打击埃博拉病毒的传播
为了遏制埃博拉病毒的进一步传播在塞拉利昂的一组科学家发布了他们的第一个数据集病毒的遗传结构在线。此举将提高研究人员的实时监测病原体的进化能力,使更有效的发展战略进一步爆发。更多地了解情况在塞拉利昂,测序在极端条件下的挑战和开源分享我们与教授格拉汉姆·古德费勒说,剑桥大学的病毒学负责人。
阿瑟:你是一个团队的一部分,最近映射埃博拉病毒的基因组数据。如何利用这个详细信息您发表了研究人员更好地理解这种疾病吗?
伊恩·格拉汉姆·古德费勒(IG):实时测序数据的可用性可以从许多角度提供非常有用的见解。它给你一个想法的病毒是如何进化和序列是如何改变意味着可以确保当前病毒的序列仍然可以检测到的诊断测试目前正在使用。测试是基于检测病毒RNA基因组,如果该地区被发现变化分析就变得不那么敏感。这将导致真正的问题,但值得庆幸的是这似乎没有发生。我们还可以看到新病毒是从哪里来的,他们是多么密切相关的先前的序列。与埃博拉病毒在许多情况下,病人不知道从哪里得到它或太害怕给细节因为害怕报复。测序绕过这一切,可以非常清楚地告诉你最密切相关的病毒来自哪里。我们的数据清楚地表明,有大量的跨境流动的感染,甚至现在流行到目前为止。控制这些跨境活动将结束流行的关键。
阿瑟:你能告诉我关于当前形势在塞拉利昂和到目前为止的工作有影响吗?
阿瑟:你的时间在塞拉利昂强调需要开源共享基因组数据?
搞笑:当然。我不是一个埃博拉病毒专家,我真的也没有在现场做这种类型的工作。然而,虽然建立一个诊断实验室与公共卫生英格兰我承认有一个真正需要这种类型的能力这是在地面上,但真正的力量只有通过开放和协作。我们已经与一些志同道合的个人和我们开始获得真正深入理解传输链目前操作在两个受影响的国家。
阿瑟:这个项目是独一无二的,样本处理在疾病灾区。为什么离子的离子AmpliSeq埃博拉面板的PGM和离子厨师基因测序系统选择吗?
搞笑:这是我们的一个最好的决定。我们需要一个工作流,可以在极端条件下操作。运行一个定序器在常规实验室这几天是非常简单的,但是运行一分之一的帐篷,接近100%湿度和温度达到38摄氏度是一个完全不同的“混乱”。
我们还必须考虑到完整的新手在这个;阿曼德阿里亚斯博士,我的同事曾帮助建立工厂,和我从未音序器,直到今年3月操作,所以它必须是一个解决方案,为我们工作。没有一个公司我们可以发送一个安装工程师建立的设备,所以我们也必须这样做自信的自己以及任何能够修复它。有几个不同的选项,我们讨论了其中一些折扣,因为他们太复杂我们有信心能够安装和维护它。考虑到所有的这些东西,对我们来说确实是只有一个选择,这是Ampliseq-Ion Chef-PGM工作流。很快,实际上非常敏感的意思我们可以用相对较低的病毒载量序列样本。厨师是一项宏伟的工具包。它可以运行测序设备与一个,无可否认非常努力,个人。我们获得的数据的质量也大,适合从头组装新病毒基因组,最健壮的方法之一,这种类型的工作。
阿瑟:有明显好处开源共享的数据,你看到这种做法变得越来越普遍吗?
搞笑:我真的希望如此。有许多人,包括自己,然而有这种观点的本质的科学生涯,成为第一个发布一些可以对个人的职业生涯产生巨大影响。竞争的科学已经在大多数情况下受益的研究中,然而在爆发的场景中有更重要的因素需要考虑。目前缺少的是一个真正的框架中,个人可以没有“恐惧”,他们的数据会被别人使用,之前发表在科学杂志上他们能够报告一个完整的故事。
教授格拉汉姆·古德费勒说阿什利董事会,管理编辑技术网络188金宝搏备用
