在单细胞生物中访问新领域
蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案
在单细胞生物中访问新领域
由蜂窝生物技术开发,蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案集成示例存储和单细胞分析成一个完整的工作流程,解决生物学问题,限制单个细胞RNA结合独特的好处:
使蜂巢CLX™单细胞RNA-seq之前解决方案适合具有挑战性的应用程序:
- 先天免疫
- 高质量的数据粒细胞(中性粒细胞,嗜酸性粒细胞,嗜碱粒细胞)
- 多种疾病研究领域:肿瘤、神经学、发育生物学、呼吸和心脏疾病,移植
- 传染病研究
- 收集样本在低资源环境下,船到高资源设置
- 疾病:乙肝病毒和丙肝病毒(肝炎)、艾滋病、疟疾、肺结核、SARS-CoV-2
- 临床研究
- 人类克服样本收集物流微创活检
- 包括:血液、骨髓、癌症活检、鼻腔和口腔拭子,巴尔斯,fna),尿,CSF和母乳
访问蜂窝的网站访问蜂巢CLX™单细胞RNAseq协议和技术信息的解决方案。
仅供研究使用。不用于诊断程序。
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NOVA-HCB118
蜂巢CLX scRNAseq完整包
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NOVA-HCB119
蜂巢CLX scRNAseq起动包
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NOVA-HCB103
蜂巢CLX scRNAseq样本捕获包
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NOVA-HCB104
蜂巢CLX scRNAseq处理包
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NOVA-HCB105
蜂巢UDI板
蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案
支持多站点& Multi-timepoint样本集合
蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案是结合样本存储和单细胞分析系统。蜂巢CLX™收集器提供多功能性通过使样品收集在不同的网站或在不同的时间点和样品处理在同一位置收集或集中处理实验室。
易于使用的
蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案包含试剂和一次性,手持可交付蜂巢CLX™收集器,可以用在几乎任何实验室环境。不需要专门的设备来处理单个细胞样本通过图书馆准备和工作流可以在大多数实验室运行。
保持样品的完整性
细胞质量不是妥协当使用蜂巢™收集器在储存、运输或处理。我们可以看到在图1中,单个细胞库准备从新鲜细胞和细胞储存在-20°C 14天前处理有类似的资料,没有损失的细胞群多样性,成绩单或基因检测。
图1所示。对比样品加工而新鲜的或储存在-20°C 14天前处理。
增加细胞复苏的脆弱
细胞分离使用蜂巢™收集器轻轻地安顿microwells在几分钟内。这种变化使分析的细胞,通常很难分析因其脆弱的膜结构或因为他们被刺激或转染可诱导脆弱。图2显示了蜂巢™scRNAseq工作流能够恢复粒细胞与其他平台很难发现,因为他们的脆弱。
图2。展示了24720个细胞被抓获在六个蜂巢™收藏家。处理的细胞类型包括粒细胞,如中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞。
促进加载更大的样本册
单细胞分析其他系统只允许小样本加载量,通常大约50μL。以确保你不会错过重要的信息可以在主样本,蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案允许负载更大的卷4毫升。
提供灵活的和可扩展的工作流
蜂巢CLX™单细胞RNAseq工作流可以减少实验和互动网站的变化中看到其他单细胞RNA-seq分析平台。工作流也提供了灵活性的处理位置和吞吐量。样品可以很容易地处理他们在哪里收集或储存和运送到一个中央设施进行处理。通过允许安全存储样本,样本可以批处理来提高实验室效率。
