力量宣布进一步进展4 d蛋白质组学和额外的小说timsTOF Pro™工作流EuPA 2019

XIIIth年度国会的欧洲蛋白质组学协会(www.eupa.org),力量宣布进一步进展超高灵敏度,高通量4 d使用timsTOF Pro质谱仪蛋白质组学。此外,新的完整的蛋白质分析和下一代4 d代谢组学工作流被介绍了,都是一样的,可以在非常灵活timsTOF职业平台。

非凡的进步速度,灵敏度和鲁棒性timsTOF Pro提供的蛋白质组学产生了巨大的兴趣社区。执行所有的工作到目前为止已经完成使用数据依赖分析(DDA)积累和创新并行串行碎片(PASEF)方法与马蒂亚斯•曼教授Martinsried马克斯普朗克研究所的生物化学,德国。

ddaPASEF,个人多电荷肽选择实时MS / MS,根据获得的“mobility-mass热图”。即使高> 100 Hz MS / MS的速度timsTOF Pro,不是所有的肽可以针对MS / MS鉴定。由于生物不同样本数据的变化,同一肽可能不会在所有运行目标,导致所谓的“缺失值问题”在执行定量蛋白质组学。

独立分析数据(DIA)是一种替代方法使用宽片段大多数肽选择窗口,而不是选择个人肽。多年来,力量已经与马蒂亚斯•曼教授的实验室合作开发timsTOF Pro蛋白质组学。最近,他们联手教授Ruedi Aebersold博士和本·柯林斯在Zuerich ETH和多伦多大学的汉斯·罗伊教授,开发一种新型DIA timsTOF职业技术,称为diaPASEF。的速度和灵敏度timsTOF Pro已被证明导致提高吞吐量和迪亚库生成更好的结果,甚至承诺更全面的蛋白质组报道在DIA实验。进一步进展diaPASEF将于EuPA 2019。

马蒂亚斯•曼教授说:“timsTOF Pro提供了非常高的MS / MS速度、动态范围和一个额外的4维分离的离子迁移率。由于其dual-TIMS前端,当操作与我们PASEF方法,timsTOF Pro还使用离子高效有近100%的关税周期敏感性最高。离子流动分离提供了精确的和高度可再生的碰撞截面(CCS)值,允许一个额外的维度对齐和特征匹配的数据处理和分析软件。OpenSwath分析软件的新的diaPASEF方法利用这些属性为下一代DIA方法提供优越的报道生物样品中的蛋白质,和优秀的定量性能。我们非常兴奋的diaPASEF工作,我们期待着继续与我们合作学术合作者和力量。”

Rohan Thakur博士和力量执行副总裁生命质谱,进一步的评论:“ddaPASEF和很快也diaPASEF工作流,健壮的timsTOF Pro是一个重大进步,超高灵敏度和高通量定量蛋白质组学。其独特的4 d nanoLC-TIMS-MS-MS分析功能提供超高灵敏度和速度由于其独特的时间内在的优点相结合的双重商旅PASEF方法技术和突破。此外,我们最近证明了timsTOF Pro也是一个优秀的系统完整的蛋白质分析生物制药应用程序,使用适当的LC分离,但所有相同的质谱仪,ˮ

Thakur博士继续说:“除了4 d蛋白质组学,我们已经介绍了小说4 d工作流可以彻底改变下一代lipidomics和代谢组学。这两个phenomics方法极大地受益于额外的、大规模CCS和准确的信息对于每一个已知和未知化合物。我们很高兴教授杰里米·尼科尔森将进一步探索和开发新颖的4 d phenomics方法timsTOF Pro在他的新平台,世界级phenomics默多克大学实验室和澳大利亚国立现象学中心。ˮ

力量之前介绍了timsTOF Pro的4 d lipidomics MetaboScape软件在2018年国际。这种组合使molecule-specific和准确的碰撞截面的预测对于大多数类脂质使用机器学习CCSPredict™算法。

额外的创新在2019年EuPA遵循力量仅仅三周后宣布以下新的timsTOF®Pro-based解决方案和能力在2019年美国国际(见单独的新闻稿,3月4日,2019):

- - - - - -高通量临床plasmaproteomics研究:192年耗尽脓毒性休克患者血浆样品用两天,11.5分钟使用Evosep梯度高效液相色谱系统只有100 ng /运行
- - - - - -增强蛋白质组学数据完整性:MaxQuant match-between-runs大规模CCS值显著改善多肽和蛋白质数据完整性
- - - - - -宿主细胞蛋白(HCP)的生物制剂的分析:蛋白质指标增加了大规模、准确CCS Byonic 4 d数据库搜索引擎为生物制药公司