欧洲蛋白质组学基础设施联盟-提供访问

提供Access的欧洲蛋白质组学基础设施联盟(EPIC-XS)于2019年1月开始。它汇集了世界领先的、高度创新的欧洲蛋白质组学设施，共同的目标是支持欧洲优秀的生命科学研究。这是通过提供尖端的蛋白质组学设施来实现的，包括从现场专家那里获得专家设计和数据分析方面的支持。该计划还旨在开发和实施新的基于质谱(MS)的蛋白质组学和生物信息学方法，以塑造欧洲未来的生命科学研究。它是欧盟地平线2020工作计划的一部分，由项目协调员、乌得勒支大学生物分子MS和蛋白质组学教授Albert Heck教授协调。

EPIC-XS的跨国访问包括大约2400天的最先进的蛋白质组学设施，由国际独立审查小组评估，确保卓越，并为用户提供最佳的设施，以解决他们具有挑战性的研究问题。

Miriam Abele和Franziska Hackbarth正在维护位于德国慕尼黑工业大学巴伐利亚生物分子质谱中心的质谱仪的液相色谱系统。来源:EPIC-XS。

女士的概述

在这个为期四年的项目中，近三分之二的时间里，对前沿蛋白质组学技术的科学需求已经导致了250多项应用。用户应用程序的地理分布主要来自中欧，但也有与欧盟相关的国家，如瑞士、挪威和土耳其，以及欧盟13个国家中的6个国家:克罗地亚、波兰、斯洛伐克、斯洛文尼亚、塞浦路斯和捷克共和国。值得注意的是，加拿大和美国也要求访问，这表明EPIC-XS已经获得了全球认可。

如此重要的访问请求可能是由于生命科学研究人员目前面临的许多挑战。蛋白质组学在许多临床实验室和研究机构的广泛使用可能受到质谱仪器高昂成本的阻碍，包括维护这些复杂机器的成本、计算能力和昂贵的消耗品。获得、培训和留住高素质人才的需求意味着MS设备的长期可持续性可能具有挑战性。

用户在EPIC-XS接入点进行的实验已经提供了以下方面的见解:

• 蛋白质-蛋白质相互作用研究
• 蛋白质功能
• 蛋白质的修改
• 蛋白质定位研究

提供横跨整个生命科学领域的信息，包括潜在疾病生物标记物的发展，这些生物标记物最终可用于疾病检测、治疗，并在某些情况下用于预防，用于开发安全的、有助于我们健康的食品，以及用于开发新型设计作物的研究。在这里，我们来看看EPIC-XS联盟的一些用户的工作。

来自公共和私人研究机构的用户

来自细胞分子生物学系的Malgorzata Heidorn-Czarna博士， 弗罗茨瓦夫大学 他正在调查全球快速变暖对植物生长的影响。Malgorzata的工作获得了来自蛋白质组学科学家的专业知识 弗拉姆斯生物技术研究所-根特大学 、比利时。这些科学家是n端cofric程序的专家，适合于识别蛋白酶底物，帮助Malgorzata了解OMA1和i-AAA的作用( FTSH4 线粒体膜蛋白酶在植物热胁迫中的作用。 正在进行的cofric分析将揭示两种蛋白酶的特定裂解位点，这是一种在波兰无法进行的筛选。

＂B Y有跨国途径 EPIC-XS联盟的专业知识和项目的资金，这些实验在很短的时间内就成为可能，”- Malgorzata。

埃斯特班·古佐夫博士，是 信号转导与代谢实验室“，，大学自由, 布鲁塞尔,受益于跨国准入的优势在哪里见鬼的实验室．Gurzov的小组专注于研究磷酸酶在新陈代谢中的作用以及肥胖相关并发症(如癌症)的影响。他的愿景是研究代谢紊乱，寻找治疗这些疾病的新靶点。实验室利用小鼠模型和人体组织，采用多种技术研究细胞代谢功能障碍，包括代谢疾病动物模型、基因表达、RNAseq、siRNA、qPCR和Western blot分析，识别相关基因和信号通路。

“在过去的几个月里，我的研究从EPIC-XS计划中受益匪浅。对已表达的和活动的进行综合筛选成为可能 输血后紫癜( 中, ） 来自极其有限的人类肝脏组织活检，”- Gurzov。

