力量宣布进步先进方法和软件工具4 d高通量和超高灵敏度蛋白质组学
timsTOF Pro
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在第15届会议上美国的人类蛋白质组组织力量宣布进一步的进展,高灵敏度,高通量plasma-proteomics使用timsTOF Pro质谱仪连接到一个Evosep节水色谱系统。力量也强调了山峰的进步,蛋白质指标和MaxQuant 4 d使用大规模蛋白质组学软件支持常规采集和信息提取准确的碰撞截面(CCS)值。
timsTOF Pro以其独特的PASEF(并行串行碎片)积累功能允许离子流动信息的采集在高吞吐量和超高灵敏度,导致的大规模计算准确的碰撞截面。使用新颖的4 d算法在山峰工作室软件导致大幅增加量化蛋白质在192 -样本群脓毒性休克患者,获得100样本/天的速度:
纳菲尔德医学系的罗马菲舍尔博士项目负责人——发现蛋白质组学,牛津大学,牛津大学,英国,说:“4 d特征匹配的能力通过蒂姆,提高量化血浆蛋白的数量在一个较低的11.5分钟质/ MS运行样本注入。总的来说,有772血浆蛋白量化100 ng注射使用这些短渐变,66%的识别对应只有10%的蛋白质质量的等离子体。这表明该方法可以达到足够的深度,发现生物标志物低丰度蛋白质。实现这一深度的timsTOF Pro提供了全新的可行性分析大样本群,成千上万的样品在血浆生物标志物发现。”
蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士力量Daltonics,评论道:“一种常见的做法,实现更大的蛋白质组示例pre-fractionation深度。然而,这导致了长时间的测量,通常由多路复用补偿和化学标记。虽然原则上等压标签方法看起来有吸引力,但他们罹患率失真可以倾斜或量化low-abundance蛋白质样品之间的妥协。label-free定量方法结合短LC梯度和高选择性的4 d匹配只有在timsTOF Pro,和提供了一个引人注目的替代,可以应用到成千上万的样品高通量蛋白质组学”。
关键新软件的发展在我们国际2019包括释放峰值在线timsTOF Pro,一个并行服务器软件能够运行在集群或cpu的机器。结合新的去噪算法在timsTOF Pro采集软件,降低了数据文件大小5 x 10倍都不会有信息丢失,可扩展性能峰值在线促进先进的高通量蛋白质组学实验。
蛋白质指标公司(PMI)也添加肽CCS支持Byonic数据库搜索算法,广泛接受的制药和生物制药科学家HCP和其他生物制剂的特征和发现工作流。
总裁兼首席执行官埃里克·卡尔森博士的蛋白质指标Inc .)表示:“我们很高兴包括timsTOF Pro和PASEF数据的分析在我们的软件为我们的客户。二硫键等应用程序分析、glycoanalysis和宿主细胞蛋白,包括离子迁移和CCS数据作为分离的第四维度,将提供更加深入蛋白质样品驱动药物发现和开发。”
timsTOF Pro以其独特的PASEF(并行串行碎片)积累功能允许离子流动信息的采集在高吞吐量和超高灵敏度,导致的大规模计算准确的碰撞截面。使用新颖的4 d算法在山峰工作室软件导致大幅增加量化蛋白质在192 -样本群脓毒性休克患者,获得100样本/天的速度:
纳菲尔德医学系的罗马菲舍尔博士项目负责人——发现蛋白质组学,牛津大学,牛津大学,英国,说:“4 d特征匹配的能力通过蒂姆,提高量化血浆蛋白的数量在一个较低的11.5分钟质/ MS运行样本注入。总的来说,有772血浆蛋白量化100 ng注射使用这些短渐变,66%的识别对应只有10%的蛋白质质量的等离子体。这表明该方法可以达到足够的深度,发现生物标志物低丰度蛋白质。实现这一深度的timsTOF Pro提供了全新的可行性分析大样本群,成千上万的样品在血浆生物标志物发现。”
蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士力量Daltonics,评论道:“一种常见的做法,实现更大的蛋白质组示例pre-fractionation深度。然而,这导致了长时间的测量,通常由多路复用补偿和化学标记。虽然原则上等压标签方法看起来有吸引力,但他们罹患率失真可以倾斜或量化low-abundance蛋白质样品之间的妥协。label-free定量方法结合短LC梯度和高选择性的4 d匹配只有在timsTOF Pro,和提供了一个引人注目的替代,可以应用到成千上万的样品高通量蛋白质组学”。
关键新软件的发展在我们国际2019包括释放峰值在线timsTOF Pro,一个并行服务器软件能够运行在集群或cpu的机器。结合新的去噪算法在timsTOF Pro采集软件,降低了数据文件大小5 x 10倍都不会有信息丢失,可扩展性能峰值在线促进先进的高通量蛋白质组学实验。
蛋白质指标公司(PMI)也添加肽CCS支持Byonic数据库搜索算法,广泛接受的制药和生物制药科学家HCP和其他生物制剂的特征和发现工作流。
总裁兼首席执行官埃里克·卡尔森博士的蛋白质指标Inc .)表示:“我们很高兴包括timsTOF Pro和PASEF数据的分析在我们的软件为我们的客户。二硫键等应用程序分析、glycoanalysis和宿主细胞蛋白,包括离子迁移和CCS数据作为分离的第四维度,将提供更加深入蛋白质样品驱动药物发现和开发。”
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