如果你需要整个蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案你应该买:
蜂巢CLX™scRNAseq完整包
蜂巢CLX™scRNAseq完整包结合样本捕获和处理包捕获,转录组复苏,和图书馆准备单细胞样本使用蜂巢CLX™设备和试剂8样本与相应的部分。索引引物(蜂巢™UDI板)单独出售。
蜂巢CLX™scRNAseq起动包
为新用户一次性购买和培训项目
- 蜂巢™配件(1 x关闭工具,1 x滤板适配器)
- 蜂巢CLX™演示部分(仅x4,所需培训)
- 细胞代理人(仅2 rxns所需培训)
- 组装真空(1 x容器真空吸尘器陷阱,1 x计组装,1 x歧管),真空泵单独出售
- 蜂巢™板&海豹(1 x 96 -滤板,1 x 96深井板,5 x 96全高度PCR板,箔,和清晰的板密封)
- 溶解箱(2 x可重用盒)
蜂巢™UDI板
- 96独特的双指数引物多路蜂巢™v1或蜂巢CLX™库。不包括在蜂巢CLX™起动包。
真空泵
- 120 v真空泵。组装所需的真空起动包如果用户没有一个兼容的泵。
- 230 v真空泵。组装所需的真空起动包如果用户没有一个兼容的泵。
如果你需要的捕获部分蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案你应该买:
蜂巢CLX™scRNAseq样本捕获包
- 包括蜂巢CLX™收藏家、试剂和旋转部分8样本。
如果你需要图书馆准备部分的蜂巢CLX™单细胞RNAseq解决方案你应该买:
蜂巢™scRNAseq加工设备
- 部分&试剂处理cell-loaded蜂巢™收藏家和构建图书馆8样本。
蜂巢CLX™scRNAseq起动包
为新用户一次性购买和培训项目
- 蜂巢™配件(1 x关闭工具,1 x滤板适配器)
- 蜂巢CLX™演示部分(仅x4,所需培训)
- 细胞代理人(仅2 rxns所需培训)
- 组装真空(1 x容器真空吸尘器陷阱,1 x计组装,1 x歧管),真空泵单独出售
- 蜂巢™板&海豹(1 x 96 -滤板,1 x 96深井板,5 x 96全高度PCR板,箔,和清晰的板密封)
- 溶解箱(2 x可重用盒)
蜂巢™UDI板
- 96独特的双指数引物多路蜂巢™v1或蜂巢CLX™库。不包括在蜂巢CLX™起动包。
真空泵
- 120 v真空泵。组装所需的真空起动包如果用户没有一个兼容的泵。
- 230 v真空泵。组装所需的真空起动包如果用户没有一个兼容的泵
蜂巢™样本分析
应用笔记
蜂巢scRNAseq解决方案的集成存储恢复完整的生物学与低温贮藏:一个案例研究与健康的人类骨髓
蜂巢scRNAseq解决方案:一个案例研究演示样品稳定性和脆弱的细胞复苏
使用蜂巢scRNAseq解决方案:一个案例研究与人类胶质母细胞瘤切除术
访问一个测序运行在BASESPACE序列比较您的数据中心
Illumina公司发表了BaseSpace序列的测序运行中心演示数据页的蜂巢CLX scRNAseq库运行在一个Illumina公司®NextSeq®2000测序器允许您做直接比较与自己的单细胞测序数据生成的蜂巢CLX™scRNAseq解决方案。读了Illumina公司®博客要学习更多的知识。
宣传册
扩大的可能性与蜂巢单细胞转录剖析™scRNAseq解决方案
手册、软件下载、&培训视频
参观蜂窝客户门户访问协议和书面和视频下载软件
单个细胞收集常见问题:
问:我在哪里可以下载协议?
答:请访问我们的在honeycomb.bio支持页面下载和视频协议写的。
什么材料可用于培训?
答:我们建议所有新用户实践提供演示部分设备在他们开始之前与他们的实际样品。新用户与细胞可以使用代理合作练习细胞计数和加载到蜂巢收集器。请联系(电子邮件保护)建立一个训练。
样品制备
问:有样本准备HIVE-specific要求吗?
答:我们建议无论样本准备条件最适合样本类型的兴趣。蜂巢的CLX™单细胞RNAseq解决方案,最终细胞悬浮液必须包含至少1%的边后卫或0.1% BSA媒体。
问:我该怎么做如果有团在我的单细胞悬液吗?
答:如果你担心,你可以通过70µm细胞筛选样本过滤器在装货前进入蜂巢。此外,洗后一步cell-loading大块碎片,将有助于消除不适应60µm蜂巢的井。
问:我的细胞生存能力可以多低?
