当涉及到在诊断医学中应用基因组测序时，越来越多的证据表明，全外显子组测序(WES)有时可能达不到要求。在分析患者的大片段DNA时，这是一个特别的问题，可能会对医生的诊断产生不利影响。
WES的另一种替代方法是利用更小、更有针对性的基因检测，分析已知与某种病理相关的特定基因组。这些测试对医疗系统和患者的经济负担较小，并且可以提供高度准确的结果。靶向NGS使这种测试方法成为可能，我们看到NGS在临床诊断领域的应用越来越多。
但是全面实施NGS仍然存在哪些障碍，我们如何才能消除这些障碍?188金宝搏备用最近与卢卡·夸里亚塔博士进行了交谈，卢卡·夸里亚塔博士是全球医疗事务总监赛默飞世尔科技公司，以了解更多。
莫莉·坎贝尔(MC):基因组测序目前在肿瘤诊断领域的应用情况如何?它的局限性是什么?
卢卡·夸里亚塔(LQ):DNA和RNA测序目前用于常规分子检测有两个目的。首先，它们的目的是支持诊断决策，即鉴别诊断(如PIDGFA胃肠间质癌的突变情况。更常见的是，通过添加与临床相关的基因组变异相关的信息(例如，基因突变)来补充病理报告表皮生长因子受体基因)，直接与任何特定批准的药物治疗相关(例如，针对V600E的BRAF抑制剂BRAF突变的黑色素瘤患者)。
基因组检测的一些主要局限性与检测起始材料的质量(通常称为分析前问题，例如组织固定)、给定测序方法产生可用结果的能力(并非每种测序方法生来都一样)、解释结果的能力(例如，观察到的基因组变异是致病性改变还是只是良性的?)以及最后的经济方面有关。谁应该支付测试费用?
MC:为什么WES通常不能充分分析大片段的DNA?
江西如上所述，并不是所有的测序方法都是一样的，WES可以使用各种文库准备试剂盒进行，这可能会导致截然不同的结果。1不幸的是，目前还没有为WES建立普遍接受的标准，特别是在肿瘤学应用方面。
通常，最常见的问题之一与测序深度有关，也称为覆盖率。高覆盖率允许对生成的结果获得更高的信心，因为基因组检查区域被多次分析，从而增加了数据的稳健性。然而，高覆盖率是以提高测序价格为代价的。此外，即使在没有任何财务限制的情况下，由于技术限制，无限增加覆盖率也不可能，即输入材料将定义最大可达覆盖率。
此外，在某些情况下，即使将覆盖率提高100倍，也不会在数据分析输出方面产生任何切实的好处。最后，可以部署各种对齐和调用算法来识别大的DNA片段重排。同样，没有严格的标准定义，因此不同算法的不同能力将极大地影响最终结果。总之，虽然对于单核苷酸变异(SNV)或多核苷酸变异(MNP)以及插入和删除(INDEL)都有可靠的方法，但在应用WES研究大DNA片段时却不是这样。目前，基于微阵列的研究在评估大型基因组重排方面非常流行。
MC:为什么有针对性的测试更适合诊断领域?
江西定向NGS最常用于常规诊断，因为:
- 它通常需要较少的输入材料
- 结果可以通过更敏捷的方法获得，从而减少实验室负担，同时产生更可靠的结果
- 数据分析明显更容易(减少了未知/临床不可分类变异的数量);高覆盖率是可行的
- 因此，总体结果的生成速度大大加快
- s和更有用，成本是WES的一小部分
MC: NGS对患者来说越来越容易获得，费用也在迅速下降。在你看来，我们是否会达到一个阶段，即基因测试会像你去看医疗保健提供者时进行血液测试一样普遍?
江西虽然NGS的价格(即进行测试的试剂相关成本)无疑正在下降，但人们不应忘记，NGS成本的最大一部分是由进行分析所需的人力劳动产生的。因此，任何减少人工干预的技术方法都将是最有效的压缩总体测序成本，以实现NGS的真正“民主化”。
在赛默飞世尔科技公司，我们最近在这个方向上迈出了重要一步，推出了离子流Genexus系统，第一个研究NGS解决方案，自动化整个样本报告工作流程在一天内，只有两个接触点。
话虽如此，毫无疑问，测序最终将变得像传统的血液检查一样普遍。问题是，当它会发生吗?
在我看来，这在很大程度上并不完全取决于NGS总体成本的降低，而是取决于我们扩大对基因组变异临床意义理解的能力。就目前而言，只有有限部分的变异可以被明确分类，并与临床疾病或药物治疗益处相关联。在我看来，这是一个知识问题，而不仅仅是成本问题。我们使用血液检测不仅因为它简单便宜，还因为我们可以通过它得到有价值和有意义的信息。
MC:在家接受直接面向消费者的基因检测的人数正在上升。在您看来，这对基因检测在临床领域的应用有什么影响
江西直接面向消费者(DTC)基因检测是最近一个有趣的现象，在我看来，它提出了几个问题，主要是关于它提供的结果的质量。几家监管机构表示了担忧，目前正采取行动，以监控这一市场。在DTC的初始和尚不成熟的阶段，我强烈主张实施一个监管框架，它不应被视为广泛基因组检测的障碍，而是一种保障。
如果该框架得以实施，那么DTC市场的扩张将对基因检测在临床领域的应用产生积极影响，因为“基因教育”患者的受众也将不可避免地推动医生在医学上采用基因组学。
如果给予DTC基因市场完全的自由，我担心它会对临床领域的基因检测产生负面影响，因为人们可能很容易相信管理这类数据是简单的，因此受控和专业监管的检测方法的价值将失去价值。我认为这与“谷歌医生自我用药”现象有关。
MC:在诊断中使用NGS仍然存在哪些挑战?
江西总的来说，NGS数据的生成和解释仍然被认为是极其复杂的。此外，虽然我们看到NGS检测的政策覆盖面有所增加，但报销仍然是一个实际问题，而且NGS结果仅限于非常具体的适应症。最后，在医疗保健界，关于基因检测价值的医学教育和认识仍然很有限，在大型学术中心工作的医生与在社区环境中工作的医生之间存在很大的知识差距。需要共同的集体努力来消除上述障碍，以便在常规诊断中广泛采用NGS。没有一家公司，不管它有多大，能取得这样的成绩。
赛默飞世尔科技公司通过与该领域的各种主要利益相关者(从患者倡导组织到医疗协会和制药公司)合作，站在支持精准医疗的第一线。
赛默飞世尔科技公司医疗事务全球总监Luca Quagliata博士接受了科技网络科学作家Molly Campbell的采访。188金宝搏备用
引用:
1.
临床外显子组研究的覆盖范围不一致，临床化学，第66卷，第1期，2020年1月，199-206页。