古尔佐夫的一些研究成果已经申请了专利。

协同:访问站点和研究人员

的用户与EPIC-XS访问站点研究科学家之间的合作有 证明是无价的荷兰国际集团(ing)ydF4y2Ba回答荷兰国际集团(ing)当前的生命科学研究问题，并为未来的研究开辟了几个令人兴奋的可能性。访问站点在巴伐利亚生物分子医学中心( BayBioMS )，慕尼黑工业大学(TUM)拥有帮助了许多研究人员，包括斯文·范·贝尔博士，比利时鲁汶大学 和希尔维斯特·霍尔特医生从 Université côte蓝色 ， 法国．现已经范的研究的重点是神经肽的功能及其相应的行为效应。 由于神经肽功能的广泛进化守恒，这些经常在无脊椎动物模型系统中进行研究，在这种情况下，线虫秀丽隐杆线虫．神经肽的一个典型特征是它们在活的有机体内处理，导致短( ～ 10种氨基酸)的序列含有相对较少的基本氨基酸，使得成功的LC-MS/MS检测具有挑战性。到目前为止，大部分现已经范的肽组学研究基于数据依赖采集(DDA)质谱和w虽然DDA非常适合用于发现目的，但其整体可重复性较低不合适的用于精确的微分研究。的TUM接入点因为他们的专业知识，这是一个简单的选择吗采用不同的靶向蛋白质组学策略，如平行反应监测(PRM)和数据独立采集(DIA)。

“EPIC-XS让我有机会直接与靶向多发性硬化症领域的专家进行互动，他们的经验和投入对我目前的研究非常有帮助，这将是我在未来的职业生涯中所要做的。”-现已经范．

霍尔特博士调查的酵母模型系统中人类癌症突变引起的扰动的分子效应 ．2018年该集团共同发表了1011个酵母基因组资源 自然 ，需要从广泛的自然和家庭生态位分离的酵母菌株。这S既定酵母资源将被使用研究耐药机制，特别是对mTOR抑制剂的耐药机制，并比较不同酵母分离株之间的耐药机制。

” 如果没有EPIC-XS，这个项目永远不会达到目前的水平 科学卓越水平 ． 获得EPIC-XS资助对我来说是一次非常积极的经历，也是我科学事业的前进动力。”- 霍尔特。

EPIC-XS不限制其访问生命科学中的特定类型，并帮助了更广泛和完整的研究项目。这包括动物和兽医科学研究的重大进展，直到过去十年，这一领域还没有常规使用蛋白质组学技术。 André阿尔梅达博士， 里斯本大学 美国、葡萄牙完全支持这一倡议。

“EPIC-XS对于动物和兽医科学等领域尤其重要，尽管在过去十年中蛋白质组学的使用有所增加，但这些领域的蛋白质组学使用相当罕见。这允许更广泛和更完整的研究项目，有效地补充传统方法，”- de Almeida)。

工业用户 虽然大多数用户来自学术界和其他研究机构，但工业用户也受益于蛋白质组学的跨国访问和直接交流。 的联合创始人兼全球运营主管Kristina Masson博士 Acrivon 疗法解释道:

“我们的项目涉及不同肿瘤模型中药物的蛋白质组学分析。作为一家资源非常有限的小型生物技术初创公司，来自这样一个平台的支持是非常有价值的，成为这个联盟的一员是一次非常好的经历 马森。

与大多数EPIC-XS用户相比， 首席执行官和创始人 Spectroswiss Yury Tsybin博士的 主要兴趣是自上而下和中下的蛋白质形态分析。这项研究需要特定的专业知识和MS能力。他选择了法国巴斯德研究所生物实验室的硕士学位 Julia Chamot-Rooke博士 很明显。

“所提供的财政支助有助于实现这些项目。我们预计，获得的结果将对我们(和其他人)在不久的将来对单克隆抗体和其他复杂蛋白质进行结构分析的方式产生直接影响 尤里·。

未来的影响

EPIC-XS可以通过其灵活性为所有欧洲科学家提供访问机会，从新手到生命科学中所有科学领域的经验丰富的研究人员，从而获得其成就。

该框架的独特性得到了联盟成员和用户的强烈支持，例如它提供了自上而下的蛋白质组学。在参加17届^thYury Tsybin和Julia Chamot-Rooke(巴斯德研究所，访问站点经理)对pic - xs的热情迫使美国研究人员考虑在类似的美国框架中实施pic - xs模型。

目前，超过70份同行评议的出版物可供使用，还有更多正在准备中。其中大部分来自四项联合研究活动(JRA)在联盟的研究小组中。这并不奇怪，因为EPIC-XS只存在了两年，用户可能需要几个月的时间来编译数据和准备手稿。

用户出版物的完整列表以及提案提交的详细信息可在EPIC-XS网站．

作者简介

Martina O'Flaherty自2019年1月开始这项蛋白质组学计划以来，一直担任EPIC-XS项目经理。玛蒂娜拥有生物化学和硕士学位的背景，她在乌得勒支大学工作，在那里她还管理着乌得勒支分子免疫学中心阿尔伯特·赫克的研究项目。