数据库提供了来自COVID-19患者的2亿个免疫序列

在世界各地，许多实验室正在进行与SARS-CoV-2病毒有关的研究，无论是为了了解COVID-19的病理生理学，还是为了开发针对该疾病的强有力的诊断方法和有效的治疗方法。因此，大流行凸显了科学界内部数据共享的极端重要性。

iReceptor Plus联盟该项目由欧盟和加拿大资助，已从COVID-19患者身上收集了2亿个T细胞和B细胞受体序列，这是同类项目中规模最大的。测序数据是开源的，可以通过iReceptor网关．

在一次独家采访中，188金宝搏备用iReceptor Plus的科学经理Felix Breden接受了采访，以了解更多关于Gateway的信息，以及测序数据可能用于帮助疫苗设计的各种方式，以及我们对COVID-19患者临床变变性的理解。

莫莉·坎贝尔(MC):你能告诉我们创建iReceptor Plus联盟的基本原理吗?这个联盟的目标是什么?谁参与其中?

菲利克斯·布雷登(FB):iReceptor Plus联盟是为了响应加拿大/欧盟的一项合作拨款计划而成立的，该计划旨在增加健康和基因组学方面的数据共享。其目的是继续开发科学门户- iReceptor网关，该门户于2013年在加拿大西蒙弗雷泽大学开发。

欧盟和加拿大政府已经向国际受体+联盟授予了840万欧元的奖金。为这个为期四年的项目提供的资金包括欧盟通过地平线2020研究和创新计划提供的785万欧元，以及加拿大政府提供的额外80万加元。

其目的是促进共享由适应性免疫系统产生的大量抗体/B细胞和T细胞受体库，这些受体库对现代免疫治疗的所有方面都至关重要:疫苗开发、自身免疫性疾病治疗和新型癌症免疫治疗。

适应性免疫系统必须非常多样化，才能检测出一个人一生中会遇到的所有病原体，包括SARS-CoV-2等新型病原体。这些庞大的数据集需要新颖的分析工具和数据库来管理、分析和共享这些数据。

该联盟包括来自9个国家的19个参与机构，包括学术界、生物制药、诊所和医院。

MC:你能谈谈这2亿个T和B细胞受体序列是如何获得的吗?收集这些数据有什么困难吗?

弗拉维奥-布里亚托利:目前，该网关整理了来自COVID-19研究的近2亿个T和B细胞受体序列。这些研究中最令人兴奋的发展之一是，研究人员正在与联盟联系，通过网关共享他们的数据;社区真的做出了回应，甚至在他们的论文被接受之前，他们都愿意分享他们的数据。这表明，为了数据公地的共同利益，越来越多的人致力于共享数据。

劳拉·兰斯顿(以下记者):关于SARS-CoV-2和免疫反应，序列数据能告诉我们什么?

弗拉维奥-布里亚托利:例如，数据可以显示COVID-19患者体内哪些抗体/B细胞克隆大幅扩增;扩增后的克隆可能是那些最善于与SARS-CoV-2病毒结合的克隆。来自这些扩展克隆的序列可以作为疫苗的可能候选，其中免疫遗传序列被改造成“死”病毒，希望原始序列将在naïve人体内诱导抗体。

此外，产生抗体和T细胞受体的基因在个体内部和群体之间高度可变。了解哪些基因被表达来编码可以中和(击败)病毒的抗体，可以确定是否需要特定人群的疫苗，并再次从研究人员正在观察的许多病毒反应中确定哪些是良好的疫苗靶点。

MC:如何利用这些数据开发抗covid -19诊断方法、治疗方法和疫苗?

弗拉维奥-布里亚托利:重要的是要了解iReceptor科学门户的最大功能是允许研究之间的比较。一项研究可能表明，在严重的COVID-19病例中，一半的患者有某种类型的克隆扩增，但这可能只是100人的样本。通过允许在许多实验室和机构之间进行比较，有可能看到仅在一项研究中看到的模式与在多个研究人员的多项研究中观察到的模式在统计上有多有效。这就是为什么我们如此努力地通过门户从COVID-19患者中获得尽可能多的研究。

今天李华学到了两个常用语。一个是consortium，意思是“联盟”。

弗拉维奥-布里亚托利:该网关是开源的，数据是公开可访问的。研究人员可以联系support@ireceptor.org获取账户以搜索和下载数据，或与iReceptor团队讨论如何通过网关提供COVID-19患者数据。

今天李华学到了两个新冠病毒的数据集，一个是iReceptor Gateway，另一个是其他疾病的数据集。

弗拉维奥-布里亚托利:该联盟的目标是整合涉及适应性免疫系统的所有类型疾病的研究:传染病(艾滋病毒、COVID-19、流感)、自身免疫性疾病(多发性硬化症、狼疮)和癌症(黑色素瘤、卵巢等)。了解对这些不同疾病的反应之间的异同可以导致新的诊断和治疗方法。

Felix Breden采访了Molly Campbell和Laura Elizabeth Lansdowne，他们是技术网络的科学作家。188金宝搏备用