Omix导航器
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在生物科学,数以千计的新的生物数据集和资源每年发表。整合这些不同的数据类型,如疾病、基因组、蛋白质组或转录组数据集非常耗费时间和资源。Omics-specific工具有效地专注于一个数据类型,但不能帮助用户在必要的工作,多尺度水平,结合不同的组学数据集。
新的软件正在开发基因组分析中心(TGAC),最近的资金提高后,旨在解决数据集成的问题。更多地了解诺维奇研究园转化基金提供的资金和Omix导航项目我们向项目领导,Tamas Korcsmaros。
JR:很多项目TGAC最近收到了来自诺维奇的资金研究园转化基金。你能告诉我们关于您的特定项目,这笔资金是为何如此重要?
TK: 2010年和2013年之间导航的发展是由£110000从匈牙利创新格兰特和欧盟区域发展基金资助。项目是由Hungary-based BioNav有限公司由Tamas Korcsmaros,当前TGAC计算生物学研究员。开发的软件满足市场需要为它提供:1)高度用户友好的、可定制的界面与其他工具的兼容性高,2)一个简单的方法来处理复杂和各种生物医学数据集;3)工具,指出小说的药物靶点和支持网络药理学的需要;4)一种方法来整合生物医学数据集和当前cheminformatics和pharmacoinformatics管道网络的方法。
TGAC和BioNav最近签署了一项协议,给TGAC OmiX航海家的独家许可证。这允许OmiX导航器的进一步改善。在过去的几年中,TGAC开发了一些具体和填缝算法和方法就有商业潜力有限。他们发表在GPL3许可证提供所有代码都应该与用户共享,他们太具体。结合通用可视化、数据集成和工作流管理框架的航海家TGAC开发的软件来满足的需要,研究机构和中小企业将是一个完美的匹配,不可能单独实现。诺维奇的资金研究园转化基金给予适当的资金来开展这个项目。
JR:将如何定制Omix导航您正在开发整合,减少时间转换和清洗数据?
TK:成千上万的新生物数据集和资源每年发表。评估这些系统的结果是困难的尽可能多的数据存储在不同的格式。现在大约70%的任何数据驱动的项目包括简单管理data-integrating,转换和清洗之前任何实际分析就可以开始了。集成不同的数据类型(例如,疾病、基因、蛋白质组学、转录组数据集)是一个非常耗费时间和资源的过程,使收集到的数据更有用。Omics-specific工具高效专注于一个数据类型,但不能帮助用户在必要的工作,多尺度水平,结合不同的组学数据集。
Navigator框架的特点是,它是一个“一站式”解决方案。它包含:
•集成的分子,细胞和医疗数据库
•一个高度交互的数据可视化模式(提供可视化的分子结构、网络分析结果在一个可定制的“虚拟沙盒”)
•一个直观的工作流设计器允许信息平台和互动的概述复杂的算法分析和简单的导入以及协议的导出和导入功能
•高的标准化文件格式兼容性
导航器是作为一个基于云的解决方案开发的,因此它是可定制的,安全的和可扩展的。
JR:发布日期定于2016年初你能告诉我们你的新软件将主要针对谁?
TK:我们全面的市场研究表明,主要的目标市场将学术研究人员参与系统生物学研究和其他包含项目,横(接触研究机构)和其他中小企业(SME)生命科学公司参与临床研究。研究小组已经把钱花在类似的软件解决方案(1)获得可视化没有专业的计算帮助了解先进的计算分析;(2)预测最有前途的实验,,,减少湿实验室工作的成本;(3)研究复杂的问题不可能与传统方法。基于二次研究和焦点小组访谈,代表组成的群体包括bioinformaticians和医生;我们建立了大型制药公司通常有自己的内部系统。而中小企业生命科学和横需要一个有效的和可定制的数据管理和可视化的基础设施。
JR:将这部小说软件人员使用元数据中获益呢?
TK:虽然市场领导者为元数据分析功能的软件解决方案,他们大多只是为了解释实验和临床结果。然而,OmiX导航除了提供市场领导者的主要特性,避免了数据集成的开发周期长,多余的数据复制。OmiX导航器将有许多特定的优势目前可用的软件解决方案。这些包括:
•灵活的数据可视化体系结构
•集成的分子,细胞和医疗数据库
•一个接口,用于各种“组学数据集
•高度交互的数据可视化模式
•一个直观的工作流设计器平台
•标准化文件格式兼容性高的其他程序
•一种整合基因组学、转录组、蛋白质组学和生物医学数据集与网络支持当前cheminformatics和pharmacoinformatics管道的方法
Tamas Korcsmaros杰克拉德说,编辑技术网络188金宝搏备用
新的软件正在开发基因组分析中心(TGAC),最近的资金提高后,旨在解决数据集成的问题。更多地了解诺维奇研究园转化基金提供的资金和Omix导航项目我们向项目领导,Tamas Korcsmaros。
JR:很多项目TGAC最近收到了来自诺维奇的资金研究园转化基金。你能告诉我们关于您的特定项目,这笔资金是为何如此重要?
