质粒平台承诺一个独特的数据共享解决方案
没有科学家是一座孤岛,为了最大限度地发挥数据的力量,研究人员必须与更广泛的社区分享他们的结果。一个新平台的推出表明,共享质粒数据可能比以往任何时候都更容易。
GenScript是一家领先的生物技术公司,为基因和蛋白质分析提供各种服务。7月8日,他们发布了molecarcloud,这是一项基于CloneArk的共享服务™数据库。CloneArk™,该项目于2015年推出,使研究人员能够以远低于此的成本重新使用旧质粒新创合成。molecarcloud进一步实现了为研究人员节省成本和时间的目标,允许研究人员将他们的质粒在线供他人使用。
GenScript对分子云有雄心勃勃的计划。最近的新闻稿表明,这项技术可以为全球研究界节省高达10亿美元。我们采访了GenScript的副总裁Eric Wang,讨论这个新平台。
Ruairi Mackenzie (RM):什么是MolecularCloud ?为什么它在行业中是独一无二的?
Eric Wang (EW):molecarcloud是一个免费开放的平台,科学家可以在这里分享和交换DNA部分、质粒以及与之相关的知识。
首先,它是一个为全球研究人员提供在线管理服务的质粒库,由GenScript管理,分子云为质粒提供高标准的质量控制和快速交付。
molecarcloud是独特的,因为它不仅仅是一个质粒库,由2个特征定义:
1.它也是一个社交平台。在这里,用户可以找到不同的部分或质粒,了解它们的应用,并在社区内进行对话。不仅质粒可以分享,思想也可以分享。
2.它集成了GenScript免费的GenSmart Design在线DNA设计和质粒映射工具(图1),这是一个工具,允许所有级别的用户,包括那些在分子克隆方面受过很少训练的用户,将想法转化为结构,GenScript将帮助进行物理克隆。
据我们所知,这是生物学研究专业人员的独一无二的解决方案。
图1。GenSmart Design界面截图
RM:你如何看待科学家们在这个平台上的互动?有没有成功合作的例子?
电子战:我们于7月测试上线平台,并于2018年8月15日正式上线。在测试期间,我们已经有一些实验室对它感兴趣,有的是存款人,有的是买家。
例如,中国科学院上海生物科学研究所的杨胜博士将微生物基因组编辑的质粒沉积在MolecularCloud平台上。他们在发表分子云猫的研究报告时发布了消息。只是质粒。他们的质粒非常受欢迎,已经被来自不同国家的几位科学家所要求。
由于我们上线时间较短,在molecularcloud.org上还没有看到科学家在评论和讨论方面的互动(图2)。接下来我们将开展活动,积累更多的存款,促进用户之间的互动。
RM:分子云模型可以应用于质粒以外的基因组数据共享吗?
艾玛:是的,我们认为这是个好主意。目前我们选择质粒是因为材料易于操作和复制,因此不仅数据共享,而且质粒材料也可以共享。基因组数据也可以很容易地共享,但材料可能不太容易。然而,共享数据本身是有价值的。
从长远来看,任何具有设计和科学价值的分子都可以与相同的概念共享。我们可以很容易地想象突变库、探针、引物、肽甚至蛋白质将被共享。
RM: MolecularCloud如何与GenScript的其他服务相适应?
艾玛:MolecularCloud源自GenScript自2015年以来提供的一项流行服务,即CloneArk™。这项免费服务允许我们的用户将过去订单中的克隆存档,以供将来重用。这使用户能够随时随地在线访问他们以前的设计,并在未来的新设计中重新使用它们,而无需从头合成新的基因。在推出三年后,CloneArk™系统中大约有100万个克隆体。这就是为什么我们知道质粒再利用是实验室和科学家的重要需求。而CloneArk有利于团队内部质粒的重用;它需要更大的平台来扩展不同科学家和实验室之间的共享。因此,我们创建了分子云,使不同科学家之间的质粒共享超级容易。
下面是科学家在分子云上发现感兴趣的质粒后会发生的事情。他们可能想直接在他的研究中使用质粒,他们可以向GenScript申请准备100ug的质粒,这是我们的服务之一。此外,他们可能需要修改质粒,以放入他们感兴趣的基因,这意味着他们将需要诱变或亚克隆服务。他们可以轻松地在线设计新的质粒,GenScript也可以将它们作为服务。质粒制成后,任何进一步的下游应用,如蛋白表达和抗体生成也可以在GenScript中完成。凭借我们的一站式解决方案,GenScript希望促进生物学领域的研究和快速创新。
Eric Wang采访了Ruairi J Mackenzie,科技网络的科学作家188金宝搏备用