本机女士和充电算法如何提高蛋白质分析
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本机质谱(MS)可用于研究蛋白质在自然,折叠形式。在这个博客,马歇尔伯尔尼博士研究的副总裁和创始人之一蛋白质指标,探讨该技术的进步正在搭配尖端电荷反褶积算法来提高分析抗体和血浆糖蛋白。
Ruairi Mackenzie (RM):你能从女士在一个完整的蛋白质?
马歇尔伯尔尼(MB):完整的蛋白质分析是至关重要的确认身份,纯洁,主序列,糖基化,和药物加载。大多数所谓的纯蛋白质实际上是各种proteoforms的混合物。如果这样的混合物被消化成多肽,是不可能恢复的相对数量每个proteoforms。最重要的是是一种混合的方法,结合广泛的和定量的完整网站女士高灵敏度和特异性的自下而上的蛋白质组学。
RM:本地和变性条件的优点和缺点吗?
m:蛋白质在本国折叠形式持有更少的费用,允许更多的分子进入圈闭类型仪器女士和更大的动态范围。峰值出现在高m / z与更大的电荷分离,这是极其重要的糖蛋白等严重改性蛋白质和抗体药物配合。例如,反褶积高度糖基化的重组体人EPO(促红细胞生成素)所示,是不可能如果州重叠任何超过他们做了。
本机女士也保留了共价结合,绑定顺序可以打乱了MS仪器内部,所以本机女士使蛋白复合物和protein-ligand绑定的详细研究,简而言之,一个全新的世界的“气相结构生物学”。
另一方面,并不是所有的仪器能够土著女士,女士溶剂和加合物可以模糊的山峰;英尺分失去精度和分辨率更高m / z;和本地女士需要更多的原材料比完整的女士变性蛋白质。
RM:算法有什么作用在确保准确和高效的女士分析?
m:先进的算法和软件节省大量的时间,防止不可避免的人为错误。根据光谱的复杂性,不同电荷反褶积可以从常规质量检查,可以运行24/7的女士一样快的数据可以被收购,尖端的生物研究人类专家测试假设重复反褶积和艰苦的考试的小山峰和质量增量。
RM:创新标志蛋白指标的新指控反褶积算法?是什么让它“吝啬的”?
m:蛋白质指标负责反褶积算法是从零开始,没有任何偏爱女士仪器类型,没有任何假设分子类型或质量,和没有任何以前的反褶积方法的重用。自然,我们重新发现的大部分被认为已经结束了,但我们也想出了很多新点子。这些观点中最重要的是使用“吝啬”,这意味着deconvolved频谱中的每个峰值必须独立于其他一些独特的证据质量的山峰。这个想法在很大程度上防止算法构件(如虚假质量一半或三分之一的真实质量。这些工件是特别有害的完全自动化的工作流和本地抗体分析,检测截断和扩展,错配,不完全抗体和聚合是至关重要的。
RM:发展这些算法的广泛的影响是什么?他们会使分析之前,是不可能的吗?
m:新的充电反褶积算法应该节省时间和代价高昂的错误在生物制药产品的常规分析。他们也应该启用应用程序更加困难,甚至被认为早在1990年代之前的算法开发。这些新的应用程序包括分析双特异性、抗体药物配合,protein-ligand绑定,高度糖基化的蛋白质,和大型复合体一百万道尔顿或更多。
马歇尔伯尔尼博士是研究的副总裁兼联合创始人蛋白质指标,创建独立于供应商的蛋白质鉴定软件匹配的快速创新领先五金工具由科学仪器公司。马歇尔收到耶鲁大学数学学士学位,硕士在应用数学和统计从德克萨斯大学奥斯汀分校,和加利福尼亚大学的计算机科学博士学位。
马歇尔是Ruairi J Mackenzie,科普作家技术网络188金宝搏备用
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