TK: 2010年和2013年之间导航的发展是由£110000从匈牙利创新格兰特和欧盟区域发展基金资助。项目是由Hungary-based BioNav有限公司由Tamas Korcsmaros,当前TGAC计算生物学研究员。开发的软件满足市场需要为它提供:1)高度用户友好的、可定制的界面与其他工具的兼容性高,2)一个简单的方法来处理复杂和各种生物医学数据集;3)工具,指出小说的药物靶点和支持网络药理学的需要;4)一种方法来整合生物医学数据集和当前cheminformatics和pharmacoinformatics管道网络的方法。
TGAC和BioNav最近签署了一项协议,给TGAC OmiX航海家的独家许可证。这允许OmiX导航器的进一步改善。在过去的几年中,TGAC开发了一些具体和填缝算法和方法就有商业潜力有限。他们发表在GPL3许可证提供所有代码都应该与用户共享,他们太具体。结合通用可视化、数据集成和工作流管理框架的航海家TGAC开发的软件来满足的需要,研究机构和中小企业将是一个完美的匹配,不可能单独实现。诺维奇的资金研究园转化基金给予适当的资金来开展这个项目。
JR:将如何定制Omix导航您正在开发整合,减少时间转换和清洗数据?
TK:成千上万的新生物数据集和资源每年发表。评估这些系统的结果是困难的尽可能多的数据存储在不同的格式。现在大约70%的任何数据驱动的项目包括简单管理data-integrating,转换和清洗之前任何实际分析就可以开始了。集成不同的数据类型(例如,疾病、基因、蛋白质组学、转录组数据集)是一个非常耗费时间和资源的过程,使收集到的数据更有用。Omics-specific工具高效专注于一个数据类型,但不能帮助用户在必要的工作,多尺度水平,结合不同的组学数据集。
Navigator框架的特点是,它是一个“一站式”解决方案。它包含:
•集成的分子,细胞和医疗数据库
•一个高度交互的数据可视化模式(提供可视化的分子结构、网络分析结果在一个可定制的“虚拟沙盒”)
•一个直观的工作流设计器允许信息平台和互动的概述复杂的算法分析和简单的导入以及协议的导出和导入功能
•高的标准化文件格式兼容性
导航器是作为一个基于云的解决方案开发的,因此它是可定制的,安全的和可扩展的。
JR:发布日期定于2016年初你能告诉我们你的新软件将主要针对谁?
TK:我们全面的市场研究表明,主要的目标市场将学术研究人员参与系统生物学研究和其他包含项目,横(接触研究机构)和其他中小企业(SME)生命科学公司参与临床研究。研究小组已经把钱花在类似的软件解决方案(1)获得可视化没有专业的计算帮助了解先进的计算分析;(2)预测最有前途的实验,,,减少湿实验室工作的成本;(3)研究复杂的问题不可能与传统方法。基于二次研究和焦点小组访谈,代表组成的群体包括bioinformaticians和医生;我们建立了大型制药公司通常有自己的内部系统。而中小企业生命科学和横需要一个有效的和可定制的数据管理和可视化的基础设施。
JR:将这部小说软件人员使用元数据中获益呢?
TK:虽然市场领导者为元数据分析功能的软件解决方案,他们大多只是为了解释实验和临床结果。然而,OmiX导航除了提供市场领导者的主要特性,避免了数据集成的开发周期长,多余的数据复制。OmiX导航器将有许多特定的优势目前可用的软件解决方案。这些包括:
•灵活的数据可视化体系结构
•集成的分子,细胞和医疗数据库
•一个接口,用于各种“组学数据集
•高度交互的数据可视化模式
•一个直观的工作流设计器平台
•标准化文件格式兼容性高的其他程序
•一种整合基因组学、转录组、蛋白质组学和生物医学数据集与网络支持当前cheminformatics和pharmacoinformatics管道的方法
Tamas Korcsmaros杰克拉德说,编辑技术网络188金宝搏备用
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