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扩大COVID-19检测引物和探针试剂盒

来源:CDC via Unsplash

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随着COVID-19大流行的展开,各国正在努力迅速提高检测能力,以帮助识别受感染者,并试图限制病毒的传播。2020年2月4日,美国疾病控制与预防中心的检测方案[CDC 2019-新型冠状病毒(2019-nCoV)实时RT-PCR诊断面板]获得了用于COVID-19诊断和检测的紧急使用授权(EUA)。该协议依赖于有很多组成部分,包括特定的引物和探针。

集成DNA技术公司(IDT)最近成为美国第一家获得批准的公司,其引物和探针试剂盒被用作该测试方案的关键组件,并成功地扩大了这些试剂盒的生产规模。从2020年3月16日开始,他们预计将生产足够的试剂盒,按照美国疾病控制与预防中心的EUA检测协议,每周在美国进行500万次检测。

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我们采访了IDT总裁Trey Martin,以了解引物和探针的工作原理,并了解它们在COVID-19检测中可以发挥的重要作用。

安娜·麦克唐纳(上午):为什么增加COVID-19检测的可用性如此重要?

特雷·马丁(TM):
对抗新出现病原体的最重要步骤之一是识别受感染的患者。潜伏期较长的病原体或症状与普通的、无威胁的感染没有区别,可能会使情况复杂化。

显然,未能识别和治疗感染者会增加疾病传播的风险和速度。此外,基于假阳性评估的患者观察和治疗方案会导致盲区,浪费宝贵的时间和资源。因此,诊断方法的建立占了围绕潜在大流行的早期研究活动的很大一部分。幸运的是,在过去的几十年里,研究人员在诊断方面取得了很大的进展。

AM: IDT的引物和探针试剂盒在CDC的COVID-19检测工作流程中处于什么位置?引物和探针有什么作用?

TM:
IDT制造了一种包含DNA引物和探针的试剂盒,用于扩增和检测患者样本中特定病毒RNA的存在,在这种情况下,是针对COVID-19冠状病毒的特定序列。*如果患者样本中含有COVID-19冠状病毒,DNA引物将放大(产生数十亿份拷贝)这些病毒衍生的DNA序列,DNA探针将发出荧光(或发光),使仪器(一种特殊的热循环仪)检测和量化荧光信号。该患者的COVID-19冠状病毒检测呈阳性。如果患者样本不含冠状病毒,DNA引物将不会扩增任何序列,探针也不会发出荧光(将保持黑色)。该患者的COVID-19冠状病毒检测结果为阴性。

为了使idt制造的DNA引物和探针以这种方式工作,它们必须与一种被称为“主混合物”的特殊反应混合物一起使用,其中包括一类被称为聚合酶的酶。聚合酶和DNA引物驱动被称为“聚合酶链式反应”(PCR)的扩增反应(产生数十亿份病毒衍生的cDNA拷贝)。为了检测和定量DNA探针的荧光,DNA引物和探针以及聚合酶必须使用特殊的“定量PCR”仪器,该仪器能够检测和测量qPCR反应过程中产生的荧光信号量。IDT公司生产的这些试剂盒只包含DNA引物和探针——其他供应商生产提取试剂、主混合物和qPCR仪器。


*冠状病毒是RNA病毒。RNA被复制成DNA(即cDNA)。

AM:你们是如何实现快速扩大工具包规模的,在此过程中遇到了哪些挑战?

TM:
IDT习惯于周期性需求(例如,定期的流感季节),因此它准备重新分配受过交叉培训的工作人员,并制定了标准流程,以加快原材料的采购,以应对需求的激增。

例如,IDT最近的历史包括向诊断测试制造商提供产品,开发H1N1、埃博拉病毒和寨卡病毒的测试。这一经验使IDT处于有利地位,帮助提高COVID-19检测的可用性,成为全国第一家获得CDC批准的引物和探针试剂盒的公司,作为CDC EUA检测方案的关键组成部分,用于诊断和检测COVID-19。

截至2020年3月23日,IDT已经运送了足够多的引物和探针包,可以根据美国疾病控制与预防中心的EUA协议在美国进行1000多万次检测。

AM: IDT还通过哪些其他方式支持应对冠状病毒疫情?

TM:
2月10日th在美国,IDT发布了用于COVID-19研究的引物和探针工具包,并提供优先定价和早期进入全球卫生和研究界的机会。bet188真人

美国CDC和FDA于2月25日首次联系IDT,讨论其支持CDC EUA检测方案的能力。IDT当天向CDC运送了引物和探针包,并于2月26日交付。3月2日,FDA将IDT批号#0000500383列为首个符合CDC EUA标准的引物和探针试剂盒。随后,美国疾病控制与预防中心继续对额外的批次进行鉴定。

特雷·马丁接受了科技网络科学作家安娜·麦克唐纳的采访。188金宝搏备用

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安娜·麦克唐纳
安娜·麦克唐纳
科学作家
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