平动基因组学研究院(TGen),隶属于城市的希望,和先进的生物实验室(ABL)最近宣布的计划推出一个先进测试结核病(TB),DeepChek®一样。
由细菌引起的结核分枝杆菌,结核病是全世界十大死亡原因之一,占2017年160万人死亡,其中95%是在发展中国家。抗结核药物可用,但是他们的成功依赖于准确、及时发现疾病,严格遵守药物的时间表。不适当使用抗结核药物是导致耐药菌株的发展,这一问题需要解决如果可持续发展的目标旨在于2030年终止结核病流行是实现。工具,使更快和更准确的检测耐药性将关键在确保患者在正确的时间与正确的药物治疗。
了解更多的发展DeepChek®一样测试和工作原理检测抗结核病药物,我们采访了大卫·Engelthaler博士、副教授、副主任、病原体和微生物,TGen。
安娜·麦克唐纳(上午):什么激发了先进的开发结核病测试?有什么特别的激励因素,得到了项目开始?
大卫Engelthaler (DE):我们已经开发的先进技术,了解病原体的进化的环境以及他们如何健康和疾病之间的变化。通过与加州大学圣地亚哥分校的合作者讨论我们意识到有问题能够准确、快速检测抗生素耐药性肺结核,因为:
——结核细菌在实验室里生长很长,所以当前的测试可能需要几周,
——结核细菌生活肺部“混合人口”,也就是说,有多个独立的人群的结核病在肺和其他一些之前会产生耐药性,导致混乱和其他现有的测试。
问:你能给我们概述测试是如何工作的?
德:我们的方法是使用非常多路复用目标排序看所有已知的标记所有重要抗结核药物的耐药性在同一时间。该方法本质上是一个结合:
- PCR,一个基本的分子工具来放大目标DNA的小块地区
——DNA测序,我们放大目标扫描序列的存在重要的突变。
我们设计引物,短的DNA片段'我们感兴趣的区域的放大过程,数十名知道基因区域参与结核病耐药性。PCR和DNA测序必须策划一起工作我们可以同时放大了所有目标,建立在“条形码”,本质上是一个短的指数序列,连接到每一块放大DNA。我们这样做我们可以告诉他们分开在测序过程中。放大DNA材料可以放到一个DNA测序仪,和批处理的样本。
然后自动生成的序列数据分析与一个定制的软件包提供clinician-friendly的药敏报告病人的感染最好,这样他们就可以开出正确的药物。
问:做什么DeepChek®一样测试从其他结核病测试脱颖而出?
德:的DeepChek®一样试验是仅有的两个测试将商用,这种有针对性的测序的方法确定耐药性。测试开发TGen背后的技术和已发表在至少10个单独的研究中,与多个合作者在美国和全球。
问:最大的挑战是开发测试?
德:最大的挑战一直在翻译这种先进技术向具有成本效益的,易于使用的工具,可以使用在不同的实验室围绕世界运转。我们的目标是缩小所需的步骤的数量,尽可能地自动化和工作市场上各种测序平台。我们与先进的生物实验室合作(ABL)这最后一步是可能的。
问:有没有计划开发类似的测试其他传染病吗?
德:我们已经有了至少十几个不同版本的这项技术解决其他重要病原体和疾病。
我们有一个相似的测试目标抗生素耐药性的重要医疗获得感染,如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,克雷伯氏菌,CRE等等。我们有版本用于biothreat检测;空气和水的环境测试版本;和多个版本的重要媒介传播疾病病原体;例如,蚊子的病毒,如西尼罗河病毒和蜱虫莱姆细菌等病原体。
这些都是目前仅供研究使用,尽管我们希望找到额外的生物技术合作伙伴来帮助这些化验准备在未来临床使用。
大卫Engelthaler安娜·麦克唐纳说,科学技术网络作家。188金宝搏备用
