新工具预测如果癌症免疫疗法将攻击健康细胞

休斯顿大学的研究人员正在努力使t细胞免疫疗法更加安全,叫做CrossDome开发一个工具,它使用遗传和生化信息的组合来预测如果t细胞免疫疗法可能错误地攻击健康细胞。

基于t细胞免疫疗法具有巨大的潜力在对抗癌症和传染病,由于他们专门针对病变细胞的能力,包括癌症转移。然而,这种潜在的缓和了关于可能的安全隐患识别未知的目标显示健康细胞。

在一个案例中,科学家创造了特殊的t细胞应该是目标蛋白中发现的一种皮肤癌黑色素瘤。然而,这些t细胞也攻击了一个不同的蛋白质中发现一些患者的心脏细胞。这造成了严重的损害。

“我们CrossDome工具帮助预测T-cell-based免疫治疗的潜在风险。它使用一个组合不同类型的信息(称为multi-omics)进行预测并确定治疗是否会不小心伤害健康细胞除了瞄准目标病变细胞,”说Dinler安图内斯,计算生物学助理教授及会员中心的核受体和细胞信号。他的作品发表在免疫学前沿。“通过分析各种因素,CrossDome提供洞察T-cell-based免疫疗法的安全性和可能帮助研究人员开发更安全的治疗方法。”

测试的有效性CrossDome、安图内斯和安德烈·f·塞卡前博士后在安图内斯的实验室,用它来预测potenti艾尔错误在16个著名的t细胞大的情况下,包括melanoma-heart损伤情况。工具成功地确定了心脏t细胞的蛋白质作为一个潜在的目标,排名是一个高风险的候选人在成千上万的其他蛋白质。

加强的结果,安图内斯从不同的功能组合信息数据集来帮助评估多少特定的基因表达和他们如何能够结合一定的分子称为HLA,引发免疫反应。

“这些信息有助于我们决定哪些潜在的非标靶基因值得测试实验,”安图内斯说。

CrossDome用户可以是技术或非技术。特性,允许更高级的控制对于那些知道如何代码,以及一个易于使用的界面没有编程经验的人。

参考:安图内斯达丰房颤。CrossDome:交互式R包来预测大风险使用immunopeptidomics数据库。前面Immunol。2023;14。doi:10.3389 / fimmu.2023.1142573

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