Omix导航器
在生物科学领域，每年都有数千个新的生物数据集和资源发布。整合这些不同的数据类型，如疾病、基因组、蛋白质组或转录组数据集是非常耗时和消耗资源的。组学专用工具可以有效地专注于一种数据类型，但不能帮助用户在必要的多尺度水平上工作，并结合不同的组学数据集。
基因组分析中心(TGAC)在最近的资金支持下开发的新软件旨在解决数据整合的问题。为了了解更多关于诺维奇研究园区转化基金和Omix Navigator项目提供的资金，我们采访了项目负责人，Tamás Korcsmáros。
JR: TGAC的一些项目最近获得了诺维奇研究园区转化基金的资助。你能告诉我们你的具体项目吗?为什么这笔资金如此重要?
TK:在2010年到2013年间，Navigator的开发得到了来自匈牙利创新基金和欧盟区域发展基金的11万英镑资助。该项目由匈牙利BioNav有限公司实施，由现任TGAC计算生物学研究员Tamas Korcsmaros领导。开发的软件满足市场需求，因为它提供:1)高度用户友好，可定制的界面，与其他工具高度兼容，2)处理复杂和各种生物医学数据集的简单方法;3)指出新药物靶点和支持网络药理学需求的工具;4)一种将生物医学数据集和网络方法集成到当前化学信息学和药物信息学管道的方法。
TGAC和BioNav最近签署了一项协议，将OmiX Navigator独家授权给TGAC。这允许进一步改进OmiX Navigator。在过去的几年里，TGAC开发了一些特定的填补空白的算法和方法，这些算法和方法本身的商业潜力有限。它们是在GPL3许可下发布的，规定所有代码都应该与用户共享，而且它们太具体了。将Navigator的通用可视化、数据集成和工作流管理框架与TGAC开发的软件相结合，以满足研究机构和中小企业的需求，这将是无法单独实现的完美匹配。来自诺维奇研究园区转化基金的资金为该项目的开展提供了适当的资金。
JR:你们正在开发的定制Omix Navigator将如何减少整合、转换和清理数据所需的时间?
TK:每年都有数千个新的生物数据集和资源发布。这些系统结果的评估是困难的，因为许多数据集以不同的格式存储。现在，大约70%的数据驱动项目都涉及到简单的数据管理——集成、转换和清理——在任何实际分析开始之前。整合不同的数据类型(例如，疾病、基因组、蛋白质组或转录组数据集)是一个非常耗时和消耗资源的过程，这使得收集到的数据的用处大大降低。组学专用工具可以有效地专注于一种数据类型，但不能帮助用户在必要的多尺度水平上工作，并结合不同的组学数据集。
Navigator框架的特点是它是一个“一体化”解决方案。它包含:
•整合分子、细胞和医学数据库
•高度互动的数据可视化模式(在可定制的“虚拟沙盒”中提供分子结构、网络、分析结果的可视化)
•一个直观的工作流设计平台，允许复杂分析的信息和交互式概述和简单的算法导入以及协议的导出和导入功能
•具有高兼容性的标准化文件格式
Navigator是作为基于云的解决方案开发的，因此它是可定制的、安全的和可扩展的。
JR:你的新软件的发布日期定在2016年初，你能告诉我们你们的新软件主要面向谁吗?
TK:我们的全面市场研究表明，主要目标市场将是参与系统生物学研究和其他数据密集型项目的学术研究人员，cro(联系研究机构)和其他参与临床研究的中小型生命科学公司。研究小组已经在类似的软件解决方案上投入资金:(1)在没有专业计算帮助的情况下获得高级计算分析的可视化洞察;(2)预测最有希望的实验，从而降低湿式实验室工作的成本;(3)研究传统方法无法解决的复杂问题。基于二级研究和焦点小组访谈，包括生物信息学家和医生的代表性队列;我们已经确定，大型制药公司通常有自己的内部系统。而生命科学中小企业和cro需要有效的、可定制的数据管理和可视化基础设施。
这款新颖的软件对研究元数据的研究人员有什么好处?
虽然市场领先的元数据分析软件解决方案是功能性的，但它们大多只用于解释实验和临床结果。然而，OmiX Navigator除了提供市场领先者的主要功能外，还避免了较长的数据集成开发周期和过度的数据复制。与当前可用的软件解决方案相比，OmiX Navigator将具有许多特定的优势。这些包括:
•灵活的数据可视化架构
•整合分子、细胞和医学数据库
•各种“组学数据集”的接口
•高度交互的数据可视化模式
•直观的工作流设计平台
•与其他程序高度兼容的标准化文件格式
•将基因组学、转录组学、蛋白质组学和生物医学数据集与网络方法集成起来，以支持当前的化学信息学和药物信息学管道
Tamás Korcsmáros采访了科技网络的编辑杰克·拉德188金宝搏备用
基因组分析中心(TGAC)在最近的资金支持下开发的新软件旨在解决数据整合的问题。为了了解更多关于诺维奇研究园区转化基金和Omix Navigator项目提供的资金，我们采访了项目负责人，Tamás Korcsmáros。
JR: TGAC的一些项目最近获得了诺维奇研究园区转化基金的资助。你能告诉我们你的具体项目吗?为什么这笔资金如此重要?