答:我们建议的目标细胞生存能力> 90%。更好的样品质量,更好的数据。样本70%的可行性仍在15%的变异产生一个矩阵产品规格。
问:你有建议删除红细胞的协议?
a从血液红细胞损耗,我们建议使用EasySep™RBC消耗试剂与EasySep™磁铁。我们建议处理0.5毫升的血,使用磁铁2 - 3次得到最好的结果。使用EasySep系统后,我们建议洗两次细胞与细胞媒体+蛋白质去除血小板和血清蛋白。
样本捕获
问:我的蜂巢收藏家的保质期是多少?
a HIVE目前验证后12个月保质期的收据时储存在-20°C。
问:是否有替代的方法解冻蜂巢收藏家?
答:是的,融化在4 c一夜之间类似于在室温下解冻30分钟。
问:多久我的蜂巢收集器可以在室温下cell-loading之前?
答:1小时,搬到4ºC如果超过1小时。
问:有多少细胞每蜂巢收集器可以加载?
a对蜂巢CLX™scRNAseq处理我们建议装载30000细胞/蜂巢收集器。加载范围是500 - 60000细胞/蜂巢收集器。计数时,请加载基于活细胞的数量的样品。
蜂巢CLX scRNAseq加载
问:样品装载体积是多少?
a标准的加载方法1毫升的示例(使剩下的体积与加载缓冲区如果1毫升的样品不可用)。蜂巢收集器是4毫升的能力。如果体积超过4毫升容量,使用旋转加载顺序协议通过删除每次旋转后上层清液。
我可以用什么样本类型?
a HIVE CLX™scRNAseq解决方案可用于真核细胞包含mRNA转录3 '多聚腺苷酸尾。细胞应小于55µm适应井。我们已经测试了多种哺乳动物的细胞类型,包括人类过滤血液,PBMCs,小鼠脾细胞等等
问:我可以用一个自动细胞计数而不是一次性血细胞计数器?
答:是的,但是我们建议首先与血细胞计数器进行比较,以确保你的细胞计数器是准确的。我们推荐的Nexcelom K2 Cellometer。
什么类型的媒体应该暂停我的细胞在装货前?
a .蜂巢CLX scRNAseq解决方案是兼容广泛的样本缓冲区。我们建议~ 0.1%的蛋白质,但高达10%的边后卫是好的。我们建议使用PBS + 0.1% BSA为最佳的细胞复苏细胞加载。蜂巢的CLX™scRNAseq解决方案,最终细胞悬浮液必须包含至少1%的边后卫或0.1% BSA媒体。一个额外的清洗建议> 1%的蛋白质。
问:你如何确保只有一个细胞进入每个好吗?
答:数组是由picowells捕获细胞。细胞捕获遵循泊松分布。同时加载更多细胞增加单个细胞复苏,这也增加了紧身上衣的生成速率。
什么是双重率?
答:下表给出了理论多平台率(%)泊松加载加载基于细胞的数量
存储和运输
问:我应该如何存储cell-loaded蜂巢收藏家?
a . Cell-loaded荨麻疹应该冻结。存储cell-loaded蜂巢收集器在-80°C是类似于存储在-20 C。
问:我可以存储多久cell-loaded蜂巢收集器在-20°C ?
a HIVE CLX解决方案目前正在验证长达3个月的存储在-20°C。更长的存储期正在进行的测试。
问:我可以直接从样本捕获处理没有存储cell-loaded蜂巢收藏家?
答:是的,如果你不停止样本捕获后,让cell-loaded蜂巢收藏家孵化与细胞保护解决方案开始前30分钟处理协议。
问:为什么我要船cell-loaded蜂巢和干冰收藏家吗?
a细胞保护解决方案不完全冻结在-20°C。Cell-loaded蜂巢收藏家需要完全冻结(平),以便于运输。
问:我该如何存储cell-loaded蜂巢收藏家,运往我吗?
答:在收到cell-loaded蜂巢收藏家在干冰运输,我们建议在-80°C到存储处理。有关更多信息,请参见示例加载协议接收指令。
处理和图书馆准备
问:多少个样品我可以在一次,过程需要多长时间?
