桌面遗传学:生命科学研究中的软件创新

桌面遗传学有限公司是一家英国生物信息学公司，旨在彻底改变基因研究人员的工作方式，最近宣布它已经从一个由风投和天使投资者组成的财团获得了137万英镑的投资。这笔资金将主要用于支持最近推出的DESK的商业化创平台，一个软件系统，使科学家能够组织、优化和自动化他们的研究。

了解有关本轮融资和DESK的更多信息创在这个平台上，我们采访了Desktop Genetics Ltd.首席运营官兼创始人维克多·迪拉德。

VD:让我们走到一起的是一个实现“真正的桌面遗传学”的想法——允许生物学家从头到尾完全在他们的计算机上进行尖端的生命科学实验。

正如该领域的每个人都知道的那样，在实验室内外保持高生产力是具有挑战性的。无论你是在纸上计划实验，使用现有的软件工具，还是只是在进行移液，都有大量重复的任务占用了科学家的时间。我们是一个由计算机科学家和分子生物学家组成的团队，开发生物技术、软件和实验室自动化的交叉技术，帮助我们的用户比以往任何时候都更有效率。

迄今为止，我们的重点一直是构建最好的CRISPR基因组编辑平台。我们不仅通过自动化明显和费力的任务来简化这种新一代技术，而且还通过从商业合作伙伴和已发表的文献中借鉴最佳实践来帮助实验决策。实际上，我们的目标是建立一个系统，作为一个专家小组，指导你完成基因编辑过程的每一步。最后，我们将这个强大的软件包装在一个直观的用户界面中，为科学家工作，而不是反对他们(就像其他CRISPR软件工具一样)。为了做到这一点，该公司的一个主要关注点是深入合作伙伴的实验室，了解他们的问题，并以令人愉快的方式解决问题。

这种方法帮助我们认识到提高生产力不仅仅是好的gRNA设计软件。“文字桌面遗传学”也是关于接下来会发生什么，IE所有与获取基因组工程实验数据相关的过程-这就是为什么我们与几家领先的供应商、第三方供应商和cro合作，为按需细胞系工程提供研究工具和定制CRISPR库。

我们现在已经试点了一个完整的工作流程，我们的客户可以计划他们的实验，购买试剂，将实验外包给商业供应商，并在没有自己的专业实验室的情况下获得结果。我们真的很幸运，已经与一些伟大的公司合作，如Editas Medicine, Horizon Discovery和enEvolv，我们正在不断发展我们的平台，以满足社区的需求。

至于其他合伙人呢?我们将很快发布更多令人兴奋的消息。

记者:你们最近获得了DESKGEN基因组编辑软件平台商业化的资金，这笔新资金将带来什么?

VD:这一轮最新的投资(Desktop Genetics最近宣布已融资137万英镑)将使我们能够继续在平台上进行技术开发，并确保来自各个领域的科学家能够在他们的物种或选择的细胞系中专业地设计和执行CRISPR基因组编辑实验。我们还投资于扩大现有的销售和营销基础设施，并为从事功能基因组学、靶标识别和验证的科学家扩大定制库设计服务。总的来说，这是关于将公司和DESKGEN基因组编辑软件平台提升到一个新的水平。

当然，我们正在寻找优秀的人来帮助我们做到这一点，并邀请有才华的人通过getin@deskgen.com与我们联系

这个系统是如何建立在你们的其他专有技术上的，AutoClone和gUIDEbook?

VD:DESKGEN平台结合了我们其他软件工具的所有专有技术和算法。AutoClone技术在底层提供了强大的功能，使用户能够受益于新的CRISPR载体和其他DNA分子组装的优化和自动化克隆解决方案。它还可以作为一个强大的搜索引擎，使科学家能够合作、共享和重用现有文库中的DNA和菌株。

gUIDEbook只是地平线探索网站提供的联合软件产品的名称。它允许用户快速获取靶向人类和小鼠基因的gRNA序列，模拟Horizon内部用于细胞系工程项目的设计技术。

JR:研究人员在进行CRISPR基因编辑时面临的一些主要挑战是什么?DESKGEN如何帮助他们克服这个问题?

VD:有相当多!

首先，CRISPR领域的发展速度意味着，一名研究人员平均每天需要阅读3.5篇论文，才能跟上不断发展的步伐。对于大多数人来说，CRISPR只是一种分子生物学技术，这是不可行的。通过不断更新CRISPR设计规则和算法，我们正在为客户解决这个问题，以确保它们始终处于最先进的水平。本质上，DESKGEN通过策划、过滤和翻译所有这些幕后的最佳实践，为您做文献综述，只向您展示与您的实验相关的内容。

我们经常看到的第二个挑战是，在许多不同的学术CRISPR工具、数据库和基因组浏览器中，重要特征的碎片化。在很大程度上，学术CRISPR工具的维护很差，它们使用的算法和底层数据集几乎没有透明度。研究人员还必须从一个工具跳到另一个工具，这导致了一个非常不愉快的设计过程，大量的时间损失，以及再现性的复杂性。

DESKGEN结合了每个CRISPR工具和基因组数据库的最重要功能，并作为研究人员需求的一站式服务。

然而，如果该平台无法满足研究人员的特定需求，他们只需给我们打个电话，我们内部的基因组编辑专家就会为他们提供一些独特的东西——无论是关于该做什么的普通建议，还是定制的CRISPR库。

最后我要补充的一点是，我们的平台对学者是免费的!

维克多·迪拉德接受了科技网络编辑杰克·拉德的采访。188金宝搏备用