TK:在2010年到2013年间，Navigator的开发得到了来自匈牙利创新基金和欧盟区域发展基金的11万英镑资助。该项目由匈牙利BioNav有限公司实施，由现任TGAC计算生物学研究员Tamas Korcsmaros领导。开发的软件满足市场需求，因为它提供:1)高度用户友好，可定制的界面，与其他工具高度兼容，2)处理复杂和各种生物医学数据集的简单方法;3)指出新药物靶点和支持网络药理学需求的工具;4)一种将生物医学数据集和网络方法集成到当前化学信息学和药物信息学管道的方法。
TGAC和BioNav最近签署了一项协议，将OmiX Navigator独家授权给TGAC。这允许进一步改进OmiX Navigator。在过去的几年里，TGAC开发了一些特定的填补空白的算法和方法，这些算法和方法本身的商业潜力有限。它们是在GPL3许可下发布的，规定所有代码都应该与用户共享，而且它们太具体了。将Navigator的通用可视化、数据集成和工作流管理框架与TGAC开发的软件相结合，以满足研究机构和中小企业的需求，这将是无法单独实现的完美匹配。来自诺维奇研究园区转化基金的资金为该项目的开展提供了适当的资金。
JR:你们正在开发的定制Omix Navigator将如何减少整合、转换和清理数据所需的时间?
TK:每年都有数千个新的生物数据集和资源发布。这些系统结果的评估是困难的，因为许多数据集以不同的格式存储。现在，大约70%的数据驱动项目都涉及到简单的数据管理——集成、转换和清理——在任何实际分析开始之前。整合不同的数据类型(例如，疾病、基因组、蛋白质组或转录组数据集)是一个非常耗时和消耗资源的过程，这使得收集到的数据的用处大大降低。组学专用工具可以有效地专注于一种数据类型，但不能帮助用户在必要的多尺度水平上工作，并结合不同的组学数据集。
Navigator框架的特点是它是一个“一体化”解决方案。它包含:
•整合分子、细胞和医学数据库
•高度互动的数据可视化模式(在可定制的“虚拟沙盒”中提供分子结构、网络、分析结果的可视化)
•一个直观的工作流设计平台，允许复杂分析的信息和交互式概述和简单的算法导入以及协议的导出和导入功能
•具有高兼容性的标准化文件格式
Navigator是作为基于云的解决方案开发的，因此它是可定制的、安全的和可扩展的。
JR:你的新软件的发布日期定在2016年初，你能告诉我们你们的新软件主要面向谁吗?
TK:我们的全面市场研究表明，主要目标市场将是参与系统生物学研究和其他数据密集型项目的学术研究人员，cro(联系研究机构)和其他参与临床研究的中小型生命科学公司。研究小组已经在类似的软件解决方案上投入资金:(1)在没有专业计算帮助的情况下获得高级计算分析的可视化洞察;(2)预测最有希望的实验，从而降低湿式实验室工作的成本;(3)研究传统方法无法解决的复杂问题。基于二级研究和焦点小组访谈，包括生物信息学家和医生的代表性队列;我们已经确定，大型制药公司通常有自己的内部系统。而生命科学中小企业和cro需要有效的、可定制的数据管理和可视化基础设施。
这款新颖的软件对研究元数据的研究人员有什么好处?
虽然市场领先的元数据分析软件解决方案是功能性的，但它们大多只用于解释实验和临床结果。然而，OmiX Navigator除了提供市场领先者的主要功能外，还避免了较长的数据集成开发周期和过度的数据复制。与当前可用的软件解决方案相比，OmiX Navigator将具有许多特定的优势。这些包括:
•灵活的数据可视化架构
•整合分子、细胞和医学数据库
•各种“组学数据集”的接口
•高度交互的数据可视化模式
•直观的工作流设计平台
•与其他程序高度兼容的标准化文件格式
•将基因组学、转录组学、蛋白质组学和生物医学数据集与网络方法集成起来，以支持当前的化学信息学和药物信息学管道
Tamás Korcsmáros采访了科技网络的编辑杰克·拉德188金宝搏备用
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