DNA分析在Single-Nuclei级别
任务生物Tapestri单细胞测序平台使得从杜克大学的一组研究人员发现支撑快速增长的脑海绵状畸形的分子机制(CCMs)。团队的研究结果发表在《华尔街日报》自然。研究文档平台是如何利用分析固体组织第一次。
我们采访了张Yan博士的首席执行官使命生物找到更多关于使用Tapestri single-nuclei DNA分析平台。
劳拉·兰斯顿(LL):有什么好处分析DNA single-nuclei水平坚实的组织?
燕张(YZ):本研究利用归档固体flash人类CCMs的冰冻组织。细胞冷冻前没有分离成单细胞悬液,所以它是很难隔离可行的单个细胞冷冻解冻后的组织。因此,研究者选择分离细胞的细胞核DNA突变可以在每个核进行分析。这种方法只适合作为研究人员感兴趣的是评估的模式co-mutation (DNA水平上),不需要完整的细胞。
凯特·罗宾逊(KR):如何Tapestri平台使DNA分析single-nuclei级别?
YZ:标准单细胞测序策略需求细胞悬浮液由成千上万的单个细胞是可行的和完整的。这种需求,然而,排除大量的临床价值和广泛访问样本类型被认为是他们经常不满足这些输入物料需求(如样品储存冷冻组织部分)。协议有效分离单个核从冷冻组织切片等具有挑战性的样本类型和方法概要nuclei-to-nuclei水平因此至关重要。任务生物开发了一种核提取协议从冷冻组织或细胞分离细胞核。Tapestri也可能服从single-nuclei提取协议开发的其他实验室的研究中,任的et al。自然研究。
基米-雷克南:你能描述一下你的两步微流控工作流程?
YZ:Tapestri有一个专有的两步微流体工作流分析单个细胞的DNA。在第一步中,单个细胞封装在油滴,细胞溶解释放基因组DNA。然后在第二步,每个细胞DNA的目标放大和标记的特异性条形码。图书馆是由门店,然后测序和特异性突变概要文件使用Tapestri软件重构这一过程DNA俘获效率最大化和最小化等位基因的辍学生,以便你可以想象突变和罕见的积累。类似的工作流用于multi-omics分析、基因型和immunophenotype都从单个细胞。
基米-雷克南:你想象什么未来的研究途径所使用的平台?
YZ:Tapestri平台是目前用于转化研究探讨克隆进化和异质性的癌症在单细胞水平。使用的平台也在医药行业更好地识别最小/可衡量的残留病和评估抗癌药物耐药机制。在未来几年,我们设想诊所利用Tapestri评估患者样本通知个性化治疗策略。
如下自然研究中,Tapestri还被用来研究例非肿瘤克隆突变的其他疾病,如CCMs。
另一个大道Tapestri平台的使用特性的细胞和基因疗法。单细胞的力量综合分析,Tapestri可以加速这些疗法通过管道和病人让他们更快的发展。
我:最近Tapestri平台使用自然研究调查脑海绵状畸形(CCMs) ?
YZ:Single-nuclei测序Tapestri平台上进行以评估是否突变与CCMs跟在同一个细胞或在单独的细胞。他们得出的结论是,一些细胞包含所有三个突变(一个功能丧失的突变等位基因CCM PIK3CA基因和功能获得突变)。这single-nuclei分析导致知识CCMs的发病机理。由于突变同时出现在同一个细胞,研究人员怀疑他们协同加强驱动CCM畸形- - - - - -,所有三个突变需要出现在相同的内皮细胞为了疾病进展。
燕与劳拉·伊丽莎白·兰斯顿张晓强,主编,和凯特·罗宾逊,助理编辑技术网络。188金宝搏备用