答:我们的工作流提供了高度的灵活性,因为每个样本是独立的。在正常情况下,1到24个样品可以并行工作,可以处理和准备测序在1.5天。
问:我怎么知道我已经成功地恢复了蜂巢收集器的珠子吗?
a .离心后,一个紧凑的白色颗粒底部可见珠收集器(更容易看到当持有自旋板开销)。而删除300µl,珠子会出现在吸管,和解决方案将会出现多云。后来,没有颗粒是可见的。
问:我可以用一个圆形的96孔板条形磁铁磁铁代替吗?
答:我们建议易用性的条形磁铁,但是其他的磁铁是可以接受的,如果你成功地使用他们之前撒清理。
问:我如何处置我使用蜂巢部分?
a HIVE部分可以作为non-sharps处理用于标准生物浪费。
问:蜂巢溶菌作用的解决方案可以灭活传染病样品吗?
答:裂解的解决方案已被证明灭活SARS-CoV-2-infected人体全血,但你们需要的样品。我们建议测试?
QC,池和测序
你推荐什么测序平台?
a .蜂巢CLX™scRNAseq库目前兼容Illumina公司测序平台定制的双指数paired-end排序的能力。我们建议Illumina公司®NovaSeq®, NextSeq®2000,或NextSeq®平台的500/550。图书馆提供的自定义排序和索引引物制备试剂
问:有多少读取每个蜂巢所需样品吗?
答:需要读取可以取决于数量的细胞,应用程序中,数据质量和样本类型。
问:测序包你推荐哪一个?
a . Illumina公司®NextSeq®500/550 - 75高输出周期工具包Illumina公司®NextSeq®2000 - 100循环工具包Illumina公司®NovaSeq®6000 - 100循环设备
什么是推荐的测序配置?
a .双重索引paired-end与定制的测序引物测序R1: 25 R2: 50 I1: 8 I2: 8附录在处理用户协议进入细节设置排序。
问:我如何能检查我的测序质量呢?
答:基础质量指标是用来评估测序技术的准确性。Illumina公司提供2个指标来评估基础质量:% PF(集群的百分比,通过Illumina公司的预设过滤器)和% QC30(基地的质量分数的百分比30或更高)
FastQC可以用来评估你的测序数据。FastQC是一个开源的质量控制工具对高吞吐量Babraham研究所开发的序列数据。可以找到更多的信息和下载:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
问:我该如何分工我的样品吗?
基于指数1和索引2 a .分工读。
问:当设置排序,我应该使用什么片段大小?
我们建议使用750个基点的名义片段大小计算的摩尔浓度蜂巢库加载Illumina公司®测序时,即使你的片段分析仪显示了不同峰值大小。请提供这些信息给你测序设施
软件和分析
分析软件提供什么?
a BeeNet™软件是专门为蜂巢CLX™scRNAseq解决方案。我们还提供Terra用户BeeNetPLUS工作流进行端到端分析。
问:BeeNet和BeeNetPLUS软件之间的区别是什么?
答:BeeNet软件可以下载并使用在集群或云通过Linux命令行。输入文件去复用fastq文件和输出是一个计算矩阵可用于二次分析以及额外的质量控制文件。BeeNetPLUS软件有一个GUI界面和托管在Terra。去复用fastq文件输入和输出是一个html文件,通过简要分析你的数据,以及标准BeeNet输出文件。
问:我如何访问和使用软件吗?
答:在蜂窝请访问我们的支持页面。生物的安装说明和分析。
问:我可以下载示例数据吗?
答:是的,这里可以下载数据
问:什么是BeeNet分析软件的输入文件吗?
答:去复用读1和读2 FASTQ文件从Illumina公司paired-end测序。
你使用哪个参考基因组人类?
我们都hg19和GRhC38可供使用。
问:我们可以使用我们自己的引用吗?
如果你感兴趣的一个参考BeeNet上使用,不可用,在蜂窝提交支持请求。生物,我们可以与你合作,建立一个新的参考文件。
问:我需要下载引用每一次吗?
答:如果您已经下载了引用和他们在同一个系统仍然可用,您不需要再次下载。
问:BAM文件包含映射质量信息吗?
是的,但是,我们的BAM文件不包含分子数信息。
问:你注释intronic地区吗?
a . Intronic地区BAM文件中的注释,但他们并不包含在分子数量。
问:BeeNet生成什么类型的文件?
a . BeeNet产生三种类型的文件:BAM,数矩阵,和质量指标。