更敏感COVID-19数字PCR测试使用滴

快速识别个体感染SARS-CoV-2助手的实现措施,试图控制COVID-19流行病的传播,如检疫和接触者追踪。然而,测试结果并不总是正确的:有时测试为阴性的患者还被感染。

我们最近采访了专家Bio-Rad更多地了解的原因,和意义,假阴性检测结果,以及如何使用一个更加敏感的测试可以帮助减少这个问题。

问:什么会导致有人测试为阴性COVID-19尽管被感染了病毒?

答:大多数测试COVID-19使用鼻咽拭子;这些本质上是复杂的样本矩阵与一个低数量的病毒出现在早期感染。液滴数字PCR (ddPCR)擅长定量核酸从复杂背景。因为ddPCR使用端点PCR测量,它远比qPCR抗抑制剂。ddPCR也不需要一个标准曲线,而是提供了一个绝对计数的DNA或RNA分子。标准曲线是实验室试图量化误差的主要来源核酸样本,这意味着qPCR结果可以从每天不同,运营商运营商实验室lab. ddPCR让医生更有信心在他们的发现,特别是减少假阴性结果。

问:什么是假阴性的意义在大流行情况下如COVID-19 ?

答:当前的假阴性结果估计qPCR估计有20 - 30%。传染性流行病环境中率是非常高的,这大部分的错误消极的人可以在不知不觉中感染一个庞大的人口,因为他们认为他们是安全的,可能不是同一个已知阳性患者的预防措施。

问:你能给我们概述ddPCR吗?

答:与一个典型的PCR反应,ddPCR反应放大目标序列的兴趣;然而,在ddPCR,纯化DNA或RNA样品第一次细分为20000年统一1µl滴,理想情况下与一个核酸链每滴,序列扩增开始之前。ddPCR是一个二进制的反应:一旦运行,液滴包含感兴趣的目标序列发出荧光信号序列是放大,而其余滴排放只有背景荧光。结论,或端点的反应,通过滴液滴流一个接一个读者,计数荧光水滴的数量和计算目标核酸浓度在原始样本。

因为ddPCR结果提供的绝对量化目标的DNA或RNA序列,这种技术不需要参考曲线。此外,由于ddPCR使用端点测量,ddPCR PCR抑制剂敏感远低于qPCR等其他方法。

问:Bio-Rad ddPCR-based测试被认为是数百倍比传统qPCR敏感测试。这大的改进是如何实现的呢?

答:高灵敏度的先天本质是通过在试管中滴:检测非常低水平的结合缺乏抑制病毒样本类型给ddPCR更敏感的概要文件。

问:如何ddPCR测试比较的成本、方便使用,时间得到结果吗?

答:完整的成本/测试和运行时的ddPCR略高于qPCR但ddPCR科学家更容易理解和使用。

问:*最近在中国进行的两项研究评估使用ddPCR COVID-19测试。你能给我们的研究概况及其影响?

答:的目标第一个研究武汉,中国是评估的能力ddPCR-based测试来检测COVID-19人疑似感染。要做到这一点,研究人员基于自身ddPCR技术测试的性能相比,他们在Bio-Rad QX200系统运行,三个独立的商业RT-qPCR包。总的来说,他们测试了103个人怀疑SARS-CoV-2症状,(导致COVID-19的新型冠状病毒),75名密切接触者,16个病人恢复。这项研究的结果表明,基于ddPCR技术测试约93%准确的探测SARS-CoV-2并且可以检测到只有两个副本的病毒DNA反应。

已经COVID-19-like症状,此外,在个人基于ddPCR技术测试提高了检测精度从28%降至87%。ddPCR测试也减少假阳性的发生率之间的密切接触者从21%下降到1%。最后,基于ddPCR技术试验表明,老年人康复病毒往往呈现高病毒载量的时间更长,这表明这些病人需要保持在观察和隔离,以防止进一步传播的病毒在普通人群中。

在第二项研究武汉大学,研究人员检查是否ddPCR技术可以检测SARS-CoV-2喉部拭57测试呈阴性反应的患者中使用rt - pcr和COVID-19之后出现症状。咽喉拭子样本是一种常见的类型,但它们包含低病毒载量,导致高而臭名昭著的假阴性率测试结果,它会干扰适当检疫实践和延误治疗。然而,在这项研究中,研究人员发现,基于ddPCR技术测试大约是94%准确检测病毒,它比rt - pcr敏感500倍。

这项研究包括14名康复的患者,收到两个负面RT-qPCR结果。然而,测试他们的样品与ddPCR技术显示9个病人实际上仍然检测出托管SARS-CoV-2病毒和应该保持隔离。

*本文基于有待同行评审的研究成果。因此被视为初步结果,应该解释为这样的。了解同行评审过程的作用研究在这里。为进一步的信息,请联系引用源。