数据分析解决方案的强劲需求，我们在过去几年里经历了稳定的增长。我们在全球拥有150多名员工，分别分布在巴塞尔总部、慕尼黑、波士顿、旧金山和东京。我们的产品包括完整的数据管理系统，支持端到端生物制剂研发过程和数据分析平台，如质谱表达仪。

AB:你在ASMS上宣布了用于质谱分析的Genedata Expressionist的最新版本，你能告诉我更多关于产品和新功能的信息吗?

Genedata Expressionist是一个全面的数据处理和分析软件平台，专门为生物制药的表征而设计。该软件是与领先的生物制药公司合作开发的，用于自动化和标准化生物疗法表征工作流程。Genedata Expressionist特别支持完整质量测量，蛋白质序列变体，PTMs, C-和n -终端，糖肽，释放聚糖和二硫化物键的分析。工作流程独立于仪器，涵盖从原始数据到最终报告的所有处理和分析步骤。生物分析科学家重视系统的可扩展性，这大大提高了他们的工作效率和实验室的整体吞吐量。

Genedata Expressionist的新版本增强了完整质量测量和肽映射实验分析的工作流程。更具体地说，工作流现在可以完全自动化，从而产生高度可重复的结果。此外，Expressionist还改进了蛋白质推断的算法，这是一种基于特征肽识别样品中最初存在的蛋白质的程序。

AB:用于质谱分析的基因数据表现主义可用于生物制药和代谢组学分析，这两个领域的挑战如何比较?

JH:这两个应用领域非常不同，但也有一些共同的挑战:科学家使用许多不同的分析方法，并使用一系列不同的仪器，通常来自不同的供应商。此外，吞吐量需求不断增加，实验设计继续变得更加复杂。在这种环境下，Expressionist为MS提供一个统一的软件平台，能够处理来自不同来源的大量数据，这是最重要的。Expressionist for MS中的工作流和算法是专门为处理这些挑战而设计的，并允许以标准化格式自动运行复杂的工作流。

AB:在过去的几年里，质谱仪有了很大的进步，要跟上这些进步有多大的挑战?

JH:我们的团队已经习惯了行业中的快速技术变化——在过去的17年里，我们见证了许多技术的出现和消失。对我们来说，技术进步是一个机会，而不是威胁，特别是当它们产生庞大而复杂的数据集时。我们所有的软件平台都是为了快速适应技术进步而设计的。最重要的是，我们与我们的客户紧密合作，所有领先的公司在他们的领域，预测行业趋势和变化。通常情况下，我们的客户在接受新平台之前会向我们寻求建议，以确保数据处理和分析得到妥善处理。此外，我们的优势之一是我们庞大的产品组合，涵盖不同行业的各种数据工作流，如制药、生物制药、作物科学、工业生物技术等。举个例子，我们的MS软件得益于我们在构建处理下一代测序分析大数据的解决方案中获得的经过验证的知识，这些解决方案产生tb和pb的数据，比MS数据大很多个数量级。

AB:随着质谱仪的进步，产生的数据量有了巨大的增加，在数据分析中有多少问题是瓶颈?

JH:不可否认，数据量对许多手动处理数据的机构构成了瓶颈。我们通常说，如果数据分析的时间和生成数据的时间一样长，那么我们就是合适的合作伙伴。质谱数据分析就是一个很好的例子。高分辨率质谱仪在表征生物疗法方面的优势是显而易见的，但由于数据输出的复杂性，其在药物开发、生产和质量控制中的应用仍然受到限制。我们相信，采用Genedata Expressionist，从而实现高分辨率MS数据分析管道的标准化和自动化，将加速质谱的认可，并最终产生更高质量的生物治疗产品。

更多关于Genedata及其全系列产品的详细信息，请访问genedata.com

Jens Hoefkens接受了Technology Networks执行主编Ashley Board的采访。188金宝搏备用你可以找到阿什利谷歌+并关注科技网络188金宝搏备用推特．