芯片检测工具

芯片是什么?

染色质免疫沉淀反应(芯片)是一种技术用于研究协会的特定的蛋白质,或修改的亚型,定义的基因组区域。这是一个快速发展的研究方法,通常是用于映射细胞中的dna蛋白质相互作用是正确的基因调控的关键。例如,他们可以用来确定蛋白质如组蛋白转录因子和修改绑定到一个特定区域的DNA的活细胞或组织。

ChIP-seq是如何工作的呢?

芯片分析,片段的dna蛋白质复杂(染色质)交联保留特定的dna蛋白质相互作用。然后提取和染色质剪通过声波降解法或酶消化成更小的碎片。DNA蛋白质片段是有选择地使用特定抗体针对您感兴趣的蛋白质免疫沉淀反应,得到的分数DNA和蛋白质分离组件。

ChIP-seq分析用于什么?

表观遗传学科学家寻求降低背景噪音和偏见,在保持高质量的数据生成、ChIP-Seq化验是完美的选择。ChIP-seq技术允许研究人员研究蛋白质与DNA相互作用的方式和核酸通过观察实物债券形式。识别跨基因组DNA债券之后,他们可以更详细地研究蛋白质和转录因子。

正如上面提到的,芯片结合下一代测序提供了重要的见解基因调控事件中扮演的角色不同的生物通路的发展和各种疾病,比如癌症增长和进步。

除了全基因组DNA捕获各种组蛋白修饰和转录因子对于任何生物,ChIP-Seq技术有许多优点。这些包括使用时能够揭示基因调控网络与RNA序列和甲基化分析,转录因子结合位点的精确定义和兼容的DNA样本。

ChIP-seq方法的概述

在表观遗传学领域,建立芯片作为一个有效的方法进行全基因组调查细胞dna蛋白质相互作用。芯片的普及很大程度上是由于这样的事实,它可以帮助研究人员更好地理解染色质的表观遗传机制和动力学。

ChIP-on-chip ChIP-seq成为选择的方法之前,是研究dna蛋白质的首选方法。合并染色质免疫沉淀反应和DNA微阵列,这种方法展示的位置详细蛋白质和DNA之间的债券。然而,由于ChIP-seq于2007年首次引入,它已经被广泛采用的首选方法,分析蛋白质的DNA很大程度上是由于它的全基因组分析的能力。

技术进步已经使人们有可能把芯片分析与新一代测序平台和绘制出整个基因组想象的蛋白质结合位点。ChIP-seq查明特定基因序列的能力,一种蛋白质结合艾滋病protein-DNA交互的表观遗传研究人员在他们的研究更集中,提供了有价值的见解疾病的发展。

发育和分化ChIP-seq应用导致了更全面的理解背后的表观遗传过程控制基因转录,转录因子的功能和各种cis监管元素。

什么是ChIP-seq图书馆吗?

ChIP-seq库通常是由DNA芯片使用特定ChIP-seq协议,包括尺寸选择、凝胶净化,单一A-addition end-repair adapter-ligation,以及使用ChIP-seq特定PCR引物。

为了避免放大过度ChIP-seq库,研究人员可以减少他们使用模板DNA PCR或PCR的循环次数。如果放大过度是否已经发生的不确定性,我们建议比较PCR产物的大小和适配器的结扎产品。如果overamplified PCR产品,会增加它们的大小相比,适配器的结扎产品。

有两种方法创建一个ChIP-seq库。顾名思义,单端测序将生成短序列数据从一个DNA模板。Paired-end测序,另一方面,两模板生成短序列读取结束。这两种方法能成功地生成一个ChIP-seq图书馆,但paired-end单端测序提供了几个优势的选择。

除了更好的片段大小的检测和放大测序覆盖,paired-end对齐重复区域的测序提高效率从每个DNA模板获取更多的序列信息。

测序DNA模板的两端还可以使研究人员更准确地绘制感兴趣的基因如果遇到部分重叠ChIP-enriched DNA片段或重复序列。单头测序,与此同时,可能会导致损失的重复序列的分析。

因素,如基因组目标站点的数量及其抗体亲和力决定所需的序列读取次数声音基因组覆盖率。评估饱和点(多少读取之前需要额外的测序不再是能够识别新的绑定或浓缩网站)是一种选择,更多的定量方法来确定所需的深度测序。

ChIP-seq所需多少细胞?

为了确定起始ChIP-Seq所需细胞的数量分析,科学家们应该考虑几个因素,包括丰富的组蛋白的化学修饰蛋白质或他们如何调查,和他们使用的抗体的质量。一般来说,更多的细胞会产生更高的信噪比,因为两个是直接相关的。

这就是为什么我们建议如果可能的话经验确定最小数量的细胞。通常,ChIP-Seq化验使用一个一千万个细胞会产生10 - 100 ng的DNA芯片。一百万年丰富的蛋白质,细胞就足够了,但如果ChIP-seq测定目标组蛋白修饰或少丰富蛋白质,可能需要多达一千万个细胞决定性的结果。

研究罕见的细胞类型可能受益于替代协议已开发使用细胞10 - 100倍低于标准ChIP-seq协议组蛋白修饰的全基因组分析分布。

ChIP-seq装备优势和成本

的Chromatrap ChIP-seq包提供一个新的和改进的方法执行芯片可以帮助减少手在时间和艰苦的手动处理步骤,同时提供最高的信噪比与传统的工具。它是市场上唯一的选择工具,使研究人员执行芯片完全bead-free。这意味着不是珠子悬浮驱动的免疫沉淀反应,我们使用一个静止不动的,惰性聚合物过滤器执行方法。我们ChIP-seq包是理想的科学家新的芯片或那些在当前方法。

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